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pulay局域内坐标的方法。求大师指点迷津，小生感激不尽。
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 大学本科的毕业设计是，研究D-荧光素的结构和理论振动光谱。老师让我们用高斯90做这个。但是还说要标什么内坐标。三维的图已经画出来了。可是怎么标内坐标啊。。。在网上搜了好久都没有搜到相关的东西。老师给了一个表格就说按这个标。可是还是不知道究竟是按照什么方法弄呀。有哪位大师指点下迷津！感激不尽1 键伸缩 单独的键伸缩坐标 不进行线性组合 2 甲基sp3 Sys def q1=α1+α2+α3-β1-β2-β3 Asym def q2=2α1-α2-α3 Asym def q3=α2-α3 Rocking q4=2β1-β2-β3 Rocking q5=β2-β3 3 亚甲基sp3 CH2 scissoring q1=5α+γ CXY scissoring q2=α+5γ CH2 rocking q3=β1-β2+β3-β4 CH2 wagging q4=β1+β2-β3-β4 CH2 twisting q5=β1-β2-β3+β4 亚甲基sp2 Sys def q1=2α-β1-β2 Rocking q2=β1-β2 Wangging q3=X在CH2面外弯曲 次甲基sp3 CH rocking q1=2β1-β2-β3 CH rocking q2=β2-β3 XCY def q3=4αxcy+αxcy+αxcy 胺基 sp2 Scissoring q1=2α-β1-β2 Rocking q2=β1-β2 Wagging q3=X在NH2面外弯曲 亚胺基sp3 NH rocking q1=β1-β2 XNY def q2=2α-β1-β2 Wagging q3=H在XNY面外弯曲 四元环 Ring def q1=α1-α2+α3-α4 Puckering q1=τ1-τ2+τ3-τ4 五元环 Ring def q1=α1+a（α2+α5）+(1-a)( α3-α4) Ring def q2=(a-b)( α2-α5)+(1-a)( α3-α4) Torsion q3=b(τ1+τ5)+a(τ2+τ4)+ τ3 Torsion q2=(a-b)( τ4-τ2)+(1-a)( τ5-τ1) 六元环 Trigonal def q1=α1-α2+α3-α4+α5-α6 Asym def q2=2α1-α2-α3+2α4-α5-α6 Asym def q3=α2-α3+α5-α6 Puckering q4=τ1-τ2+τ3-τ4+τ5-τ6 Asym torsion q5=τ1-τ3-τ4-τ6 Asym torsion q6=τ1+2τ2-τ3-τ4+2τ5-τ6 然后高斯做出的分子是 %chk=D:\Dynei.chk # hf/3-21g geom=connectivity Title Card Required 0 1 C C 1 1.44577900 C 2 1.38033051 1 120.40934430 C 3 1.40491010 2 118.45196820 1 0.00603006 0 C 4 1.38996300 3 121.13864640 2 -0.00044121 0 C 1 1.38027511 2 120.40361890 3 -0.01212851 0 C 1 2.32057834 6 167.73981751 5 179.99520284 0 H 3 1.09891139 2 121.27138517 1 -179.99103285 0 H 5 1.10024804 4 119.75258492 3 179.99176139 0 H 6 1.09888895 1 121.27449196 2 -179.98789282 0 O 4 1.43000000 3 119.11125725 2 179.99888751 0 H 11 0.96000001 4 109.49999969 3 -108.83709403 0 N 7 1.40717356 1 36.63963528 6 0.01708818 0 S 7 1.40768251 1 72.93315889 6 -179.98214395 0 C 7 3.68981709 1 158.76190528 6 -32.45734337 0 C 15 1.43487142 7 78.79226815 1 120.71418213 0 H 16 1.08481146 15 126.37235698 7 -179.99308712 0 C 7 1.47000000 1 161.86187442 6 0.01931762 0 S 18 1.39180401 7 125.60777068 1 90.02032536 0 N 18 1.39179784 7 125.59658887 1 -89.95723033 0 C 15 1.54000000 7 154.83573490 1 -59.27893820 0 O 21 1.23026900 15 130.07326393 7 179.98967153 0 O 21 1.35698563 15 112.29471653 7 -0.00720938 0 H 23 0.97116470 21 110.60791830 15 179.99957479 0 1 2 1.5 6 2.0 13 1.0 2 3 2.0 14 1.0 3 4 1.5 8 1.0 4 5 1.5 11 1.0 5 6 1.5 9 1.0 6 10 1.0 7 13 1.5 14 1.0 18 1.0 8 9 10 11 12 1.0 12 13 14 15 16 1.0 20 1.0 21 1.0 16 17 1.0 19 1.0 17 18 19 1.0 20 2.0 19 20 21 22 2.0 23 1.0 22 23 24 1.0 24 |
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