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如何计算autodock的rmsd值
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这个rmsd是拿谁做参照啊 docking前的默认设置是我输入的ligand的pdb为reference，当然出来的值都特别大，有的超过30多。 我想拿结合在蛋白质上的底物做reference，请问怎么操作？ |
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你输入的ligand如果就是蛋白底物的话，你只要用底物的坐标作为对接的初始坐标就ok了 autodock的rmsd只能是同一分子对接前后的坐标标准偏差。因为是逐原子比较，因此如果你的ligand不是底物的话（原子不对应）就比较麻烦。 一个解决的办法是：你要先把你的ligand移动到底物所在的位置，如果ligand比较相象，比如有公共子结构，可以选择这部分把ligand作为source位置，底物作为target位置作superimpose。然后用更新的ligand的位置作为对接的初始位置进行autodock。 [ Last edited by alwens on 2007-1-14 at 19:56 ] |
2楼2007-01-14 17:46:47
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一般做虚拟筛选之前，都是先用晶体结构中的配体进行分子对接，看结果能否重现晶体结构中的结合模式 所以，如果你的对接结果和晶体结构中的结合模式比较接近，也就是对接产生的小分子构象和晶体结构中的参考分子构象比较接近，则认为是成功的，表现就是rmsd值比较小，一般在1.5A以内就可以接受 具体说来可以这样： 我一般在sybyl中操作 先提取晶体结构中的配体分子，另存为mol2分子 然后进行分子对接，autodock得到的结果都是pdb分子，没有关系，一般可能会有10个分子在一个pdb文件中。 在读入sybyl时，会提示读入10个中的拿一个。一个一个的读进去，然后就可以用sybyl中的match计算参考分子和对接结果的rmsd了 当然，这个不是最方便的，建议你使用openeye公司的vida或者AFITT，这个用来观察对接结果非常方便。不足的是不能给出具体的rmsd值 |
3楼2007-01-14 19:13:43
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4楼2007-01-15 00:54:25
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5楼2007-01-15 09:40:29
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6楼2007-01-15 15:17:03
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