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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 求问 g09的 bashrc怎么写
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NUPT

新虫 (小有名气)
我将我原来的bashrc文件拷贝到以前的一台电脑上，复制为 .bashrc；然后 source .bashrc； g09能用!!!

我的g09文件夹都是放在用户下面的。

这是怎么回事啊？
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11楼2011-11-29 16:04:35
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NUPT

新虫 (小有名气)
g09a02-src.tar.gz（压缩包）
解压缩，解压在NUPT下形成一个g09文件夹： tar -zxvf g09a02-src.tar.gz
建立.bashrc文件： cp bashrc .bashrc
source: source .bashrc
g09 **.gjf (出错：bash： gau-machine：command not found)
从一个正常运行的电脑上拷贝gau-machine到新安装的g09文件夹下
g09 **.gjf(出错：bash： g09：command not found)
从一个正常运行的电脑上拷贝g09到新安装的g09文件夹下
g09 **.gjf(出错：bash：home/NUPT/g09/g09：permission denied)
chmod -R 777 g09(整个g09文件夹)
g09  **.gjf(出错内容如下)
：No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is "/home/NUPT/g09/bsd:/home/NUPT/g09/local:/home/NUPT/g09/extras:/home/NUPT/g09"
: No such file or directory
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 0000000000000000, rcx ffffffffffffffff
   rdx 000000000000601d, rsp 00007fff1b3822a8, rbp 00007fff1b388ee0
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000000601d, r8  00002abbb482f4e0
   r9  0000000000000000, r10 0000000000000000, r11 0000000000000202
   r12 00007fff1b382350, r13 00007fff1b388ee0, r14 0000000000000000
   r15 00007fff1b388660
  0  0x3edda306f7
  1  0x3930672f69657765
Segmentation fault
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12楼2011-11-29 16:32:38
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usoado

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

csh装了没有。gjf文件是不是dos文件。转换成unix文件。
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I'm Chinese
13楼2011-11-29 23:30:56
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spearous

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

NUPT(金币+1): 谢谢啊 2011-12-08 09:01:55
看了你的bashrc有
# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi
按照你的操作，你好像还保留着bashrc?那么执行完.bashrc之后会自动再执行一遍bashrc。那么你的.bashrc里的执行结果可能就会被覆盖了。
把这段代码删了，或者把bashrc删了试试。

另外，你的安装路径，我还是有点晕。你把g09.profile的路径贴一下。
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14楼2011-12-02 14:31:37
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spearous

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

没说清楚，是把/etc/bashrc那个文件改个名字试试。（不用删除，万一不是这个问题再改回名字就好）
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15楼2011-12-02 14:33:57
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
gmy1990(金币+5): 欢迎回来，哈哈.. 2011-12-02 16:43:27
NUPT(金币+1): 谢谢啊 2011-12-08 09:02:10
确定你的电脑上安装了csh或者tcsh，创建一个文件比如g09single，把下面的代码复制进去，其中scdir变量根据你的scratch目录位置自己更改，然后chmod +x g09single. 用法是g09single+空格+文件名。这样你在任何一台电脑上只要改一下脚本中的变量就能直接用高斯了~~

#!/bin/csh
sed "/%c/ c\%chk=$1" $1 > tmp
mv -f tmp $1  
set workdir = $cwd
set scrdir  =  /scratch/$USER$1dir
set chfn = `/bin/grep -m 1 -i '%chk=' $1 | /bin/cut -c6-80`

rm -rf $scrdir
mkdir $scrdir
setenv g09root "/home/NUPT
source $g09root/g09/bsd/g09.login
setenv GAUSS_SCRDIR $scrdir
setenv GAUSS_EXEDIR="$g09root/g09:$g09root/g09/private:$g09root/g09/bsd"
setenv GAUSS_SOFTTL 100000
setenv GAUSS_TIMEL 100000
cp $workdir/$1 $scrdir
cd $scrdir
mv $workdir/$chfn.chk.gz $scrdir
gunzip $chfn.chk.gz
$g09root/g09/g09 < $1 >& $scrdir/$1.out
/bin/cp $1.out $workdir
gzip $scrdir/$chfn.chk
mv  $chfn.chk.gz $workdir
/bin/rm -rf $scrdir
cd $workdir
$g09root/g09/bsd/clearipc
exit
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轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
16楼2011-12-02 16:04:38
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NUPT

新虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by usoado at 2011-11-29 23:30:56:
csh装了没有。gjf文件是不是dos文件。转换成unix文件。

csh是神马？ 以前gjf都能用啊，就这台不行
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17楼2011-12-05 09:56:34
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NUPT

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 独孤狼 at 2011-12-02 16:04:38:
确定你的电脑上安装了csh或者tcsh，创建一个文件比如g09single，把下面的代码复制进去，其中scdir变量根据你的scratch目录位置自己更改，然后chmod +x g09single. 用法是g09single+空格+文件名。这样你在任何一台 ...

好的，我试试你这个办法。谢谢啊
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18楼2011-12-05 09:59:44
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usoado

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
17楼: Originally posted by NUPT at 2011-12-05 09:56:34:
csh是神马？ 以前gjf都能用啊，就这台不行

我也不懂，不过你csh输入以下，看看要安装什么的，就装上去好了。
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I'm Chinese
19楼2011-12-05 16:43:43
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