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huanghl2010

木虫 (著名写手)

[交流] 分子模拟表征的是物理相互作用还是化学相互作用？

一般分子模拟表征的是物理相互作用，但请问，分子模拟能表征化学相互作用吗？

比如真实情况下，两个分子之间是化学作用力，但如果用分子模拟去计算的话，两者的作用力没那么大. 这是否能说明，分子模拟只能计算物理作用力，不能计算化学作用力吗？
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1楼 2012-03-25 20:54:20
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+8, 模拟EPI+1, 鼓励有价值的回复 2012-03-25 22:33:00
huanghl2010: 金币+10, 您的回答非常有价值，谢谢您！ 2012-03-25 23:52:29
分子模拟通常表征的是物理作用，就是简单的受力的关系。

但是有些势能是可以模拟成键和断键的，这时候，就可以表示化学作用。我知道的这样的势能有模拟c-c成键的Bond Energy Bond Order (BEBO）

我个人比较推崇最近发展起来的Reaxff势场，国内现在用的很少，目前能检索到的文章也很少。不过lammps已经集成了部分元素的势参数。这样只要体系的元素知道，对应元素的势参数就可以得到相应的势场，而且可以模拟成键和断键。

附件中是一篇参考文章。
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  • 附件 1 : ReaxFF A Reactive Force Field for Hydrocarbons.pdf
    • 2012-03-25 22:20:09, 202.63 K
2楼2012-03-25 22:20:12
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普通回帖

huanghl2010

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-03-25 22:20:12:
分子模拟通常表征的是物理作用，就是简单的受力的关系。

但是有些势能是可以模拟成键和断键的，这时候，就可以表示化学作用。我知道的这样的势能有模拟c-c成键的Bond Energy Bond Order (BEBO）

我个人比较 ...

我采用的是UFF通用力场，所以我个人认为这种力场无法表征化学成键作用。所以特来此处求教。感谢您的回帖。
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3楼2012-03-25 23:54:37
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ti_pn

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你这问题问的很没有水平
所谓的化学作用，其实也是物理作用
有差别的只是尺度问题。
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4楼2012-03-26 11:23:35
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huanghl2010

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ti_pn at 2012-03-26 11:23:35:
你这问题问的很没有水平
所谓的化学作用，其实也是物理作用
有差别的只是尺度问题。

是的，同意你的观点。但我想化学之所以和物理学不是同一个学科也有它本身的特殊性的。所以，两者还是有内在的差别的。
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5楼2012-03-26 12:27:16
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guanzhouxmc

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-28 16:26:42
huanghl2010: 金币+5, 谢谢您！ 2012-03-28 21:52:08
可以模拟化学过程，今天刚泛读了一篇讲高分子聚合反应的模拟，用的是Monte Carlo方法。这种尺度的模型就不能采用纯粹的粗粒度（CG）模型了，最好使用全原子（AA）模型。
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6楼2012-03-28 16:03:48
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