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zyx19840227捐助贵宾 (小有名气)
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[求助]
怎么获得膜蛋白通道半径
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用HOLE2或者其他软件怎么得到膜蛋白通道半径，我没做过，哪位大侠做过类似的，能不能详细说明下具体怎么做，包括软件怎么安装之类的。 我想取模拟轨迹30ns中的后5ns，即25-30ns每隔10ps取一个构象，对每一个构象计算通道半径，然后取平均值。 要求能得到以通道不同位置为横轴的通道半径二维图 |
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【答案】应助回帖
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zyx19840227(金币+10): ★有帮助 谢谢 2012-01-10 19:26:14
zyx19840227(金币+10): ★有帮助 谢谢 2012-01-10 19:26:14
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在分子模拟论坛上找到的 在使用HOLE在完成了 1.使用命令： /usr/local/hole2/exe/hole < 01_example.inp > example.out & ，正确的产生了文件 2. 使用命令： /usr/local/hole2/exe/hole sph_process -dotden 15 -color example.sph example.qpt 产生了example.qpt 文件 3. 使用命令： /usr/local/hole2/exe/hole sph_process -sos -dotden 15 -color example.sph example.sos 产生了example.sos 文件 4. qpt_conv 选择D 生成example.vmd_plot 脚本文件，load分子之后，在tcl console终端输入：source example.vmd_plot，产生了和坛子里指导上一样的图 5. time /usr/local/hole2/exe/sos_triangle -s < example.sos > example.vmd_tri， 产生了example.vmd_tri脚本，在tcl console终端输入：source example.vmd_tri， 产生了和坛子里指导上一样的图 6. 现在为了显示通道半径的变化，我用gnuplot作图，产生的图形是个白色的方框，什么都没有，就连坐标都没有，望大家指点，下面是执行gnuplot的过程： |
2楼2012-01-10 13:02:57
yan.007133
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