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欢仔

银虫 (正式写手)

[求助] 引物检测

大家好，我是个新手，用primer 设计了一个引物，选择了软件中分数较高的，现在想问，接下来应该怎么检测引物是否理想，怎么用blast检测呢，谢谢
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勇于尝试新鲜事物
1楼 2011-11-21 01:00:40
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi
这个网站检测引物特异性。
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2楼2011-11-21 09:48:20
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muyanshuang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

欢仔(金币+5): 1 2011-11-22 00:29:35
最好的检测方法就是实际做一次PCR。
其他的blast只能作为参考。
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3楼2011-11-21 11:38:08
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欢仔

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by muyanshuang at 2011-11-21 11:38:08:
最好的检测方法就是实际做一次PCR。
其他的blast只能作为参考。

在定引物之前 不是还要检查下设计的引物是否合理吗
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勇于尝试新鲜事物
4楼2011-11-22 00:30:31
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muyanshuang

木虫 (正式写手)
引物设计符合基本的规则即可。
实际的情况需要实践来检验！
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5楼2011-11-22 08:27:13
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欢仔

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by muyanshuang at 2011-11-22 08:27:13:
引物设计符合基本的规则即可。
实际的情况需要实践来检验！

我选择了primer中分数比较高的引物，之后不需要再检查了吗？   
我上次设计的引物好像有问题，所以想检查引物设计是不是有问题
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勇于尝试新鲜事物
6楼2011-11-22 11:16:04
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muyanshuang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 欢仔 at 2011-11-22 11:16:04:
我选择了primer中分数比较高的引物，之后不需要再检查了吗？   
我上次设计的引物好像有问题，所以想检查引物设计是不是有问题

primer只是个软件，具体对规则的判断还是靠你自己。
检查引物是否有问题，主要看错配那一项。错配少得话即可。
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7楼2011-11-22 12:57:56
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