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liuyusuc

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1楼 2011-08-10 17:26:56
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genho8612

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-08-23 22:13:32
liuyusuc(金币+2): 2011-08-24 12:13:08
你可以看一下DPD的理论，一般都是要求在划分珠子的时候尽量要求体积大小一样。如果没办法做到，可以考虑将几个分子划分成一个珠子，例如像水这样的，可以将几个水分子划分成一个珠子。另外，在定性讨论时，有时珠子大小不一样不影响问题分析也行。
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2楼2011-08-23 09:45:59
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liuyusuc

禁虫 (正式写手)
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3楼2011-08-24 12:15:51
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
1楼: Originally posted by liuyusuc at 2011-08-10 17:26:56:
请教各位大侠，耗散粒子动力学DPD模拟是如何实现对不同粒子大小的情况进行模拟的？一般我看文献上说都是设定粒子的体积大小是一样的，但是如果不一样的话，又该进行怎样的处理呢？

为什么要考虑大小不一样的DPD soft beads呢？
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4楼2011-08-24 15:05:21
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liuyusuc

禁虫 (正式写手)
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5楼2011-08-25 12:33:33
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-08-26 20:14:47
引用回帖:
5楼: Originally posted by liuyusuc at 2011-08-25 12:33:33:
您好，我想做一下蛋白质或者是多肽的粗粒化得模拟。这些氨基酸的大小不是都不相同的吗，所以我想使用珠子大小不相同的DPD来做，要不是化，DPD中的相互作用的参数没法进行确定呀？

不是粗粒化的模型都适合用DPD来模拟的。蛋白质或多肽的相互作用相对复杂，因为可能包含一些类似于氢键的specific interactions。如何在DPD或其他方法如MD中考虑这些特殊的相互作用可能需要很多工作量，仅考虑使用不同大小的soft beads是远远不够的。
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6楼2011-08-25 21:30:16
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