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旺仔小馒头01木虫 (正式写手)
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[求助]
怎么用MS构建金纳米粒子？
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| 各位虫友，有谁会用MS构建金属纳米粒子（例如金）啊？希望能不吝赐教，越详细越好。非常感谢！ |
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【答案】应助回帖
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ghcacj(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-11-03 09:49:17
旺仔小馒头01(金币+5): 讲的非常详细，真的非常感谢！！！我试过了，非常好，呵呵。我还想问一下，有关金纳米珠子的构建，也就是通过Build Mesostructure来构建。我在学习蛋白质分子与纳米粒子的相互作用，为了简化计算，一般要用粗粒化模型。所以要构建纳米粒子的珠子模型，并在其表面添加一层配体珠子，还要对从pdb数据库中下载的蛋白质分子进行粗粒化。刚学，很多东西还不懂，所以还需要多看一些文献资料。由于一般文献都不会介绍详细步骤，还要多摸索，仔细研究一下help文件。不知道您有什么书籍或文献可以推荐一下，呵呵，感激不尽。再次感谢你的详细回答！！！ 2011-11-07 09:42:10
ghcacj(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-11-03 09:49:17
旺仔小馒头01(金币+5): 讲的非常详细，真的非常感谢！！！我试过了，非常好，呵呵。我还想问一下，有关金纳米珠子的构建，也就是通过Build Mesostructure来构建。我在学习蛋白质分子与纳米粒子的相互作用，为了简化计算，一般要用粗粒化模型。所以要构建纳米粒子的珠子模型，并在其表面添加一层配体珠子，还要对从pdb数据库中下载的蛋白质分子进行粗粒化。刚学，很多东西还不懂，所以还需要多看一些文献资料。由于一般文献都不会介绍详细步骤，还要多摸索，仔细研究一下help文件。不知道您有什么书籍或文献可以推荐一下，呵呵，感激不尽。再次感谢你的详细回答！！！ 2011-11-07 09:42:10
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这有一种构建晶体团簇的方法，不知道行不行： Q: 晶体团簇建模 A: 步骤如下： 第一种情况: 从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞 1． 打开MS，由file —> import —> structures —>metals —>pure-metals —>Fe导入Fe的晶胞。 2． 由build —>Surfaces —>cleave Surfaces打开对话框. 在对话框中输入要建立的晶面（hkl），选择position，其中depth控制晶面层数。 3． 进入build>Supercell，输入a 、b 、c的值，得到想要的超晶胞。 4． 到该步骤，我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周期性计算，则应选择build—>Crystals —>build vaccum slab，其中真空层通常选择10埃以上。如果建立团簇模型则选择build —>Symmetry —>Non-periodic Structure，去掉模型的周期性，并跟据自己的实际需要删除部分原子，得到想要的团簇模型。 5． 在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。 第二种情况: 手动建模，优点是可控制晶格常数。 6． 首先从文献中查到晶体的晶格常数的实验值。 7． 打开build —>Crystals —> build crystals，可见到对话框。 在对话框中选择空间群与点群，然后在Lattice Parameter中设置晶胞基矢的长度及夹角。 8． 然后打开build —>Add atom，从对话框中输入坐标。这里只需输入几个有代表性的原子的坐标，不必全部输入。在坐标输入前首先在option页面中选择coordinate system，或者分数坐标或者卡迪尔坐标。 9． 以下步骤重复2-5步。 10． 需要注意的是，采取什么样的团簇并不是任意的。原因是很多模型构造出来后在优化过程中往往不收敛。要避免这个问题的办法是查阅文献，参考文献上模型进行选取，因为它们的模型通常是经过试验证实收敛的。 几点说明 1． 与高斯相比，dmol3能够计算的体系更大。如果要研究表面的吸附，而模拟表面的团簇模型又比较大，建议采用dmol3。如果计算的是局部化学反应，而体系也不是很大，则可以使用高斯。 2． 关于是否考虑周期性条件的问题 研究金属表面时，团簇计算方法在前些年由于计算量小曾经被广泛的应用过，直到现在也被很多人在使用着，主要被用来计算吸附和多个分子的共吸附等，即不考虑化学键的断裂。 近年来由于国际上计算能力的提升，人们开始考虑周期性条件，这点从JPCA，JPCB，PRL，PRB，JACS等杂志上刊出的文章里也可以看出，但是计算量要大很多。 需要注意的是，由于团簇计算方法没有考虑周期性，即在k空间里只计算了Γ点，采用该方法计算表面的化学键的断裂（即表面扩散问题等）时有可能受到质疑。 3．在研究表面时，通常把团簇固定，只优化吸附在表面的分子，这一点可以通过菜单栏上的Modify>Constraint实现。首先选定团簇中需要固定的原子，然后在下面的对话框中打勾。同时也可以在Measurement里固定部分键长和键角。 4. 关于计算参数设置 主要有几个参数需要注意 1 对于Electronic页面，需要注意的是Core treatment,对于过渡金属原子通常需要考虑相对论效应，因此一般不使用All Electron方法。其他几种方法任选。 Basis set应为DNP，Setup下的Quality一般选fine。为了提高计算速度，一个较好的办法是先用粗糙的Basis set和Quality进行优化，然后再提高精度。 2 还有一个非常重要的选项是Electronic —>More —>SCF里的Use smearing。这个关键字有助于加快收敛，但是设的多大往往会产生错误的结果，它也相当于允许的误差范围。具体设置办法可参考help。 其他的关键字可酌情设置。 |
2楼2011-11-02 19:26:23
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