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kaqiwawa

新虫 (初入文坛)

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虫号: 1630361
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性别: MM
专业: 化工系统工程

[求助] pulay局域内坐标的方法。求大师指点迷津，小生感激不尽。

大学本科的毕业设计是，研究D-荧光素的结构和理论振动光谱。老师让我们用高斯90做这个。但是还说要标什么内坐标。三维的图已经画出来了。可是怎么标内坐标啊。。。在网上搜了好久都没有搜到相关的东西。老师给了一个表格就说按这个标。可是还是不知道究竟是按照什么方法弄呀。有哪位大师指点下迷津！感激不尽
1 键伸缩单独的键伸缩坐标不进行线性组合
2 甲基sp3 Sys  def q1=α1+α2+α3-β1-β2-β3
Asym def q2=2α1-α2-α3
Asym def q3=α2-α3
Rocking q4=2β1-β2-β3
Rocking q5=β2-β3
3 亚甲基sp3 CH2  scissoring q1=5α+γ
CXY  scissoring q2=α+5γ
CH2  rocking q3=β1-β2+β3-β4
CH2  wagging q4=β1+β2-β3-β4
CH2  twisting q5=β1-β2-β3+β4
亚甲基sp2 Sys  def q1=2α-β1-β2
Rocking q2=β1-β2
Wangging q3=X在CH2面外弯曲
次甲基sp3 CH  rocking q1=2β1-β2-β3
CH  rocking q2=β2-β3
XCY  def q3=4αxcy+αxcy+αxcy
胺基 sp2 Scissoring q1=2α-β1-β2
Rocking q2=β1-β2
Wagging q3=X在NH2面外弯曲
亚胺基sp3 NH  rocking q1=β1-β2
XNY  def q2=2α-β1-β2
Wagging q3=H在XNY面外弯曲
四元环 Ring  def q1=α1-α2+α3-α4
Puckering q1=τ1-τ2+τ3-τ4
五元环 Ring  def q1=α1+a（α2+α5）+(1-a)( α3-α4)
Ring  def q2=(a-b)( α2-α5)+(1-a)( α3-α4)
Torsion q3=b(τ1+τ5)+a(τ2+τ4)+ τ3
Torsion q2=(a-b)( τ4-τ2)+(1-a)( τ5-τ1)
六元环 Trigonal  def q1=α1-α2+α3-α4+α5-α6
Asym def q2=2α1-α2-α3+2α4-α5-α6
Asym def q3=α2-α3+α5-α6
Puckering q4=τ1-τ2+τ3-τ4+τ5-τ6
Asym  torsion q5=τ1-τ3-τ4-τ6
Asym  torsion q6=τ1+2τ2-τ3-τ4+2τ5-τ6

然后高斯做出的分子是
%chk=D:\Dynei.chk
# hf/3-21g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C
C                1 1.44577900
C                2 1.38033051 1  120.40934430
C                3 1.40491010 2  118.45196820 1 0.00603006 0
C                4 1.38996300 3  121.13864640 2 -0.00044121 0
C                1 1.38027511 2  120.40361890 3 -0.01212851 0
C                1 2.32057834 6  167.73981751 5  179.99520284 0
H                3 1.09891139 2  121.27138517 1 -179.99103285 0
H                5 1.10024804 4  119.75258492 3  179.99176139 0
H                6 1.09888895 1  121.27449196 2 -179.98789282 0
O                4 1.43000000 3  119.11125725 2  179.99888751 0
H                11 0.96000001 4  109.49999969 3 -108.83709403 0
N                7 1.40717356 1 36.63963528 6 0.01708818 0
S                7 1.40768251 1 72.93315889 6 -179.98214395 0
C                7 3.68981709 1  158.76190528 6  -32.45734337 0
C                15 1.43487142 7 78.79226815 1  120.71418213 0
H                16 1.08481146 15  126.37235698 7 -179.99308712 0
C                7 1.47000000 1  161.86187442 6 0.01931762 0
S                18 1.39180401 7  125.60777068 1 90.02032536 0
N                18 1.39179784 7  125.59658887 1  -89.95723033 0
C                15 1.54000000 7  154.83573490 1  -59.27893820 0
O                21 1.23026900 15  130.07326393 7  179.98967153 0
O                21 1.35698563 15  112.29471653 7 -0.00720938 0
H                23 0.97116470 21  110.60791830 15  179.99957479 0

1 2 1.5 6 2.0 13 1.0
2 3 2.0 14 1.0
3 4 1.5 8 1.0
4 5 1.5 11 1.0
5 6 1.5 9 1.0
6 10 1.0
7 13 1.5 14 1.0 18 1.0
8
9
10
11 12 1.0
12
13
14
15 16 1.0 20 1.0 21 1.0
16 17 1.0 19 1.0
17
18 19 1.0 20 2.0
19
20
21 22 2.0 23 1.0
22
23 24 1.0
24

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