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huqionghhkk木虫 (小有名气)
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Chemical structures, categories, sources, and ChemBank (56) identifiers for each compound are already published (48), and we used this information as the source of structures and binary protein-binding data. We calculated molecular property counts (SI Datasets D1 and D2) and E-state descriptors using Pipeline Pilot (Accelrys, Inc.). We also considered these descriptors as a function of protein-binding specificity (SI Dataset D3). For 3D descriptors, we used a ChemAxon module employing DREIDING force field (70) in Pipeline Pilot to generate up to 16 3D conformers per molecule, retaining those within 3 kcal∕mol of the lowest energy conformer. We computed PMI (27) and alpha-shape (29) descriptors using MATLAB code (The MathWorks, Inc.) that follows published methods. Median PMI values and alpha-shape-based distances were taken across retained conformers. In PCA visualizations, small numbers of outliers are not shown for graphical clarity, but all compounds were included in calculations. Significance of spread or concentration in PCA was performed between distributions of Hotelling’s T 2 values, and in PMI and alpha-shape plots between distance distributions (SI Dataset D4), each using Kolmogorov–Smirnov tests (71). Correlations between 2D and PMI descriptors are also provided (SI Dataset D5). |
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baixiaoyong
金虫 (小有名气)
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爱与雨下(金币+1): ！~ 2011-08-23 08:58:45
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| 化学结构，种类，来源，和chembank（56）标识符每个大院已经出版（48），和我们使用这些信息的来源和二进制蛋白结合数据结构。我们计算分子属性计数（四集D 1和D 2）和电子状态描述使用管道试验（公司，股份有限公司。）。我们还认为，这些描述作为一个功能的蛋白结合的特异性（四集D）。三维描述，我们用一个chemaxon模块采用dreiding力场（70）在管道飞行员产生16个三维构每分子，保留在3大卡∕摩尔的最低能量构象。我们计算采购经理人指数（27）和阿尔法形（29）描述使用代码（和代表，Inc .）如下出版方法。中位数指数值和alpha-shape-based距离跨越保留构。在主成分分析的可视化，少量异常值是不显示图形清晰，但所有的化合物被列入计算。意义传播或浓度的常设仲裁法院之间进行分布旅馆2值，并在美国与阿尔法形地块之间距离分布（四集D 4），每个利用柯尔莫哥洛夫–斯米尔诺夫试验（71）。之间的相互关系的二维和描述也提供（四集类）。 |
2楼2011-08-22 14:53:14
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