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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » PDOS可不可以通过旋转变换到另外一个三维正交坐标系中？
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[求助] PDOS可不可以通过旋转变换到另外一个三维正交坐标系中？

常常碰到这样的情况：

（1）在超胞表面算小分子吸附，计算了PDOS.

（2）发现小分子不与任何一条坐标轴平行。

（3）PDOS在三个坐标上的分量显得意义不足。

那么，可否通过旋转变换，把现有的PDOS变换到指定的三维正交坐标系中呢？
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1楼 2011-11-29 16:17:32
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cavediger

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

cenwanglai(金币+3): 你不能预先知道吸附小分子优化后的空间位置。只能猜猜。 2011-11-30 16:02:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-11-29 23:08:48:
这怎么设计？只能这样做：

建好模型后，吸附小分子做结构优化。完毕后，对超胞做旋转操作，使得吸附小分子沿着坐标轴放置。这个，哎呀，似乎也是比较困难。

因为超胞很可能是各向异性，旋转后就没有办法填 ...

我意思是说在切表面时先改造，譬如下图中通常的fcc结构的（111）面2x2，可以换成另外一种取法，如图中dashed green lines
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
4楼2011-11-30 15:47:55
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cavediger

金虫 (正式写手)
是个好问题，变换应该可以但会比较麻烦；
可以在计算前构造表面和吸附分子位置时先设计好以便后面讨论方便
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
2楼2011-11-29 22:58:22
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by cavediger at 2011-11-29 22:58:22:
是个好问题，变换应该可以但会比较麻烦；
可以在计算前构造表面和吸附分子位置时先设计好以便后面讨论方便

这怎么设计？只能这样做：

建好模型后，吸附小分子做结构优化。完毕后，对超胞做旋转操作，使得吸附小分子沿着坐标轴放置。这个，哎呀，似乎也是比较困难。

因为超胞很可能是各向异性，旋转后就没有办法填充满整个空间了。
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3楼2011-11-29 23:08:48
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