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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 门外汉提问
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lizzie_su

木虫 (小有名气)

[求助] 门外汉提问

下载了一个PDB，发现有部分残基缺失。
搜了一下小木虫，说是分辨率不够。
我的问题是:为什么会造成分辨率不够呢？是这几个残基比较flexible?会动来动去？
还是仪器或是操作方法的问题呢？
还有没有除了分辨率的其他的原因呢？
我是个门外汉，请耐心详细讲解，如果大家觉着BB少，请留言，我再加~
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1楼 2011-08-15 14:39:56
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

【答案】应助回帖

★ ★
lizzie_su(金币+10): 谢谢~有没有可能是蛋白本身造成的？就是蛋白某几个残基位置不是很固定，所以在衍射做不出来呢？ 2011-08-15 15:25:48
ben_ladeng(金币+2): 谢谢应助 2011-08-15 16:58:02
蛋白质晶体的结构是通过X射线衍射或核磁共振测得的。
所谓分辨率不够，是指当初测试时的X射线衍射或核磁共振方法或仪器的分辨率。
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2楼2011-08-15 15:10:14
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lizzie_su

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yalefield at 2011-08-15 15:10:14:
蛋白质晶体的结构是通过X射线衍射或核磁共振测得的。
所谓分辨率不够，是指当初测试时的X射线衍射或核磁共振方法或仪器的分辨率。

有没有可能是蛋白本身造成的？就是蛋白某几个残基位置不是很固定，所以在衍射做不出来呢？
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3楼2011-08-15 15:26:30
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
lizzie_su(金币+10): 谢谢解答~~ 2011-08-16 08:43:39
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-08-16 20:37:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by lizzie_su at 2011-08-15 15:26:30:
有没有可能是蛋白本身造成的？就是蛋白某几个残基位置不是很固定，所以在衍射做不出来呢？

勉强可以这么说。

实际上，由于蛋白质结构的复杂性，解析的时候往往会遇到“重叠”的原子。
但，这与“残基位置不固定”完全不是一回事。
既然形成晶体了，残基的位置就“固定“了（除了热振动）。

X射线仪器的分辨率是关键的因素。
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4楼2011-08-15 19:09:55
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