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luocongqiang铁虫 (小有名气)
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[求助]
PCR-DGGE
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| 在做菌群PCR-DGGE的过程中引物种类和长度的选择根据什么来定，不同的引物会不会影响后续数据处理的结果，请大侠们指点，我应该怎么选择引物，我想后续测序，明确知道菌群的种类，是长引物好呢，还是短引物好呢，各有什么优缺点啊 谢谢了啊 |
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天鸟
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2楼2012-03-22 09:28:13
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
rainwander: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-22 16:36:18
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rainwander: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-22 16:36:18
| 如果你想做的是知道细菌种类，那可以做V3区啊，现在做这个的比较多，也比较成熟，引物也都是现成的，比如说F341和R518。如果是做别的基因，可以先查一下相关文献，看有没有人做过，用的什么引物，如果没有查到再自己设计，目的片段的长度，我觉得四五百以内都可以的，无非是长了到时候胶的浓度低点，多跑会，条带一样可以很漂亮的。个人觉得自己设计引物还是挺难的，因为DGGE要得到的不是某一个菌的基因，而是一类菌，所以需要选择这一类的共同的保守序列才可以。 |
3楼2012-03-22 16:27:58
lanhuaorchid
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orchid
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4楼2012-04-13 20:30:10
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5楼2012-04-14 05:17:05