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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 求推荐化学软件有前途的课题组
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meishere

新虫 (初入文坛)

[求助] 求推荐化学软件有前途的课题组

大家好，我是一名化学专业的本科生。因为不喜欢有机无机这种个人认为经验性、体力性很强的方向，喜欢思维性的学科，所以准备报考化学软件方面的研究生。但就我知道，国内目前做化学程序的有1.北大刘文剑老师组BDF，考北大应该很难；2.西大文振翼老师组XI‘ANCI，但文老师退休了，年轻老师跟不上啊；3.厦大吴玮老师组，但吴老师做的是VB(价键理论），听说过时了，没前途。
以上是我知道的，可能不全面有些地方不对，请长辈推荐化学软件有前途的课题组！还有就是做计算和做程序研究生阶段学习的内容区别大吗？感谢！
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1楼 2011-09-29 11:06:23
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

剑魄诗魂

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-09-29 20:34:22
你所谓的化学软件专业莫非就是那些做算法的？这个真有点艰难，推荐你还是做应用性稍强点的计算化学吧，反正都是和软件打交道的。
我就是做计算的，在苏州大学FUNSOM研究院，学校你可能看不上，但这个研究院建议你去了解了解，我就不王婆卖瓜了。这里有加州理工归国的李有勇教授课题组，加州大学归国的侯廷军教授课题组，都是专做理论计算的，你真有兴趣的话，可以专门研究算法。
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且邀浊圣嗤名禄，因忆莼鲈弃旧游。常效楚狂能恣肆，敢称才士故风流。
4楼2011-09-29 13:52:33
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鱼妃

金虫 (著名写手)

挖坑不填
★ ★ ★
小红豆(金币+3): welcome 2011-10-04 20:33:52
引用回帖:
20楼: Originally posted by meishere at 2011-10-01 17:32:55:
学长是不喜欢实验性的方向选择了物化里的催化（也有部分实验吧）吧。学过C的，当时还是很过瘾的，觉得思考解决问题和数学很像，当时解决问题的步骤是假使自己有很强大的计算能力会怎么人为处理，然后翻译成计算机 ...

研究生计算化学课
群论
基础量子化学
计算量子化学
分子模拟
等
你看量子化学版的版面上方，有个栏目叫做“本版QC强帖牛人总排行”，差不多相当于别的网站里的那种“专业指数”或“强帖威望”之类的东西
你可以去问问QC强帖多的人，他们知道的会多一些
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己所不欲，勿施于人；己所欲者，亦勿施人。无论穷达，但守本分；八风不动，独善自身。
23楼2011-10-01 20:35:35
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普通回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
你把话说得太绝对，很多师凶很生气，不会帮你啦
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2011-09-29 11:56:58
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meishere

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by beefly at 2011-09-29 11:56:58:
你把话说得太绝对，很多师凶很生气，不会帮你啦

对不起长辈们，我说了“以上是我知道的，可能不全面有些地方不对”了，我说话直接了，只是心里很急。我是想做程序方面的，现在就要考研抱名了，还请前辈多多包涵。本科学了化学专业，但是不喜欢经验性的学科的学生很不知所错！
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3楼2011-09-29 12:13:33
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meishere

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 剑魄诗魂 at 2011-09-29 13:52:33:
你所谓的化学软件专业莫非就是那些做算法的？这个真有点艰难，推荐你还是做应用性稍强点的计算化学吧，反正都是和软件打交道的。
我就是做计算的，在苏州大学FUNSOM研究院，学校你可能看不上，但这个研究院建议你 ...

非常感谢！
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5楼2011-09-29 14:00:26
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
gmy1990(金币+5): 欢迎回来，哈哈.. 2011-09-29 16:11:37
引用回帖:
2楼: Originally posted by beefly at 2011-09-29 11:56:58:
你把话说得太绝对，很多师凶很生气，不会帮你啦

我看楼主其实不是想学习软件，而是想研究算法 或者自己编程吧
国内的话，你可以百度一下顾凤龙、陈飞武、帅志刚、杨忠志、黎乐民（老先生不知道还招生不？）、刘文剑、文振翼、吴玮……
国内吧，其实算法研究并不热（当然全世界来看也真没热到什么程度）。如果想研究算法，去国外。这个，你去问二楼的Beefly专家
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6楼2011-09-29 14:29:31
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piduil

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-09-29 16:11:49
meishere(金币+2): 答的很全面很用心，万分感谢，以后还请多多赐教！ 2011-10-01 12:43:13
看来楼主偏爱量子化学程序开发方面的研究，我觉得如果喜欢偏理论性的学科，物理、计算机的基础也不错，选这方面的专业还是不错的。

理论方面有的是偏量子方面的，比如6楼提到的导师，有的是偏经典力学的，有的是主要研究动力学的。各个方向热度不一样，但我觉得很难说哪个更有前途。因为研究的对象不一样，量子方法结果更准确但算不了很大的体系，经典力学可研究的体系更大，但精度可能稍差。在量子理论中，VB方法虽然研究的人的确不多了，但也很难说没前途了，说不定什么时候就有突破性进展，然后大家研究的热点就变了，就是三十年河东三十年河西的故事了。

