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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 请牛人指点迷津啊！关于筛选的降解菌株的后续分析工作
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shuang987

禁虫 (初入文坛)
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1楼 2011-08-24 23:01:16
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

shuang987(金币+2): 谢谢啊！ 2011-12-01 12:59:04
引用回帖:
1楼: Originally posted by shuang987 at 2011-08-24 23:01:16:
目前有一株PAH高效降解菌，降解特性等试验已经做完了，想对该菌株进行更深入的研究，如基因组学、蛋白组学方面。但不知道具体可以进行哪些研究！希望有经验的前辈可以指点一下！感激不尽啊！

楼上说得有一定道理的！

很多降解细菌的代谢基因在于质粒上，所以首先可以做一个质粒消除实验，通过丝裂霉素或者其他方法消除PAH高效降解菌的质粒，看看细菌还能不能降解PAH，如果质粒消除以后，细菌不能降解PAH，说明降解性基因位于质粒上，相反降解性基因可能定位于染色体上，当然有时候也存在部分降解性基因位于质粒，部分基因位于染色体。

如果降解性基因位于质粒的话，你可以尝试把降解性质粒提取出来，一般降解性的质粒都比较大，可以通过测序把序列测出来，再通过生物信息学的方法对基因进行注释和比对分析，确定哪些基因可能和PAH的降解相关，可以把这些基因进行克隆和表达，进一步通过酶学实验进行验证！

如果降解性基因位于染色体的话，也可以通过蛋白组或转录组等方法找出和PAH的降解相关基因，由于测序成本的下降，现在一般倾向于转录组分析，如果PAH降解相关基因是诱导表达的，可以通过比较在诱导和非诱导条件下细菌的差异表达情况，分析哪些基因可能和PAH的降解相关，然后进一步进行实验验证！
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3楼2011-08-25 20:02:55
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

shuang987(金币+1): 2011-12-01 12:59:13
shuang987(金币+1): 2011-12-01 12:59:15
首先，额没有做过这方面的工作。
其次，据我了解，很多降解这类物质的材料都是存在一个催化代谢途径，而细菌内源性质粒往往和这个有关系。因此，你首先可以尝试进行质粒丢失实验，如果有测序的数据，可以尝试克隆一些和降解有关的基因。
三，你还可以尝试做做代谢中间体的分析

我说的不一定对，但是你好好读文献应该是有很多的事情可以做的，至少可以做到遗传学的水平吧。
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致良知
2楼2011-08-25 13:05:59
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