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haibo66878779金虫 (小有名气)
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[交流]
溶剂化模型 已有2人参与
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| 我也在算这方面的东西！这个方面比较耗费时间的，不同的模型有时的收敛标准也是不一样的，一般来说有以下几个模型可以选择，scipcm,pcm cpcm,iefpcm,根据自己的体系进行选择，我觉得至少应该选择两个模型的，这样具有一定的比较性！ |
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sxguoch
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你好，我看到你研究溶剂化效应的，所以向你请教个结果处理的问题 最近在计算溶剂化效应对反应自由能的影响过程中，不知道如何对输出结果进行处理，比如用pcm方法计算出的结果中有 Variational PCM results ======================= Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -5908.227220 还有最后的能量HF=-5908.3144423\RMSD= 2.354e-09\Thermal=0.\Dipole=1.1857381,-0.1096793,1.037488\PG=C01 [X(C8 1H94Fe1N1O7P1Si2)]\\@ 我的问题是，利用HF=-5908.3144423与气相的各项校正相加（如Zero-point correction= 0.190187 (Hartree/Particle) Thermal correction to Energy= 0.210418 Thermal correction to Enthalpy= 0.211362 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.140251 ）得到溶液中相应的E,H,G，然后与起始反应物（按同样的方法计算能量）进行比较呢？还是利用Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -5908.227220与气相中的Gibbs自由能校正值(如Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.140251)相加，与起始反应物相比较？ |
5楼2011-09-22 17:34:12
swustxxl
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gmy1990(金币+2): 2011-08-14 19:54:49
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LZ 小弟乃Gaussian初学者，目前在操作员水平 要优化一个分子的分子立体结构，考虑到实验中这个分子最终构型产生于溶剂中（就是在溶剂中重结晶），所以优化的时候觉着应该加溶剂化，现在手里面的GaussianView有5个模型可以用（小弟现在只会用GaussianView来配置Gaussian输入文件），分别是Default（这个意思好像是不用模型，姑且算一种吧，不太明白什么意思）、IEFPCM、SCI-PCM、CPCM、Cosmol/RC，4个基组+2种方法（B3LYP，B3PW91）+5个溶剂模型一共配置了40种算法方案。虽然现在还没有全部跑完，但有规律可循，带有SCI-PCM和Cosmol/RC的算法方案都EORRER结束，其他的都正常结束，不采用溶剂的构型优化方案都能算出结果说明确实是溶剂化模型导致了计算失败。小弟想探究一下导致这种情况的原因，是这两个模型不适合DFT（B3LYP，B3PW91）？还是不适合做构型优化？或者其他原因。网上资料不太好找，需要行家点拨一下。 [ Last edited by swustxxl on 2011-8-14 at 19:47 ] |
2楼2011-08-14 19:46:25
haibo66878779
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3楼2011-08-15 09:45:32
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我选的基组都比较小，6-31+G(d)，6-31+G(d,p)，6-31+G(2d,p)，6-31+G(3d,p)，有影响吗？个人觉得没什么影响。 这几种溶剂模型有相关介绍吗？难道它们就没什么侧重点，比如说哪种模型适合那种情况的模拟。 出现这种规律性情况，个人觉得应该和这几种模型的特点有关，有Gaussian03/09的说明书希望能传一份，LZ可以上http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3460014这个网址留个言，我的帖子，方便答谢~~ |
4楼2011-08-15 20:52:32
