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alwens

铁杆木虫 (正式写手)


[资源] VeraChem:免费的产生分子三维构象,计算部分电荷,以及筛选的软件(XP版)

新的产生分子三维构象,计算部分电荷,以及筛选的软件,
关键的一点是:这些都是免费的。

知道2d-3d的常用程序corina是多少银子么?那你就知道这个软件的价值了!:)

Free tools for conformer generation and partial charge assignment

VeraChem is pleased to announce the release of three new products.  All VeraChem products are now licensed free of charge to academic and other non-profit users!


Vconf, conformational search for drug-like molecules.  In "prep" mode, Vconf quickly generates 3D structures suitable for docking and other torsional search applications, with multiple outputs for distinct ring-puckers.  In "search" model, Vconf carries out thorough conformational searches and provides high-quality, low-energy conformations.  Special features include:

- filtering to remove repeat conformations from the output, accounting for internal molecular symmetries
- option to hold a set of atoms rigidly fixed in the input conformation
- detailed control of chiral centers and double bond geometries.

For more information and download, go to http://www.verachem.com/vconf.html.


Vfilter, conformational filtering for drug-like molecules.  Processes the output of Vconf or any other conformational analysis program to remove repeat conformations based upon energy or RMSD, accounting for symmetry.  For more information and download, go to http://www.verachem.com/vfilter.html.


Vrms, calculation of RMSDs of conformations of a drug-like molecule, accounting for symmetries.  RMSD with superposition is suitable for free ligands in solution; RMSD without superposition is suitable for docked ligands.  For more information and download, go to http://www.verachem.com/vrms.html


Vcharge, rapid generation of RESP-like partial charges, is also available.  For more information and download, go to http://www.verachem.com/vcharge.html.

[ Last edited by bloveocean on 2007-3-17 at 22:34 ]
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王孝仕

金虫 (著名写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

alwens, 请问你认为VeraChem比chemoffice如何?
2楼2007-03-09 19:38:52
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xufund

至尊木虫 (知名作家)


★★★ 三星级,支持鼓励

VeraChem比chemoffice如何?
3楼2007-03-09 20:11:00
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yalefield

金虫 (文坛精英)


★★★ 三星级,支持鼓励

应该说清楚,对科研用户,免费一年。
只有那个察看器、使用手册,才是不带时间限制的免费。
而那个察看器,却只能察看那些VeraChem自己生成的文件。
4楼2007-03-10 03:19:57
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)



bloveocean(金币+1):评价到位,再奖。
引用回帖:
Originally posted by 王孝仕 at 2007-3-9 07:38 PM:
alwens, 请问你认为VeraChem比chemoffice如何?

有三点:

-:Chemoffice的环模版库很小,对一些大环分子的构象产生很不理想
-:Chemoffice不能进行批处理3D构象生成
-:Chemoffice是收费的

+:VeraChem对高柔性分子的构象产生有优势
++:VeraChem是学术免费的
+:VeraChem可以针对一大批分子(比如说分子对接,我们经常是针对一个化合物库)产生3D构象
+:VeraChem可以对一个分子作构象搜寻,产生一个构象库。

[ Last edited by alwens on 2007-3-17 at 20:29 ]
6楼2007-03-17 20:26:44
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xufund

至尊木虫 (知名作家)


alwens, 能介绍一下如何使用吗?我下载后却不能将2D转换为3D.老是报错.
7楼2007-03-18 20:05:45
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zhdgzhdg

至尊木虫 (著名写手)


只有显示部分是免费的吧。
8楼2007-11-18 08:24:04
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简单回复
zwenlxl5楼
2007-03-11 09:01   回复  
 
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