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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » SORPTION能够得到能量分布曲线，但是对于MOF簇模型的这种能量分布图是怎么得到的？
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[求助] SORPTION能够得到能量分布曲线，但是对于MOF簇模型的这种能量分布图是怎么得到的？

问题如标题所示，量化貌似也只能得到某个位置的相互作用能？MOF是PCN-14,貌似目前主流的GCMC软件都很难得到这个？？

能量分布图
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好好学习，天天向上。
1楼 2011-11-19 22:51:51
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
1楼: Originally posted by zyj8119 at 2011-11-19 22:51:51:
问题如标题所示，量化貌似也只能得到某个位置的相互作用能？MOF是PCN-14,貌似目前主流的GCMC软件都很难得到这个？？

能量分布图

这个是文献全文，是最新发的一篇JACS。
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  • 附件 1 : PCN-14JACS.pdf
    • 2011-11-19 23:08:49, 3.76 M
好好学习，天天向上。
2楼2011-11-19 23:08:55
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyj8119 at 2011-11-19 23:08:55:
这个是文献全文，是最新发的一篇JACS。

这个是这篇文献的supporting information。
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  • 附件 1 : ja207593c_si_001.pdf
    • 2011-11-19 23:10:57, 981.84 K
好好学习，天天向上。
3楼2011-11-19 23:11:21
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
cenwanglai(金币+3): ~~ 2011-11-22 07:23:44
zyj8119(金币+3): 谢谢回帖！ 2011-11-22 11:10:12
这种图已经不属于GCMC软件的范畴了吧，编写一个小程序，算出每个点的能量，然后画出Contour图就OK了，途中的这个分子结构也是后期加上去的。
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4楼2011-11-21 13:25:48
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ghcacj at 2011-11-21 13:25:48:
这种图已经不属于GCMC软件的范畴了吧，编写一个小程序，算出每个点的能量，然后画出Contour图就OK了，途中的这个分子结构也是后期加上去的。

算每个点的能量，那也太麻烦了吧，我总觉得是不是有更简单的方法？？
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好好学习，天天向上。
5楼2011-11-21 13:31:33
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zyj8119(金币+3): 谢谢回帖！！ 2011-11-22 11:10:26
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-25 10:38:49
supporting information中的图在Sorption中是可以做出来的，可能要经过处理变成文章中的图，具体怎么处理我也不清楚。
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6楼2011-11-21 14:52:32
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by niliu at 2011-11-21 14:52:32:
supporting information中的图在Sorption中是可以做出来的，可能要经过处理变成文章中的图，具体怎么处理我也不清楚。

希望有谁知道怎么做的，分享下处理方式。。。。
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好好学习，天天向上。
7楼2011-11-21 14:53:47
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
cenwanglai(金币+3): 谢谢回复 2011-11-22 07:23:31
引用回帖:
4楼: Originally posted by ghcacj at 2011-11-21 13:25:48:
这种图已经不属于GCMC软件的范畴了吧，编写一个小程序，算出每个点的能量，然后画出Contour图就OK了，途中的这个分子结构也是后期加上去的。

斑竹正解.

如果你知道MOF的结构, 那么XYZ方向上面的坐标就可以知道. 将吸附分子在XYZ坐标范围内遍历, 采用UA模型处理吸附分子, 计算能量, 然后作图.

这个计算有些类似GCMC中的grid energy map
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Life, Love, Laugh.
8楼2011-11-22 01:10:14
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by qphll at 2011-11-22 01:10:14:
斑竹正解.

如果你知道MOF的结构, 那么XYZ方向上面的坐标就可以知道. 将吸附分子在XYZ坐标范围内遍历, 采用UA模型处理吸附分子, 计算能量, 然后作图.

这个计算有些类似GCMC中的grid energy map

MS中SORPTION只能得到能量分布曲线，MUSIC应该可以做这个事情。。。
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好好学习，天天向上。
9楼2011-11-22 11:09:54
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-11-23 19:13:01
引用回帖:
9楼: Originally posted by zyj8119 at 2011-11-22 11:09:54:
MS中SORPTION只能得到能量分布曲线，MUSIC应该可以做这个事情。。。

该文献应该是用sorption得到势能场，用scripting读出数据，再在origin中作图。
我试了一下，应该可以实现。
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10楼2011-11-22 15:17:26
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