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jiejing银虫 (初入文坛)
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[求助]Phase2.1 已有1人参与
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求助原因： 学习需要 软件名称： Phase2.1 版本号： 2.1 软件公司或主页： http://www.stat.washington.edu/stephens/home.html 软件功能说明： Phase 是一个以人口数据为基础构建单倍型频率的软件 官方网站网页： http://www.stat.washington.edu/stephens/home.html 求助者email： chenjiezs@163.com |
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cheungsober
木虫 (正式写手)
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http://www.stat.washington.edu/stephens/phase/download.html 下载即可， PHAS采用Bayesian统计方法，利用群体的基因型数据来构建单倍型。软件可以处理SNP、微卫星及其他多等位形式的位点 (如三态的SNP和HLA等位基因)。 较之先前的版本，它提供了：重组热点模型，并且重组率计算的偏差小 2． 运行条件 虚拟dos环境下运行，基本命令：./PHASE test.inp test.out 3． 默认的输入文件格式： 个体数目（正整数） 位点数目（正整数） P 位点(1) 位点(2) ``````位点(n) ）（位点的位置，默认单位为bp，正整数） 位点基因型(1) 位点基因型(2) ... 位点基因型(n)（以M或S，分别代表二态或三态的等位形式） ID(1) 基因型(1)(二态位点可以碱基或数字表示，数据缺失以？代替；多态位点必须以正整数表示，缺失以-1代替) ID(2) 基因型(2) . . . ID(n) 基因型(n) 4． 输出文件 1) Freqs：给出单倍型频率及标准偏差 2) Pairs：给出每个个体最可能的单倍型及P值 3) Recom：给出一定模式下整个区域重组参数的估计 4) Hotspot：给出使用热点选项条件下的重组参数的估计 5) Signif：给出病例-对照空值假设的置换检验的P值 6) Monitor：估计某一模型下单倍型统计的适用性 7) Hbg：空文件，忽略 5． 模型的选择 1) 第一种是最初的模型（original model），即非重组模型。由Stephens et al. (2001), and Stephens and Donnelly (2003)提出， 它忽略重组的存在。 第二种是新的模型，明确地允许重组，即重组模型（recombination model）。 它们都需要在-M选项下运行：-MS或-MR。 此外还有混合模型（hybrid model），先用较快的初始模型进行初步的运算，再在用重组模型进行最终运算，运行的选项为-MQ。这种方法在构建单倍型上基本与-MR一样准确，运行起来却更快。其他的条件的比较表明：-MR选项的性能通常更好，因此被作为默认值。 2) 如果不使用-M选项，程序将新的重组模型作为运行的默认选项。这样使计算更为精确些，但是运算量也加大了。 3) 如果数据信息相对较少（小于20个个体，10个位点），采用-MR法能得到更可靠的LD的估计。 |
2楼2011-03-25 15:43:53
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