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rock0927

铁虫 (正式写手)

[求助] 优化

优化反应物时最后结果没收敛，怎么读取其中的一个优化结构继续计算。我现在一般都是把坐标拷出来，写一个输入文件继续计算，每次都这样做有一点点麻烦，请问有没有哪个关键字可以用的。
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1楼 2011-07-15 19:56:57
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rock0927

铁虫 (正式写手)
还有个问题，我在linux下算，Mem=2GB，Nproc=6，在计算的时候偶而CPU会达到600%，但大多数时候在100%，所以感觉算起来也没快多少，这是什么原因啊
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2楼2011-07-16 10:20:28
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yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-07-19 22:34:58
rock0927(金币+1): 2011-07-20 10:10:37
难道你不用chk?坐标，电子结构都在里面
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3楼2011-07-19 17:13:06
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rock0927

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-07-19 17:13:06:
难道你不用chk?坐标，电子结构都在里面

chk用的，从chk中可以读取某一步的优化结构继续计算嘛
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4楼2011-07-19 21:31:12
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ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-07-19 22:35:15
rock0927(金币+1): 2011-07-20 10:11:12
步长你设置的多少啊，一般不收敛要么是结构不对，进入死循环了，要么就是步长不够
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没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤！
5楼2011-07-19 21:34:56
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Sherry_Ma

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

rock0927(金币+1): 2011-07-20 10:03:25
rock0927(金币+1): 2011-07-20 10:10:16
优化时使用内部选项iop（1/8=3or5）会更容易出结果的，或者先降低基组级别嘛。还有你那个内存不要写得太太，会影响计算速度的。
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正确的时间做正确的事。
6楼2011-07-19 22:36:43
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rock0927

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ice625 at 2011-07-19 21:34:56:
步长你设置的多少啊，一般不收敛要么是结构不对，进入死循环了，要么就是步长不够

设置的是150，我从计算结果里读取一个结构继续优化可以收敛，但最后结果所对应的虚频模式不对
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7楼2011-07-20 10:03:02
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rock0927

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Sherry_Ma at 2011-07-19 22:36:43:
优化时使用内部选项iop（1/8=3or5）会更容易出结果的，或者先降低基组级别嘛。还有你那个内存不要写得太太，会影响计算速度的。

请问一下CPU使用率大部分时间是100%正常嘛，我的计算机是8个核，Nproc设成6，按理CPU使用率应该是600% 啊
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8楼2011-07-20 10:10:05
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ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
rock0927(金币+1): 2011-07-21 16:57:15
gmy1990(金币+1): 2011-07-21 22:23:27
引用回帖:
Originally posted by rock0927 at 2011-07-20 10:03:02:
设置的是150，我从计算结果里读取一个结构继续优化可以收敛，但最后结果所对应的虚频模式不对

那就再调整一下键长和键角继续优化，保证产生须频的两个原子间距离不变。如果你的是大分子体系的话，可以看看是不是你先前取出来的结构没有考虑到空间效应，或者能形成氢键的是很结构要比你现在得到得能量要低。
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没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤！
9楼2011-07-21 10:34:37
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rock0927

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ice625 at 2011-07-21 10:34:37:
那就再调整一下键长和键角继续优化，保证产生须频的两个原子间距离不变。如果你的是大分子体系的话，可以看看是不是你先前取出来的结构没有考虑到空间效应，或者能形成氢键的是很结构要比你现在得到得能量要低。

保证产生须频的两个原子间距离不变? 是什么意思啊，是固定住这两个原子进行优化，还是计算结果中两个原子的距离要保持不变
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10楼2011-07-21 16:58:41
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