专业的选择主要看自己的兴趣，看有没有想闯进去干一番的劲头。

做程序开发的研究生阶段，需要多学习些理论知识。我的体验是，如果你想弄懂一个程序，必须事先在理论上清楚这个程序上是用来干什么的，能知道理论上的细节，清楚它会用到的数学物理公式；这样在下面的读程序和二次开发的过程中，才能很快的上手。计算机和编程的知识不需要太多，量子化学的程序主要是数值计算，很少用到各种编程技巧；如果太沉迷于编程的技巧，很容易走偏方向。如果你选量子化学程序的方向，需要加强量子化学理论的学习，这个是主业。同时要利用好自身的特点：化学背景好的，多关心化学家感兴趣的分子，价键，这个是做物理出身的人没法比的；数学物理背景好的，多关注于新方法新理论的开发；计算机背景好的，多在程序效率优化方面下功夫，比如并行，异构计算...总而言之，要学会在“夹缝”中生存。换而言之，越是夹缝的地方，越是学科交叉的地方，未知问题多的地方，越是值得研究的领域。

我现在就是在做程序和理论方面的研究，希望能给你一点帮助。
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7楼2011-09-29 16:00:52
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yyqiao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-09-29 20:34:45
我是专门开发化学软件的。有没有前途不敢说。
我的博客：http://blog.sina.com.cn/nkuqiao
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博客：blog.sina.com.cn/nkuqiao；应用化学：blog.sina.com.cn/nkapc；化学工程：blog.sina.com.cn/nkceg
8楼2011-09-29 16:57:59
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yyqiao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-09-29 20:34:56
最近，我写的《化学信息系统开发技术》（化学工业出版社）刚刚出版。
http://blog.sina.com.cn/cisdqiao

在本论坛，也有相关的帖子：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3491302
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博客：blog.sina.com.cn/nkuqiao；应用化学：blog.sina.com.cn/nkapc；化学工程：blog.sina.com.cn/nkceg
9楼2011-09-29 17:01:02
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yyqiao

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小红豆(金币+6): 感谢交流 2011-09-29 20:35:11
本书概要介绍了信息的基本知识，阐述了信息开放共享的重要性。针对化学信息的特点，选择不同类型的化学信息系统实例，讲述其系统设计思路和开发方法。对实际研发有重要的指导作用，适合计算机与化学领域的科研、教学参考。不过，书中既没有什么秘诀能让读者快速掌握某种信息开发技术，也不可能面面俱到地评述所有的信息共享模式；所能做的，是尽量帮助读者追溯化学对象的设计思想，分析信息系统的构成框架，从而避开花样繁多的开发语言、设计模式的困扰，练习从比较底层的角度来观察和理解一个个看似纷繁、实则有序的化学信息系统。希望读者今后面对自己的实际需求时，在设计理念和开发技术方面，能做出与时俱进的合理选择，创造出更多的专门适应化学研究需要的模式和技巧。

本书所讲解的化学信息的数据结构、算法和开发实例，大都源自本实验室的研究工作，部分参考了国内外的报道。
【......】

目录：（临时页码）

第一章　化学信息系统概述. 1

　　　　第1节　信息系统概述. 1
　　　　第2节　化学信息系统概况. 2
　　　　　　一、化学信息系统的主要类型. 2
　　　　　　　　1、化学文献. 2
　　　　　　　　2、化学物性标准数据. 4
　　　　　　　　3、化学图谱. 5
　　　　　　　　4、化学结构式、反应式. 7
　　　　　　　　5、化学在线计算. 8
　　　　　　　　6、化学综合信息系统. 10
　　　　　　二、用户界面. 11
　　　　　　　　1、网络浏览器插件. 11
　　　　　　　　2、嵌入Java程序. 13
　　　　　　　　3、专用程序. 14

第二章　化学信息的开放. 15

　　　　第1节　信息系统的开放. 15
　　　　　　一、信息的保护与开放. 15
　　　　　　二、期刊文献数据库的开放机制. 17
　　　　　　三、开源软件的开放机制. 18
　　　　　　　　1、开源软件的发展. 18
　　　　　　　　2、开源软件的版权. 20
　　　　　　四、生物信息学的开放机制. 21

　　　　第2节　化学信息的开放发展. 22
　　　　　　一、数据文件格式. 23
　　　　　　二、软件与编程语言. 25
　　　　　　三、新的环境与平台. 27

第三章　信息系统设计基础. 29

　　　　第1节　网络应用发展历程. 29
　　　　　　一、从远程网到因特网. 29
　　　　　　二、从桌面应用程序到网络应用程序. 30
　　　　　　三、从远程登录到C/S和B/S模式. 31
　　　　　　四、从文件服务器到数据库服务器. 32
　　　　　　五、从分布式到网格和云. 32

