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dreamtiger

铜虫 (初入文坛)

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专业: 化学动力学

[求助] 有关集合变量的问题讨论

colvarsTrajFrequency 1000
colvarsRestartFrequency 1000
colvar {
name restrain01
width 0.5
lowerboundary  0.0
upperboundary  4.5
lowerwallconstant 100.0
upperwallconstant 100.0
distanceXY {
main {
atomnumbers { 31472  }
}
ref {
atomnumbers {1 3 23 24 25 27 42 43 44 46 66 67 68 70 85 86 87 89 109 110
111 113 128 129 130 132 152 153 154 156 171 172 173 175 195 196 197 199
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1336 1356 1357 1358 1360 1375 1376 }
}
axis ( 0.0, 0.0, 1.0 )
}
}
我想将main中的原子，限制在以z轴为中心轴的周围4.5唉的范围内运动，
结果模拟时出现错误，如下：
colvars: ----------------------------------------------------------------------
colvars: Initializing the collective variables module, version 20090807.
colvars: Error: in opening configuration file "restrain.in".
colvars: If this error message is unclear, try recompile with -DCOLVARS_DEBUG.
FATAL ERROR: Error in the collective variables module: exiting.
想问大家这个限制脚本能否实现我的目的，如何解决出现的错误？

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1楼 2012-03-02 20:26:22

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