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shuang987

禁虫 (初入文坛)

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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

shuang987(金币+2): 谢谢啊! 2011-12-01 12:59:04
引用回帖:
1楼: Originally posted by shuang987 at 2011-08-24 23:01:16:
目前有一株PAH高效降解菌,降解特性等试验已经做完了,想对该菌株进行更深入的研究,如基因组学、蛋白组学方面。但不知道具体可以进行哪些研究!希望有经验的前辈可以指点一下!感激不尽啊!

楼上说得有一定道理的!

很多降解细菌的代谢基因在于质粒上,所以首先可以做一个质粒消除实验,通过丝裂霉素或者其他方法消除PAH高效降解菌的质粒,看看细菌还能不能降解PAH,如果质粒消除以后,细菌不能降解PAH,说明降解性基因位于质粒上,相反降解性基因可能定位于染色体上,当然有时候也存在部分降解性基因位于质粒,部分基因位于染色体。

如果降解性基因位于质粒的话,你可以尝试把降解性质粒提取出来,一般降解性的质粒都比较大,可以通过测序把序列测出来,再通过生物信息学的方法对基因进行注释和比对分析,确定哪些基因可能和PAH的降解相关,可以把这些基因进行克隆和表达,进一步通过酶学实验进行验证!

如果降解性基因位于染色体的话,也可以通过蛋白组或转录组等方法找出和PAH的降解相关基因,由于测序成本的下降,现在一般倾向于转录组分析,如果PAH降解相关基因是诱导表达的,可以通过比较在诱导和非诱导条件下细菌的差异表达情况,分析哪些基因可能和PAH的降解相关,然后进一步进行实验验证!
3楼2011-08-25 20:02:55
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

shuang987(金币+1): 2011-12-01 12:59:13
shuang987(金币+1): 2011-12-01 12:59:15
首先,额没有做过这方面的工作。
其次,据我了解,很多降解这类物质的材料都是存在一个催化代谢途径,而细菌内源性质粒往往和这个有关系。因此,你首先可以尝试进行质粒丢失实验,如果有测序的数据,可以尝试克隆一些和降解有关的基因。
三,你还可以尝试做做代谢中间体的分析

我说的不一定对,但是你好好读文献应该是有很多的事情可以做的,至少可以做到遗传学的水平吧。
致良知
2楼2011-08-25 13:05:59
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