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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 提取土壤DNA，如何去除腐殖质等PCR抑制物？
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
★
zhang8826857(金币+1): 鼓励鼓励 2011-10-19 10:07:48
引用回帖:
9楼: Originally posted by HarveyWang at 2011-10-18 18:40:49:
这个方法我正在用呢。。。。一般来说，10000 rpm X 5-10min 会把所有的微生物菌体或菌丝体都离心下来的。。对于提取土壤中微生物胞内的DNA没有任何损失。

除非你提取的就是。。。土壤中游离出来的DNA   

好吧 可是我还有两个疑问
1  第二步自然沉淀土壤颗粒，一般来说颗粒里面包裹着的微生物数量也不少 ，取上清损失应该是有的
2 你说腐植酸 选择性溶解或者沉淀 那说明 腐植酸可溶部分还是去不掉的  


我声明一下， 我没有挑你刺  只是探讨一下，不要误会。‘
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11楼2011-10-18 18:47:33
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HarveyWang

捐助贵宾 (知名作家)

海外行者
★
zhang8826857(金币+1): 再给个金币^_^加油 2011-10-19 10:07:59
引用回帖:
11楼: Originally posted by 老夏853 at 2011-10-18 18:47:33:
好吧 可是我还有两个疑问
1  第二步自然沉淀土壤颗粒，一般来说颗粒里面包裹着的微生物数量也不少 ，取上清损失应该是有的
2 你说腐植酸 选择性溶解或者沉淀 那说明 腐植酸可溶部分还是去不掉的  


我声 ...

1.土壤颗粒你要沉多大的啊？ 不是让你之前混匀和悬浮了么？这样就散开了。

2.不是离心弃掉上清了么？可溶性的腐植酸类已经被丢掉了。

3.你先按我说的做一遍啊。。。
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【我一直认为做土匪很性感很坏，很直接，可以大声喊：JCMM我爱你！所以，我自从博士毕业后，就一直在寻找黑道大哥一起去抢钱、抢粮、抢地盘】
12楼2011-10-18 19:25:47
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by HarveyWang at 2011-10-18 19:25:47:
1.土壤颗粒你要沉多大的啊？ 不是让你之前混匀和悬浮了么？这样就散开了。

2.不是离心弃掉上清了么？可溶性的腐植酸类已经被丢掉了。

3.你先按我说的做一遍啊。。。

好 我试试
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13楼2011-10-18 19:27:50
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匿名

用户注销 (初入文坛)
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14楼2011-10-19 09:12:49
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lukeshuai001

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by HarveyWang at 2011-10-18 16:00:24:
很简单。。

1）在进行上述操作之前，将土壤样品在 0.9% NaCl 灭菌水中混匀2-5 min（1g 土壤/5-10mL），然后高速离心10000 rpm X 5min，使土壤颗粒和菌体或菌丝沉淀。

2）倒掉离心上清！将沉淀用1-3 mL 0.9% ...

师兄，能不能把你们提取DNA的方法说一下，还有就是缓冲液的配置，我们实验是没做分子的，都是自己摸索，有点搞不明白
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加油，期待实验顺利
15楼2011-10-21 14:10:42
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fcheng025

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
16楼2011-10-29 11:20:40
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fcheng025

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
17楼2011-10-29 11:23:20
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qy890521

新虫 (初入文坛)
这位大侠，你说的这个方法
1）在进行上述操作之前，将土壤样品在 0.9% NaCl 灭菌水中混匀2-5 min（1g 土壤/5-10mL），然后高速离心10000 rpm X 5min，使土壤颗粒和菌体或菌丝沉淀。

2）倒掉离心上清！将沉淀用1-3 mL 0.9% NaCl 灭菌水重悬，冰浴中静置1-2分钟使土壤颗粒自然沉淀。

3）取浑浊的上层液1-2 mL，高速离心10000 rpm X 5-10min。倒掉离心上清！沉淀再按比例加入DNA提取缓冲液和石英砂等，进行提取工作（这个比例得根据你自己的土壤样品摸索下咯）。
对于做土壤微生物遗传多样性会不会有影响呢？
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18楼2012-08-30 15:59:30
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