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泽润东方

金虫 (正式写手)

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8楼: Originally posted by zhou2009 at 2012-01-04 20:28:38:
氢键是有饱和性的。比如O57与H47是不能再成氢键的。

O61与H29可能形成的分子间氢键,又羁绊了二者的优化。

有没有试一下,先用小基组优化一下,再用大基组继续优化或者计算能量呢 ?
或者把原是结构模型稍做移动,在开始优化计算 ?
建议试一下。
希望就在不远处,成功就在路尽头。
11楼2012-01-07 15:47:23
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泽润东方

金虫 (正式写手)

★ ★
zhou2009(金币+2): 2012-01-08 11:13:58
引用回帖:
11楼: Originally posted by 泽润东方 at 2012-01-07 15:47:23:
有没有试一下,先用小基组优化一下,再用大基组继续优化或者计算能量呢 ?
或者把原是结构模型稍做移动,在开始优化计算 ?
建议试一下。

有点儿错误。
可以试试一下两个方法。
1 先用小基组做优化,在此优化基础上利用大基组(比如6-311G)作优化或者计算能量。
2 把你的原始结构稍作改变,在开始你的优化计算。
一点儿拙见。希望能有用。
希望就在不远处,成功就在路尽头。
12楼2012-01-07 15:50:58
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匿名

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13楼2012-01-08 10:43:06
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匿名

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14楼2012-01-08 20:47:37
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

与其这样从看两个分子的原子去试着配合,不如干脆作这两个分子的HOMO、LUMO的图形来观察、配位。

或者分别作它们的静电势图
一个分子的静电势负值部分,可能与另一个分子静电势正值密集的H处成氢键。

也不一定要平行配合两个分子面,在形成氢键时,两个分子面可能是垂直或斜交的。

[ Last edited by zhou2009 on 2012-1-10 at 16:24 ]
15楼2012-01-10 09:24:52
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匿名

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16楼2012-01-10 15:15:53
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zhou2009

版主 (著名写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by 504506217 at 2012-01-10 15:15:53:
这个是用什么软件来做?

(我上面的跟帖有误已改过。)

还是用Gaussian软件来做,配合multiwfn软件。
17楼2012-01-10 16:30:32
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zdgclf

银虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
像你这样的体系,一般情况下先用的G03的PM3进行大致优化一下,然后再进行一步步升高基组去算,另外你出现的错误有可能是两个分子的距离太近了,你可以把他们稍微拉远一点再进行优化,如果是晶体结构那就另当别论!
18楼2012-11-02 15:56:30
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