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mayo

铜虫 (小有名气)

[求助] 菌种鉴定树

求助各位大虾
本人做真菌菌种鉴定,测完18srDNA后在NCBI上比对得到的大多数是一个菌属的一个种,还有两三个另一个属的。之后用Clustal进行相同序列比对,可NCBI上相似的序列在这个软件上对不到一起了,没辙我就把NCBI上相似的序列放到一起对到一起了。之后作图,无论选择何种模式都只能得到无根树,且上面显示的数字很小,得不到正规的带距离尺的树,怎么回事呢?
还有一个鉴定完后都是一个属的一个种,得到树后数值也是很小,为什么?
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悠静自在心中
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zhymhbu

木虫 (正式写手)

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mayo(金币+1): 2011-12-19 16:33:37
一般用MEGA吧。具体论坛上有建树方法。lz搜搜吧
微生物学-发酵工程-生化工程-生化与分子生物学-环境毒理学
2楼2011-12-18 12:42:20
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tzaixmc

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
mayo(金币+5): 谢谢啊。一个我也是选的同属不同种的,另一个我加了几个不同属的,不知道建树的准则是什么,要怎样做才算正规。。。 2011-12-19 16:33:23
数值小因为进化关系太近因此很难确定位置,所以变化会比较大,你应该选择同属不同种的来做进化树,而距离最近的多选几个一起做。关于字体什么的估计设置有问题,用mega也行,不过据说不用杂志,不用的研究要求的软件不一样
3楼2011-12-18 16:07:32
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tzaixmc

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

mayo(金币+5): 谢谢啊。正链的意思是? 2011-12-20 08:58:51
序列一定要保证都是正链的,比对完后吧前后多余部分要去掉,具体杂志要求不大一样,最好上去找文章仔细研究一下
4楼2011-12-19 19:06:42
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tzaixmc

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

mayo(金币+4): 谢谢 2011-12-20 17:12:16
就是说要保证同一方向的就行,就是都是3‘到5’,或5‘到3’
5楼2011-12-20 17:06:06
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