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石头2726

新虫 (初入文坛)

[求助] Dmol计算FITC分子的optics总是内存不够

在服务器上算,服务器的物理内存有100G,100多个核。
我用dmol优化过自己画的fitc后就用dmol跑它的optics,一开始用40个核,最大限定10g内存,结果监测显示太耗内存了(100g内存用光)崩了,改成40核,最大2g内存,还是崩了。20核 1.5g还是崩。应该不是硬件的问题了吧,不知道应该如何解决。fitc仅仅39个原子而已。

参数基本上是默认的,见附件
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uuv2010

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【答案】应助回帖

★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-15 23:44:26
石头2726(金币+5): 谢谢回答 2011-08-19 09:28:10
dmol不必用太多的node进行计算,4个node貌似是个比较好的选择 ,好像dmol的并行效率不是很高。您 可以试一试 。
2楼2011-08-15 19:36:56
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