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扩散的建模
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小弟初学cpmd，想用它计算化学反应产生的氧原子在此晶体中的扩散系数。刚接触分子动力学模拟，不知道怎么建模。初步想用一个氧原子替换反应中被取代的原子的坐标，再建个2*2*2的晶胞，然后优化波函数再做动力学模拟，产生轨迹文件后，用vmd求msd，再计算扩散系数。不知道这样可行吗？尤其是建模，怎样设置产生的氧原子坐标。请求高手指点，不胜感激！ [ Last edited by maxwellscu on 2011-9-5 at 17:40 ] |
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