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zhang8826857

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 大家帮我保存个网页吧，我电脑上这个网页显示有问题，金币不够还有的哦

http://www.genome.wisc.edu/resou ... utationprotocol.htm
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好孩子！
1楼 2011-12-06 09:30:29
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回帖置顶 ( 共有2个 )

西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

zhang8826857(金币+15): ^_^^_^^_^ 2011-12-06 11:29:19
zhang8826857: 回帖置顶 2011-12-06 11:42:58
Transposon-mediated Mutagenesis

Step 1 - Amplify ORF from MG1655

1.0 ul             genomic DNA (30ng/ul)
5.0 ul             gene specific primer mix
4.0 ul             2.5 mM dNTP
5.0 ul             10x Turbo Pfu buffer
0.7 ul             Turbo Pfu
34.3 ul           sterile distilled H2O            
50 ul

95°C                 95°C                55°C              72°C                72°C                   4°C
1min                 15sec               15sec               4min                 5min                 forever
                                            25 cycles

Step 2 - Transposition reaction

  6 ul     ORF PCR product (~100-200ng)                                                            
  2 ul     Tn (Transposon, 200ng = 0.2pM)
  1 ul     10x Tn reaction buffer (Epicentre)                     
  1 ul     Tnase (Transposase; Epicentre)                    
10 ul

Vortex, spin down
37°C for 2hr
Add 1 ul stop solution, 10min 70°C
Purify by passing through G50 column

Step 3 – Transformation

MG1655 cells harboring the pKD46 plasmid (Datsenko and Wanner, 2000, PNAS  97(12):6640-5) are induced with arabinose to activate expression of the lRed genes and prepared for electroporation.

1. Mix following on ice:

           4.4 ul transposition reaction
            40 ul MG1655 w/pKD46 electrocompetent cells

2. Transfer entire volume (~45ul) to chilled cubette (0.1cm gap), kept on ice

3. Electroporate with the following settings (for BioRad Pulse Controller)

Low Range 200
High Range 500
Capacitance (uF): -25
Total Volts: 1.8kV

4. Resuspend cells with 1ml LB and transfer contents to a 48-well growth block

5. Outgrow at 37°C for 1hr

6.  Spread entire outgrowth on a corresponding labeled LB + Amp(100ug/ml)/Kan (50ug/ml) plate in a hood and air dry.

7. Grow at 300 (to maintain pKD46). (1- 2 days)

Step 4- Picking

Day 1

1. Streak 2 colonies to single colonies on LB + Amp(100ug/ml)/Kan (50ug/ml) plates. These will be the first colonies to verify.

2. Pick 3 additional colonies into separate 96-well flat bottom plates containing 200ul Freezing media + Amp(100ug/ml)/Kan(50ug/ml) maintaining original well location.

3. Grow 300 overnight.

Day 2:

1. Grow 1 colony from each streak plate in a 96-well block with each well containing 1ml Freezing media + Amp(100mg/ml)/Kan(50mg/ml). Grow 300 overnight.

2. Freeze overnights of the other 3 plates.

Step 5– Verify mutation by Culture PCR

1. Prepare sample

Mix culture thoroughly.
Transfer 20ul of culture into a 96-well plate and dilute with 80ul H2O Mix thoroughly

2. PCR Reaction.

     5 ul                         diluted culture
     4 ul                         gene specific primer mix (same as in Step 1)
  2.5 ul                         ExTaq premix
   16 ul                        H2O                       
   50 ul

95°C                 94°C            55°C                 72°C                72°C                  4°C
5min                 30sec           15 sec              4min                 5min                 forever
                                          30cycles

3. Run 7 ul on 1 % test gel in 0.5x TAE to check.  

4. Analyze gel results; mutants will be ~1.2kb larger than original gene length.

Step 6 - Confirm mutations by sequencing

1. EXOSAP clean up

- Transfer 10ul of PCR product for all genes with mutant sized fragments into a separate PCR plate
- Add 4ul ExoSAP-IT (USB) to each reaction
- Spin briefly
- React @ 37°C for 30min, then 15min@ 80°C

2. Sequence

1. Add a mix of the following to each ExoSAP reaction:

1ul of primer (KAN-2 FP-1 @ 10uM -Epicentre)
2ul Big Dye dilution Buffer (Promega)
3ul Big Dye

2. Reaction conditions: (10sec@96C; 5sec@50C; 4min@60C) for 25cycles.

3. Purify through a G50 column

4. Dry plate and run on sequencer

3. Make tube stocks of confirmed mutants

Step 7 - Curing the temperature sensitive pKD46 plasmid

1. Streak confirmed mutants on a LB + Kan plate (from the above stock). Grow at 43° overnight (non-permissive temperature for pKD46 replication).

2. With a single colony inoculate the following:

1. Growth block well containing 1ml Freezing media + Kan(50ug/ml)/well .
2. LB+Kan agar in a 96 well plate
3. LB+Amp agar in a second 96-well plate

3. Grow overnight at 37°C. Cured cells will grow on Kan but not on Amp.

4. Confirm by PCR and sequencing as above.
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8楼2011-12-06 11:14:51
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

zhang8826857(金币+5): 你太有才啦啦啦啦啦啦啦，呵呵，好了，多谢啦 2011-12-06 11:32:51
zhang8826857: 回帖置顶 2011-12-06 11:42:55
我用Chrome和IE都是乱码。
IE内核的浏览器的话，右键点击空白处，然后依次选择：
编码》其他》西欧（Windows）
搞定
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9楼2011-12-06 11:17:29
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普通回帖

zhouxiaohan

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

好的。帮你存了。
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2楼2011-12-06 09:42:54
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hs2451

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

呃 chrome打开有很多问号 IE打开就是由很多方框了 不过我感觉不太影响使用啊 楼主看到的是神马样子？
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中国是不朽的
3楼2011-12-06 09:43:22
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

呵呵呵，木有问题。
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蓝精灵
4楼2011-12-06 09:54:26
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zhang8826857

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mlanqiang at 2011-12-06 09:54:26:
呵呵呵，木有问题。

那给额上传上来啊，东西呢？呵呵
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好孩子！
5楼2011-12-06 10:59:29
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zhang8826857

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hs2451 at 2011-12-06 09:43:22:
呃 chrome打开有很多问号 IE打开就是由很多方框了 不过我感觉不太影响使用啊 楼主看到的是神马样子？

那给额上传上来啊，东西呢？呵呵额看到也是很多问号。。。
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好孩子！
6楼2011-12-06 10:59:51
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zhang8826857

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhouxiaohan at 2011-12-06 09:42:54:
好的。帮你存了。

那给额上传上来啊，东西呢？呵呵
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好孩子！
7楼2011-12-06 11:00:02
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
1949stone: 神奇的西瓜 2011-12-06 11:36:15
好吧我无聊，Chrome的也弄好了：
菜单栏里面的“设置”，或者点那个扳手的图标，依次选择：
工具》编码》西欧语言（Windows-1252）

主要是那个网页用了一些不常用的符号，常用的“简体中文”或者“Unicode”这两种编码方式里面没有这些东东。
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10楼2011-12-06 11:26:12
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