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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 综合其他 » 晶体解析熟手非专家交流室
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要鱼妃的鱼

木虫 (著名写手)

资深管理员
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lichun1210: 金币+5, 辛苦~ 2012-04-15 08:58:24
引用回帖:
10楼: Originally posted by 流浪的云 at 2012-03-07 21:42:19:
老师您好！我在投稿时编辑问了一个这样的问题，Are their no restraints for the ‘riding’ hydrogens
我周围没有人专门做晶体，请问老师这是什么意思，该从那些方面回答那

因为X-Ray衍射中H太小，一般不易直接测定得到其傅里叶风，所以大多数情况下H是捆绑在所属原子上的，即所谓的“riding”模型。你的模型中的H就是这种情况。这也就是平时所说的理论加氢，一般不会对加上的氢做处理。编辑问你这个问题，估计是发现你的模型在静修过程中对氢做了一些限制性操作，也就是加上了一些restraints，而你没有做出对应说明。最好把问题直接转给解析的老师，请他做出相应回答。
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11楼2012-03-08 02:18:48
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流浪的云

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
老师您好！
现在编辑主要是对文章中晶体数据Data / restraints / parameters   3969 / 0 / 305进行发问pag 9 23 Are their no restraints for the ‘riding’ hydrogens? 这是我单晶结构的描述部分，我没有进行限制只是进行了理论加氢。我该怎么解释那
The crystallographic data for complexes 1 was collected on a Bruker Smart 1000 CCD area detector
diffractometer equipped with Mo Kα (λ = 0.71073 Å radiation using ω-scan mode. Empirical
absorption correction was applied to the data. Unit cell dimensions were obtained with least-squares
refinements, and all structures were solved by direct methods with SHELXL–97. All non-hydrogen
atoms were located from the trial structure and then refined anisotropically. All hydrogen atoms were
generated in idealized positions. All calculations were performed with SHELXL-97 programs [22].
Other relevant parameters of the crystal structure are listed in Table 1.
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努力工作，健康生活，为自己为家人
12楼2012-03-08 10:59:51
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要鱼妃的鱼

木虫 (著名写手)

资深管理员
引用回帖:
楼: Originally posted by 流浪的云 at 2012-03-08 10:59:51:
老师您好！
现在编辑主要是对文章中晶体数据Data / restraints / parameters   3969 / 0 / 305进行发问pag 9 23 Are their no restraints for the ‘riding’ hydrogens? 这是我单晶结构的描述部分，我没有进行限 ...

可否将cif的网上检查结果也贴出来？
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13楼2012-03-09 01:24:03
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流浪的云

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
You have not supplied any structure factors. As a result the full set of tests cannot be run.
No syntax errors found.                               CIF dictionaryPlease wait while processing ....                     Interpreting this reportDatablock: b
--------------------------------------------------------------------------------
Bond precision: C-C = 0.0070 A Wavelength=0.71073
Cell: a=8.924(2) b=11.653(3) c=12.108(3)
alpha=75.218(4) beta=81.164(4) gamma=70.778(3)
Temperature:  298 K   
Calculated Reported
Volume 1146.2(5)  1146.3(5)
Space group P -1  P-1  
Hall group -P 1  ?  
Moiety formula C42 H32 Cl2 Cu N8 O8, 2(C2 H3 N)  ?  
Sum formula C46 H38 Cl2 Cu N10 O8  C46 H38 Cl2 Cu N10 O8  
Mr 993.31 993.30  
Dx,g cm-3 1.439 1.439  
Z 1 1  
Mu (mm-1) 0.658 0.658  
F000 511.0 511.0
F000' 511.81   
h,k,lmax 10,13,14 10,13,14
Nref 4039  3969  
Tmin,Tmax 0.821,0.877 0.827,0.880
Tmin' 0.821  
Correction method= NONE  
Data completeness= 0.983 Theta(max)= 25.000
R(reflections)= 0.0610( 2640) wR2(reflections)= 0.1760( 3969)
S = 1.060 Npar= 305

