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有关集合变量的问题讨论
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colvarsTrajFrequency 1000 colvarsRestartFrequency 1000 colvar { name restrain01 width 0.5 lowerboundary 0.0 upperboundary 4.5 lowerwallconstant 100.0 upperwallconstant 100.0 distanceXY { main { atomnumbers { 31472 } } ref { atomnumbers {1 3 23 24 25 27 42 43 44 46 66 67 68 70 85 86 87 89 109 110 111 113 128 129 130 132 152 153 154 156 171 172 173 175 195 196 197 199 214 215 216 218 238 239 240 242 257 258 259 261 281 282 283 285 300 301 302 304 324 325 326 328 343 344 345 347 367 368 369 371 386 387 388 390 410 411 412 414 429 430 431 433 453 454 455 457 472 473 474 476 496 497 498 500 515 516 517 519 539 540 541 543 558 559 560 562 582 583 584 586 601 602 603 605 625 626 627 629 644 645 646 648 668 669 670 672 687 688 689 691 711 712 713 715 730 731 732 734 754 755 756 758 773 774 775 777 797 798 799 801 816 817 818 820 840 841 842 844 859 860 861 863 883 884 885 887 902 903 904 906 926 927 928 930 945 946 947 949 969 970 971 973 988 989 990 992 1012 1013 1014 1016 1031 1032 1033 1035 1055 1056 1057 1059 1074 1075 1076 1078 1098 1099 1100 1102 1117 1118 1119 1121 1141 1142 1143 1145 1160 1161 1162 1164 1184 1185 1186 1188 1203 1204 1205 1207 1227 1228 1229 1231 1246 1247 1248 1250 1270 1271 1272 1274 1289 1290 1291 1293 1313 1314 1315 1317 1332 1333 1334 1336 1356 1357 1358 1360 1375 1376 } } axis ( 0.0, 0.0, 1.0 ) } } 我想将main中的原子，限制在以z轴为中心轴的周围4.5唉的范围内运动， 结果模拟时出现错误，如下： colvars: ---------------------------------------------------------------------- colvars: Initializing the collective variables module, version 20090807. colvars: Error: in opening configuration file "restrain.in". colvars: If this error message is unclear, try recompile with -DCOLVARS_DEBUG. FATAL ERROR: Error in the collective variables module: exiting. 想问大家这个限制脚本能否实现我的目的，如何解决出现的错误？ |
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