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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

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[交流] Lammps trajectory----use VMD to make molecules whole again 已有1人参与

晚辈不会lammps，找到一个(use VMD to make molecules whole again)vmd处理lammps trajectory文本的脚本，希望能有哪位前辈贴一个关于这个脚本处理的trajectory文件的格式，帮助我理解一下这个脚本，也希望这个帖子能够对大家有用。
In LAMMPS trajectories are PBC
are applied per-atom in output
We can use VMD to make
molecules whole again:

CODE:

set mol [molinfo top]

set ring [atomselect $mol {type 3}]

set nf [molinfo $mol get numframes]

set sel [ atomselect top all ]

for {set i 0} {$i < $nf} {incr i} {

make_whole $mol $ring $i 8

}

proc make_whole {mol sel frame num} {

molinfo $mol set frame $frame

$sel frame $frame

set allcoord [$sel get {x y z}]

set num1 [expr {$num - 1}]

set boxhalf [vecscale 0.5 [molinfo $mol get {a b c}]]

set newcoord {}

while {[llength $allcoord] > 0} {

set coord [lrange $allcoord 0 $num1]

set allcoord [lrange $allcoord $num end]

set ref [lindex $coord 0]

lappend newcoord $ref

foreach atom [lrange $coord 1 end] {

set newatom {}

set dist [vecsub $atom $ref]

foreach d $dist b $boxhalf r $atom {

if {$d < -$b} { set r [expr {$r + 2.0*$b}]}

if {$d > $b} { set r [expr {$r - 2.0*$b}]}

lappend newatom $r }

lappend newcoord $newatom

} }

$sel set {x y z} $newcoord

)