　　　　第2节　网络运行环境. 34
　　　　　　一、网络通信协议. 34
　　　　　　　　1、基本的HTTP协议. 35
　　　　　　　　2、传递表单的HTTP协议. 36
　　　　　　　　3、上传文件的HTTP协议. 37
　　　　　　二、服务器的软件环境. 38
　　　　　　　　1、万维网服务进程. 38
　　　　　　　　2、数据对象类型. 39
　　　　　　　　3、网络应用程序. 40
　　　　　　　　4、数据库和临时文件. 43
　　　　　　三、客户端的软件环境. 45
　　　　　　　　1、B/S模式. 45
　　　　　　　　2、C/S模式. 47
　　　　　　　　3、兼容与扩展. 48

　　　　第3节　软件开发技术. 48
　　　　　　一、开源软件开发技术. 49
　　　　　　二、开源软件标准化. 49
　　　　　　　　1、数据通信标准. 50
　　　　　　　　2、界面标准. 50
　　　　　　　　3、模块标准. 51
　　　　　　三、网络应用程序的开发. 52
　　　　　　　　1、数据结构. 52
　　　　　　　　2、文件管理. 56
　　　　　　　　3、资源共享. 62
　　　　　　　　4、用户界面. 67

　　　　第4节　内容管理系统. 71
　　　　　　一、角色划分. 72
　　　　　　二、功能类型. 73
　　　　　　三、设计模式. 73
　　　　　　四、开源选择. 74
　　　　　　五、应用需求与发展. 75

第四章　化学信息数据的结构与算法. 77

　　　　第1节　化学图谱. 77
　　　　　　一、图谱文件与数据库. 77
　　　　　　　　1、JCAMP-DX 77
　　　　　　　　2、CMLSpect 81
　　　　　　　　3、图谱数据库. 82
　　　　　　二、图谱检索算法. 82
　　　　　　　　1、图谱特征提取. 83
　　　　　　　　2、图谱匹配算法. 84

　　　　第2节　分子结构. 89
　　　　　　一、分子拓扑结构的表达. 90
　　　　　　　　1、基本方法. 90
　　　　　　　　2、通式结构. 95
　　　　　　　　3、片段结构. 98
　　　　　　二、分子结构的检索与匹配. 104
　　　　　　　　1、唯一性算法. 104
　　　　　　　　2、特征编码算法. 106
　　　　　　　　3、拓扑匹配算法. 107
　　　　　　　　4、拓扑匹配的语法和语义. 115

　　　　第3节　化学反应. 119
　　　　　　一、化学反应的表达. 119
　　　　　　　　1、联接表法. 119
　　　　　　　　2、线性编码. 121
　　　　　　　　3、BE矩阵. 123
　　　　　　　　4、反应通式. 124
　　　　　　二、反应物与产物的关系. 125
　　　　　　　　1、结构推导. 125
　　　　　　　　2、自动对应. 127

　　　　第4节　南开软件开发包. 130
　　　　　　一、谱图通用数据处理开发包. 130
　　　　　　二、有机分子拓扑结构开发包. 132

第五章　化学信息系统的开发实例. 133

　　　　第1节　化学信息导航系统. 133
　　　　　　一、设计与开发路线. 133
　　　　　　二、系统构成与功能. 134
　　　　　　三、Mashup开发模式. 137

　　　　第2节　核磁共振谱仪管理系统. 141
　　　　　　一、功能设计. 141
　　　　　　二、开发技术. 144
　　　　　　　　1、服务器端. 144
　　　　　　　　2、客户端. 146
　　　　　　　　3、数据下载. 147
　　　　　　三、其他配套措施. 147
　　　　　　　　1、仪器维护. 147
　　　　　　　　2、人员管理与培训. 147

　　　　第3节　有机结构与反应查询系统. 148
　　　　　　一、功能分析. 149
　　　　　　二、开发技术. 150
　　　　　　　　1、应用程序. 150
　　　　　　　　2、数据库. 153
　　　　　　　　3、客户端. 155
　　　　　　　　4、系统框架. 157
　　　　　　三、计算机辅助有机合成. 158
　　　　　　　　1、合成树. 158
　　　　　　　　2、反应中心与反应通式. 160

　　　　第4节　虚拟组合分子库系统. 162
　　　　　　一、衍生策略. 163
　　　　　　二、机制与流程. 166
　　　　　　三、开发技术. 166
　　　　　　　　1、架构设计. 167
　　　　　　　　2、任务分工. 168
　　　　　　　　3、运行流程. 169
　　　　　　四、商业软件. 171

　　　　第5节　其他化学信息系统. 173

第六章　新技术与应用的展望. 175

　　　　第1节　复杂信息协议. 175

　　　　第2节　富应用程序. 178

　　　　第3节　从软件到服务. 179
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博客：blog.sina.com.cn/nkuqiao；应用化学：blog.sina.com.cn/nkapc；化学工程：blog.sina.com.cn/nkceg
10楼2011-09-29 17:02:03
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