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xiaozufeng
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不共平面环的夹角
各位大侠,小弟请叫个问题:对于已经优化过结构的 2,6,2',6'——四甲基联苯 ,如何求得其中两个苯环平面的夹角呢?
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2011-08-30 21:31:18
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每个苯环各取不共线的3个点,然后联立方程组求解。
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xiaozufeng
2楼
2011-08-30 21:42:16
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【答案】应助回帖
xiaozufeng(金币+3): 但如果不是直接相连而不共平面的环呢? 2011-08-30 22:49:52
就是211‘2‘四个碳原子的二面角啊。
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3楼
2011-08-30 21:46:58
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2楼
:
Originally posted by
asaka
at 2011-08-30 21:42:16:
每个苯环各取不共线的3个点,然后联立方程组求解。
有没有相关的软件能直接处理得到结果呢?
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坐观垂钓
4楼
2011-08-30 22:52:36
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【答案】应助回帖
xiaozufeng(金币+12): 2011-08-31 09:36:40
给你个程序代码,输入为6个点的坐标,前后3个各决定一个平面。输出为二面角的值,第一个是弧度,第二个是普通角度。
CODE:
Program Dihedral_angel
implicit double precision(a-h,o-z)
dimension a(3,3,2),b(3,2)
read(*,*) a
! calculate normal vectors
do i=1,2
do j=1,3
a(j,2,i)=a(j,2,i)-a(j,1,i)
a(j,3,i)=a(j,3,i)-a(j,1,i)
end do
b(1,i)=a(2,2,i)*a(3,3,i)-a(3,2,i)*a(2,3,i)
b(2,i)=a(3,2,i)*a(1,3,i)-a(1,2,i)*a(3,3,i)
b(3,i)=a(1,2,i)*a(2,3,i)-a(2,2,i)*a(1,3,i)
tmp=sqrt(b(1,i)**2+b(2,i)**2+b(3,i)**2)
do j=1,3
b(j,i)=b(j,i)/tmp
end do
end do
! calculate dihedral angle
c=b(1,1)*b(1,2)+b(2,1)*b(2,2)+b(3,1)*b(3,2)
ang=acos(c)
write(*,*) "Dihedral angle : ",ang,ang/atan(1.d0)*45.d0
End
比如输入数值为:
0 0 0
0 0 1
1 0 0
0 0 0
0 0 1
1 1 0
则输出为
Dihedral angle : 0.785398163397448 45.0000000000000
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2011-08-30 22:56:53
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有个免费软件 Carties (可能拼错了)可以直接给出,我用过!
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2011-09-04 18:44:37
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2011-09-04 18:47:35
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7楼
:
Originally posted by
yqzhang6518
at 2011-09-04 18:47:35:
cartes 1.3.5
我刚下了一个,v1.3.0版,还不会用,能不能发个V1.3.5到我邮箱里?谢谢了!
xzf1988@mail.ustc.edu.cn
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2011-09-06 21:53:04
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