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ailunwen

铜虫 (初入文坛)

[交流] 关于我的研究课题:水稻抗病基因的表达研究 已有3人参与

我是一名研究生,我的课题是水稻抗病相关基因的表达分析以及所参与的通路!这是老板给的题目。具体材料是用的国际水稻所的近等基因系。用稻瘟病菌接种不用的水稻品种7天后,取样提取RNA,反转录成CDNA。用目的基因跑PCR,然后用琼脂糖凝胶跑电泳,观看目的基因的表达情况!目的基因包括脂氧合酶基因了,苯丙氨酸解氨酶基因,PR基因,转录因子基因了!现在我尽量把凝胶图片跑出来,可是一直弄不懂怎么分析?老板一直让我找基因之间的关系,就是近等基因系含有的抗性基因与目的基因之间的关系,或者目的基因之间的关系,我一直很迷茫,实验做的也不是很好,我觉的主要是搞不清楚做什么,没有方向!当时采样也是老板随便一说你去那里采样回来提取RNA吧!很随意的一个课题,弄了一年也没什么好的结果!眼看明年就要毕业了,样品也没了,开会也是一次一次的被骂,说我搞不清背景,文献看了不少,但人家做的基因少,样品也明了!唉,这个研究生读的真是郁闷!命运不好,找了个这么个老板,不知道论坛里有没有做过这种实验的朋友,能给予一些指点!
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爱知识,长智慧!
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ailunwen

铜虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
谢谢你的回复!我用的RT-PCR方法,确定差异主要通过琼脂糖凝胶条带的有无!表达的就是表达了,没有表达的就没有,没有具体量的比较!不知道这样行不行!知道哪些基因有差异后,怎么去研究相关基因的通路呢?通过KEGG数据库吗?不知道你有没有这方面的知识,期待回复!
爱知识,长智慧!
3楼2011-08-08 12:32:10
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cdl007

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
西瓜(金币+2): Good! 2011-08-07 23:00:01
你老板的意思是不是看基因对稻瘟病菌的反馈?思路很明确啊,主要你做好对照,发现样品组与对照组的差异,并根据该差异去研究相关基因所在的通路的上下游基因的关系,这方面相关文献不是很熟,但是大路子就这样,很常规的思路,自己下下功夫,问题不大,工作量也不大,半年足够
2楼2011-08-07 20:24:41
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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
感觉你做的有点像半定量,处理组应该不只一组吧,根据琼脂糖凝胶条带的强弱,可以分析你研究的这些基因在mRNA上表达的相对量,而你的这些基因有可能在同一个通路当中,我觉得你看下别人的文献,应该知道这个通路的具体名称,以及你做的基因在这个通路中的位置,然后根据你的实验结果和这个通路,尝试着解释一下。假设你用菌去处理水稻后,水稻的某某一些基因表达了,是这个刺激影响了A的表达,A又影响了B的表达之类的等等
4楼2012-02-29 16:50:57
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candyjbh

新虫 (正式写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
想知道楼主应该毕业了吧?求论文一篇观摩
5楼2015-03-16 11:21:42
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