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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 有关MS模拟溶剂条件下的吸附问题
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caijj09

木虫 (职业作家)

[求助] 有关MS模拟溶剂条件下的吸附问题

最近出于课题的需要，接触MS。主要是模拟水体系及有机溶剂体系（如丙酮中）下，有机分子（如芳香族）吸附在金属，金属氧化物表面。先向各位分子模拟的前辈们求教以下一些问题：

1， 构建好有机分子（如甲苯）后，需要对其进行优化吗?要优化哪些指标？  如果进行结构优化，用哪个模块？因为看论坛里的介绍，有用Discover， Forcite，还有用什么CASTEP。 在对有机分子进行优化时选用哪个？在优化时需要设置哪些参数？怎么设置？  如果涉及到力场，选择COMPASS还是其他类型的力场？

2，构建好金属或者金属氧化物结构模型后，怎么将其放入溶剂环境中？操作步骤是怎样的？ 在建好金属或金属氧化物模型后，需进行哪些方面的优化？ 优化步骤是什么样的？ 参数怎样设置？

3，用Modules中的Morphology模块求晶面能的时候，是不是需要先且好面？还是直接设置就可以？


4，如果有哪个高手能直接编个模拟步骤（以 在乙醇体系中，间甲苯吸附在氧化铁表面为例，具体吸附在哪个晶面需要计算确定），额外赠送200金币！

谢谢大家啦！

[ Last edited by caijj09 on 2011-10-24 at 21:03 ]
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自强不息
1楼 2011-10-24 20:59:16
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青菜001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-26 11:02:25
这个我研究的不是很多，我一般就是应用discover模块的能量最小（minimizer）,我最近也是碰到一个这样的问题，同样的分子在构建的时候初始构型不一样，能量最小化后的最终的结构也是不一样，希望可以交流一下。
赞一下(1人) 回复此楼
有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
4楼2011-10-25 12:02:34
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查看全部 8 个回答

caijj09

木虫 (职业作家)
求助啊！自己顶起，，，
回复此楼
自强不息
2楼2011-10-25 08:25:41
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青菜001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-10-25 10:18:15
caijj09(金币+20): 非常感谢！有机分子构建好后用什么模块优化好？ 2011-10-25 11:23:59
第一个问题：用discover模块计算能量最小化，建立模块后用NPT系综计算密度，后用discover再进行动力学模拟。
第二个问题：建立金属基底，金属单质直接找到剪切面固定就行了，氧化物要设定好力场（compass）后去键，这些设定完后一半都要固定金属基底的分子或者原子。
第三个问题：第三个不是很熟悉，不过求晶面能是要先把面切出来后有了表层的原子面才能计算表层的原子所在晶面的晶面能。
赞一下(2人) 回复此楼
有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
3楼2011-10-25 08:48:58
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by ghcacj at 2011-10-25 12:54:51:
如果分子不是很大，像甲苯或者丙酮这些，完全可以使用精确度更高的DFT软件进行优化，然后将优化后的分子进行后续的计算。

可以用Castep，不过好像更多人选择Gaussian或者Dmol3之类的DFT软件，如果小分子精细优化，Gaussian更佳，因为可以提供比较精细的泛函和比较大的基组。
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6楼2011-10-25 14:50:24
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