| 查看: 3599 | 回复: 12 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
mailchensu铁虫 (小有名气)
|
[求助]
细菌鉴定--blast后一定要再到Genbank中检索才能确定什么菌，得到accession number吗？
|
|
| 筛出的细菌进行16s rDNA 测序后，进行了blast比对后，该菌的query coverage 和 Max identity与检索到的一个菌都是100%，这样可以推断就是检索到的那个菌吗（可以用blast里的accession number 作为我筛到菌的号码不）？还是不管blast检索到什么结果，都必须到Genbank检索一下呢，才能得到我筛到菌的accession number 。不管它是已发现的菌还是新菌也好，我的目的是想得到我筛的菌的accession number ，因为发表文章的时候会要用到这个号码。我不是作为生物方面的，请这方面的专家帮我指导一下吧，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
退学或坚持读
已经有25人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有13人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有4人回复
-
免疫学博士有名额，速联系
已经有14人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有4人回复
-
多组分精馏求助
已经有6人回复
liuhaolin3
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 94 (初中生)
- 金币: 16918.5
- 红花: 15
- 帖子: 1163
- 在线: 178.7小时
- 虫号: 1116160
- 注册: 2010-10-08
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
12楼2015-05-02 22:52:17
2楼2011-08-31 14:16:41
天鸟
木虫 (正式写手)
- MicEPI: 1
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2548.5
- 散金: 52
- 红花: 7
- 帖子: 515
- 在线: 186.4小时
- 虫号: 627037
- 注册: 2008-10-15
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
3楼2011-08-31 20:06:57
★ ★ ★
scelab(金币+3): 鼓励新虫，谢谢交流哦~ 2011-08-31 23:29:27
scelab(金币+3): 鼓励新虫，谢谢交流哦~ 2011-08-31 23:29:27
|
筛出的细菌进行16s rDNA 测序后，进行了blast比对后，该菌的query coverage 和 Max identity与检索到的一个菌都是100%，这样可以推断就是检索到的那个菌吗？ 答：不一定，NCBI有点像论坛的BBS，谁都可以提交序列。你最好还应该跟模式菌株的参考序列进行比对，模式菌株的序列详见网站，http://www.bacterio.cict.fr/。 另，就是100%相似，也不能完确认就一定是同一个种，因为16S 是非常保守的，部分种之间的16S 相似度高达100%. |
4楼2011-08-31 21:41:59