| 查看: 3977 | 回复: 7 | |||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
zhaoyunm木虫 (著名写手)
|
[求助]
金属配合物稳定常数分子模拟计算
|
||
| 欲合成一新螯合剂分子，想先模拟计算该分子与某金属离子的螯合配位能力（金属配合物稳定常数），由于没有学习过相关方面的知识，对这方面一窍不通，请问用什么软件计算，该如何计算？麻烦这方面的高手、前辈们帮帮忙，越详细越好，感激不尽！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 精华 |
» 猜你喜欢
求调剂
已经有3人回复
-
265求调剂
已经有4人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有6人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有12人回复
-
286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！
已经有3人回复
-
329求调剂
已经有5人回复
-
申请回稿延期一个月，编辑同意了。但系统上的时间没变，给编辑又写邮件了，没回复
已经有4人回复
-
材料学硕318求调剂
已经有5人回复
-
一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂
已经有6人回复
-
081700化工学硕调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求问我金属配合物的循环伏安图的峰位置一直在变化是怎么回事？
已经有6人回复
- 求一种金属配合物的配体
已经有3人回复
- 怎么用核磁计算有机金属配合物的稳定常数？
已经有5人回复
- 组合物 是怎么回事
已经有7人回复
- 如何计算金属离子的能量
已经有3人回复
- 配合物中与金属离子配位的配位水可以用什么配体取代或者交换？
已经有9人回复
- 金属配合物能做hplc么？
已经有7人回复
- 如何区分配合物和配位聚合物
已经有5人回复
- 关于金属配合物的模拟求助
已经有14人回复
- 跪求：硫酸（盐）体系下的氟铝络合稳定常数？ 或硝酸铝的络合稳定常数？
已经有12人回复
- 使用autodock4.2处理分子对接问题，在run autogrid时总是出错，请各位高人指点啊？？
已经有10人回复
- 请计算过加静水压下体系的性质的高手帮忙看看-----加压下的压电系数
已经有10人回复
- 金属塑性成形的有限元模拟技术及应用 谢水生，李雷 著
已经有268人回复
- 【求助】g03能算配合物的磁性吗？
已经有4人回复
- 求助：能求配合物稳定常数的软件
已经有4人回复
- 【原创】分子模拟实例与挑战专题之二加速能量与力的计算
已经有28人回复
- 【求助】分子的非谐性常数怎么算
已经有5人回复
- 【求助】关于含有金属离子的配合物计算问题
已经有7人回复
- 稳定常数的计算
已经有1人回复
- 【求助】金属离子没有参与配位，怎么办啊
已经有6人回复
- 【求助】金属离子和配体结合常数的计算
已经有5人回复
- 【求助】分光光度法测配合物的逐级稳定常数
已经有18人回复
zhaoyunm
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 3418.2
- 散金: 760
- 红花: 5
- 帖子: 1283
- 在线: 797.7小时
- 虫号: 687542
- 注册: 2009-01-04
- 性别: GG
- 专业: 工程管理
5楼2012-03-09 13:31:29
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhaoyunm(金币+20): ★★★很有帮助 非常感谢！ 2012-02-18 09:06:37
ben_ladeng: 代楼主发放金币 2013-09-26 19:10:58
zhaoyunm(ben_ladeng代发): 金币+10, 代楼主发放金币 2013-09-26 19:11:12
感谢参与，应助指数 +1
zhaoyunm(金币+20): ★★★很有帮助 非常感谢！ 2012-02-18 09:06:37
ben_ladeng: 代楼主发放金币 2013-09-26 19:10:58
zhaoyunm(ben_ladeng代发): 金币+10, 代楼主发放金币 2013-09-26 19:11:12
|
金属配合物稳定常数是个热力学平衡常数，表示配合反应平衡后，配合物浓度与未配合的化合物浓度之间的比例。那么这个平衡比例由什么决定的呢？当然是配合前后的自由能差决定的。 分子模拟模拟一个反应的自由能差通常有2种方法：cluster方法和MD方法。 1. Cluster方法是用gauss计算配合能。 你先计算配合物AB的能量，再减去鳌合物A和配体B的能量就好了。当然，三个能量都要做结构优化，AB复合物还要做BSSE校正。然而，这样得到的是结合能而不是结合自由能，怎么办呢？不要紧，Ab, A, B优化完了以后做频率计算，会得到每个种类的自由能，用自由能之差即可。那要是这个体系是在水里面而不是气相Cluster呢？也好办，结构优化和频率计算时加用隐式溶剂模型PCM。 2. MD方法 Cluster方法虽好，但隐式溶剂模型有多精确呢？不好说，有的体系很好，有的体系不太好。为什么呢？这要看配体，鳌合物，复合物与溶剂水之间的作用有多强烈，有多复杂了。特别是如果成氢键，或水分子直接参加配位键，那俺老人家就担心cluster模型的准确性了。不要紧，我们可以用显式溶剂模型，即把鳌合物A和配体B放到一盒真实的水分子中去跑动力学，让他们自由结合到一起，然后通过Kirkwood公式计算出来整个配合过程的自由能势能面。然后配合前后的自由能差就能从这个势能面中直接读出来。Perfect! 但是，慢着，这个模拟要跑多久？这取决于配合自由能差和配合反应的能垒高低，能垒越高越慢。6kcal/mol的能垒在300K温度下去冲击能垒，一般要一般2个ns，还不见得一定能冲上去，还要看你初始构型。此外，冲上去前后，都需要足够的采样来计算平均势能，才好由Boltzmann算概率啊，有了概率才能算自由能啊。看来直接模拟结合自由能不行，怎么办呢？得用加速采样方法，这就是Umbrella sampling+PMF或用metadynamics。就是这么些了，慢慢玩吧。 |
2楼2012-02-18 03:27:07
britney137803
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 22610.7
- 散金: 376
- 红花: 2
- 帖子: 2541
- 在线: 206.7小时
- 虫号: 546166
- 注册: 2008-04-15
- 性别: MM
- 专业: 食品科学基础
3楼2012-02-19 16:09:47
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2012-02-19 18:44:36
