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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 氢原子在优化过程中从氨基上跑到羧基上去了
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helitrope

新虫 (小有名气)

[求助] 氢原子在优化过程中从氨基上跑到羧基上去了

各位前辈，我优化一个金属配合物。
初始结构是这样的：
http://b303.photo.store.qq.com/p ... P3hAoJpc8cey4rZYqJL*9rftTJFaBQxp7eI!/b/YTzPobSnPQAAYuLcpLQ7PQAA

优化后的结构：
http://b305.photo.store.qq.com/p ... 7WKKQAAYgX70rXkKQAA

可以看到27号的氢原子从氨基转移到了羧基上边。32号橙色的原子是铜离子。
请问各位这是怎么一回事情，应该怎样矫正？
请前辈们指点一下，非常感谢。
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1楼2012-02-14 13:25:05
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helitrope

新虫 (小有名气)
不好意思，链接的图片看不到，我重新上传图片：
1是初始结构
2是优化后的结构

1



2
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2楼2012-02-14 13:31:16
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helitrope

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by helitrope at 2012-02-14 13:31:16:
不好意思，链接的图片看不到，我重新上传图片：
1是初始结构
2是优化后的结构

1

[color= ...

可以看到最右侧的羧基上在优化后多了一个氢原子，这个氢原子来自一个氨基。
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3楼2012-02-14 13:32:20
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zln1987

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
helitrope(金币+10): 2012-02-14 15:30:49
这应该是质子转移吧，此时，O上的负电荷大于N上的，H更易与其结合。你在查查这方面的文献吧
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4楼2012-02-14 13:57:01
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
堆叠结构和单个配合物是有差别的。
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helitrope
5楼2012-02-14 13:58:23
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helitrope

新虫 (小有名气)
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引用回帖:
5楼: Originally posted by Jasminer at 2012-02-14 13:58:23:
堆叠结构和单个配合物是有差别的。

非常感谢您的回复，您的意思是说，在这个配合物中，这是一个正常现象，是吗？
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6楼2012-02-14 15:33:52
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by helitrope at 2012-02-14 15:33:52:
非常感谢您的回复，您的意思是说，在这个配合物中，这是一个正常现象，是吗？

我估计你的初始结构是从晶体数据得到的，那么这就是正常现象。当然计算结果可能需要详细讨论后使用。
如果初始结构的来源不是晶体就另说了。
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7楼2012-02-14 17:49:11
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wzc2007.co

铜虫 (正式写手)
楼主在气象还是液相下的，在气象下和液相下是不同的，点和屏蔽作用
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helitrope
科研不过是抄抄别人再让别人抄抄而已！
8楼2012-02-15 11:17:53
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helitrope

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by wzc2007.co at 2012-02-15 11:17:53:
楼主在气象还是液相下的，在气象下和液相下是不同的，点和屏蔽作用

您好，我的计算是在气相条件下完成的。
我在羧基和铜离子之间加了一个水分子，这样优化以后感觉非常合理。
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9楼2012-02-15 11:56:07
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
晕，lz这算的什么啊？
可以根据需要加配体~~
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10楼2012-02-16 15:01:43
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