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小猫三两只

金虫 (正式写手)

[交流] 同源克隆

想根据已知的几个物种的蛋白序列克隆我所需要的物种的基因，采用同源克隆的方法，我先将这几个蛋白比对，找到高度保守区域，然后再把它们的DNA序列比对，根据蛋白同源性高的区域看它们在这一段的DNA的同源性，再根据DNA序列设计引物克隆片段，然后再利用RACE技术得到全长。请问这样设计实验的话有问题吗？

我现在有一个问题：蛋白序列高，但是它们的DNA序列不一定高，若采用简并碱基的话，那么由于第三个碱基的摆动性就会出现很多简并碱基，这样的话扩增效率会不公不太好。

其实就是同源克隆的原理，我还有些细节弄不太清楚，请各位高手赐教！
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1楼 2012-03-14 11:42:38
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dorecnu

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5): 给个红包，谢谢回帖
小猫三两只: 金币+3, 已经设计好，先根据氨基体序列，再比对DNA序列，谢谢 2012-03-30 16:10:17
为什么直接比较DNA序列，根据DNA同源性高的区段克隆片段呢？
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2楼2012-03-14 11:56:11
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小猫三两只

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dorecnu at 2012-03-14 11:56:11:
为什么直接比较DNA序列，根据DNA同源性高的区段克隆片段呢？

可以按照氨基酸序列设计引物，进行扩增吗
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3楼2012-03-15 11:55:40
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