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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian计算竟然连initialization这一步都过不去。有人遇到过吗？
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onlyyou2002

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by chuanan027 at 2012-01-06 22:50:06:
%proc那里是不是写错了？应该是%nproc=12吧，少个n。

我copy的时候出错了，实际的输入文件里是有n的。
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人生如梦
11楼2012-01-06 23:48:17
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onlyyou2002

铁虫 (初入文坛)
onlyyou2002: 回帖置顶 2012-01-06 23:50:43
继续呼唤高手，问题解决会送上全部金币答谢！
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人生如梦
12楼2012-01-06 23:50:28
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chuanan027

木虫 (著名写手)
你内存设太大了，不够用可能，改小点看看。
不行就把你的机子配置和系统情况说清楚点再看。
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Timeandtidewaitfornoman.Comeon,baby!
13楼2012-01-07 00:02:07
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onlyyou2002

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by chuanan027 at 2012-01-07 00:02:07:
你内存设太大了，不够用可能，改小点看看。
不行就把你的机子配置和系统情况说清楚点再看。

应该不是这个问题，我运行过相似的计算。一点问题没有。就是换了这个分子就出问题了。机子配有48G内存。
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人生如梦
14楼2012-01-07 00:12:02
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chuanan027

木虫 (著名写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by onlyyou2002 at 2012-01-07 00:12:02:
应该不是这个问题，我运行过相似的计算。一点问题没有。就是换了这个分子就出问题了。机子配有48G内存。

我印象里不管是win系统还是linux系统，所能调用的最大内存都是有个限度的吧。你说以前运行过类似的计算，那我也真不懂了。等高手解答...
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Timeandtidewaitfornoman.Comeon,baby!
15楼2012-01-07 00:20:36
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
直接df看看硬盘是不是满了...
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16楼2012-01-07 15:08:25
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onlyyou2002

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by fatpig8832 at 2012-01-07 15:08:25:
直接df看看硬盘是不是满了...

看过了，没有。。
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人生如梦
17楼2012-01-07 23:02:58
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zhaoyichem

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你采用opt=modredundant 然后把你要固定的原子序数写在坐标后面。具体例子是这样的。
opt=modredundant

坐标

X 1 F
X 2 F
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18楼2012-01-08 09:44:50
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zhaoyichem

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你的输入文件有问题，你重新把坐标考进去，然后用。。这个模板，我感觉应该能算。

%chk=x.chk
%mem=4GB
%nprocshared=8
#p opt=modredundant scfcyc=300 MaxDisk=300GB freq=noraman b3lyp/6-31g(d,p)

test

0 1
C                    -4.94288   3.45349  -5.99646
C                    -5.09602   2.65634  -4.69502
C                    -4.0512    1.54721  -4.58157
H                     4.97687   2.91147   1.87889
H                     3.24659   3.29036   1.99794
H                     2.75241   2.10036  -1.18513
H                     2.71944  -3.6743   -2.52586
H                     4.40356  -6.08022  -2.19961
H                     4.58666  -4.66745  -0.14075
H                     5.29371  -2.5623    0.8192
H                     6.75951  -3.57167   0.84371
H                     6.50185  -2.42007  -0.48227

X 1 F


下面的1 代表你要固定的原子序数。
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19楼2012-01-08 09:53:05
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onlyyou2002

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by zhaoyichem at 2012-01-07 20:53:05:
你的输入文件有问题，你重新把坐标考进去，然后用。。这个模板，我感觉应该能算。

%chk=x.chk
%mem=4GB
%nprocshared=8
#p opt=modredundant scfcyc=300 MaxDisk=300GB freq=noraman b3lyp/6-31g(d,p)

...

谢谢，不过还是不行。
现在的输出文件是：

......................
H                     5.29371  -2.5623    0.8192
H                     6.75951  -3.57167   0.84371
H                     6.50185  -2.42007  -0.48227

The following ModRedundant input section has been read:
X       1    *    F                                                           
X       5    *    F                                                           
X      13    *    F                                                           
X      21    *    F                                                           
X      22    *    F                                                           
X      27    *    F                                                           
X      39    *    F                                                           
X      40    *    F                                                           
X      44    *    F                                                           
X      52    *    F                                                           
X      70    *    F                                                           
X      77    *    F                                                           
X      81    *    F           

然后就不动了。
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人生如梦
20楼2012-01-08 23:10:17
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