--------------------------------------------------------------------------------

The following ALERTS were generated. Each ALERT has the format
       test-name_ALERT_alert-type_alert-level.
Click on the hyperlinks for more details of the test.
--------------------------------------------------------------------------------Alert level B
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for         O3     
PLAT410_ALERT_2_B Short Intra H...H Contact  H12    ..  H15     ..       1.83 Ang.
--------------------------------------------------------------------------------Alert level C
ABSTY03_ALERT_1_C  The _exptl_absorpt_correction_type has been given as none.
            However values have been given for Tmin and Tmax. Remove
            these if an absorption correction has not been applied.
  From the CIF: _exptl_absorpt_correction_T_min   0.827
  From the CIF: _exptl_absorpt_correction_T_max   0.880
PLAT213_ALERT_2_C Atom O6              has ADP max/min Ratio .....        3.2 prola
PLAT242_ALERT_2_C Check Low       Ueq as Compared to Neighbors for        Cu1     
PLAT244_ALERT_4_C Low   'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors of         C23     
PLAT341_ALERT_3_C Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.0070 Ang  
--------------------------------------------------------------------------------Alert level G
PLAT005_ALERT_5_G No _iucr_refine_instructions_details in CIF ....          ?
PLAT194_ALERT_1_G Missing _cell_measurement_reflns_used datum ....          ?
PLAT195_ALERT_1_G Missing _cell_measurement_theta_max   datum ....          ?
PLAT196_ALERT_1_G Missing _cell_measurement_theta_min   datum ....          ?
PLAT794_ALERT_5_G Note: Tentative Bond Valency for Cu1     (II)          2.29      
--------------------------------------------------------------------------------
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努力工作，健康生活，为自己为家人
14楼2012-03-09 08:38:59
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Justsoso

至尊木虫 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
lichun1210(金币+2): 鼓励交流~ 2012-03-09 17:17:49
晶体精修完，在提交Checkcif全面检查时（带FCF文件），总是出现下面的Alert。投ACTA E，编辑强调要解释任何Alert level B～C，可看了已发表的ACTA E中也有文章带这样的Alert。不知如何处理、解释，有空请指点一下，谢谢！

Alert level B
PLAT910_ALERT_3_B Missing # of FCF Reflections Below Th(Min) .....         11
Alert level C
PLAT911_ALERT_3_C Missing # FCF Refl Between THmin & STh/L=  0.600        130
PLAT912_ALERT_4_C Missing # of FCF Reflections Above STh/L=  0.600         54
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GutenTag.
15楼2012-03-09 17:15:05
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要鱼妃的鱼

木虫 (著名写手)

资深管理员
引用回帖:
楼: Originally posted by 流浪的云 at 2012-03-09 08:38:59:
You have not supplied any structure factors. As a result the full set of tests cannot be run.
No syntax errors found.                               CIF dictionaryPlease wait while processing ....  ...

PLAT410_ALERT_2_B Short Intra H...H Contact  H12    ..  H15     ..       1.83 Ang.
这个是问题所在。两个H空间相距过近，是不合理的。另外O3的热振动也有点异常，把检查结果给解析的老师看，请他帮你解决。
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16楼2012-03-10 01:48:35
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要鱼妃的鱼

木虫 (著名写手)

资深管理员
引用回帖:
楼: Originally posted by Justsoso at 2012-03-09 17:15:05:
晶体精修完，在提交Checkcif全面检查时（带FCF文件），总是出现下面的Alert。投ACTA E，编辑强调要解释任何Alert level B～C，可看了已发表的ACTA E中也有文章带这样的Alert。不知如何处理、解释，有空请指点一下 ...

丢衍射点了。看起来像数据收集的问题。可以看看带这样的Alert文章的cif文件能不能提供帮助。
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17楼2012-03-10 02:17:27
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lichun1210

木虫 (职业作家)
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小木虫(金币+0.5): 给个红包，谢谢回帖
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4241945&fpage=1
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让世界关注中国晶体，让中国晶体走向世界
18楼2012-03-13 21:51:47
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要鱼妃的鱼

木虫 (著名写手)

资深管理员
要鱼妃的鱼: 回帖置顶 2012-04-07 01:57:02
特别说明一下，7月暑假开始前估计没有时间帮大家了，见谅！
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19楼2012-04-07 01:56:47
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guo_xiaobin

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好，能否把您的邮箱告诉我，我想麻烦您帮忙解析一个结构，谢谢。我的邮箱guo_owner@yahoo.com.cn。
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陌生的路人
20楼2012-04-14 17:05:40
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