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xiaohezi7844

禁言 (知名作家)

[交流] 计算化学

研究现状
1.       

嵇汝运指导研究生并领导课题组完成了用从头计算法、赝势法、半经验CN凹/2方法计算分子静电势的全部数学推导，并编制了相应的计算机程序ESP、MPESP、CMEP。这些程序不但成为该组进行量子药物学研究的常用工具，而且已被全国不少单位所采用。

他们还编制了适合微型计算机使用的量子化学程序集。它包括了简单分子轨道方法HMO、EHMO法，半经验自洽场迭代的P.P.P.法、CHDO/2法、INDO法、MINDO/1、MIN-DO/2法以及坐标转换、多元线性非线性回归法等11个程序。这些程序用BASIC语言编制，采用人机对话的直观输入输出方法，受到全国高校从事量子化学教学和科研工作者的欢迎。

运用量子化学计算方法进行了药物和生物学的理论研究。嵇汝运计算了神经递质组胺及其衍生物的Nτ-H型阳离子，探讨了组胺和不同受体亚型H1和H2的相互作用；计算了多环芳烃最终致癌物构型效应，阐明了平伏键型将导致很强的致癌活性。这二项研究分别于1981年和xi1982年完成，是国内首次应用量子化学从头计算法研究药物和生物分子的成果。他们用赝势价电子从头计算法研究了Pt(NH3)2Ck2的构型与抗癌活性的关系，阐明了铂配合物产生抗癌活性的关键是必须在构型上符合与受体结合的要求。此外，嵇汝运领导科技人员应用量子化学方法中的经验和半经验分子轨道方法对上海药物研究所近年来自行合成开发的药物系列进行计算，如抗疟新药青蒿素及其衍生物、抗心律失常新药常咯啉及类似物，二苯硫醚类化合物，α、β不饱和环酮平喘药物以及双哌嗪二酮类抗肿瘤化合物与四氢原小檗碱同类物。在药物的电子结构与药效关系之间均获得了不少可供进一步合成有效化合物的有用信息。

开展药物的定量构效关系研究。嵇汝运早在60年代末就了解到，国外兴起的药物定量构效关系(Quantitative Struc-ture-Activity Rekationships，QSAR)的研究，必将使药物设计产生自定性向定量转变的变革，因而在开展量子化学研究的同时，不失时机地抓紧进行QSAR研究。他领导课题组编制了通用程序，首先对青蒿素衍生物进行了研究，得到了其抗疟活性与化合物油水分配系数成抛物线相关的良好线性方程，并得出在油水分配系数LogP值等于3.0附近，应具有最高活性。这一结果对进一步合成很有参考价值，也是国内首次发表的QSAR研究成果。此后，QSAR研究逐步成为上海药物研究所进行药物设计的常用工具之一。现已对强效镇痛剂芬太尼衍生物、3-甲基芬太尼衍生物、加锡果宁类似物及THPB等系列化合物进行了QSAR研究，分别获得了有价值的结果。

运用理论方法进行药物分子设计嵇汝运认为研究和掌握理论方法，目的在于设计和开发新药。早在量子化学课题组建立时，他就配备了合成研究力量。尔后，他指导研究生在进行加锡果宁类似物的合成研究中，就开始采用近年来国际上发展起来的理论指导下的药物设计方法，逐步改变“泛泛合成，随机筛选”的传统方法，以提高新药开发的效率。他们采用全合成——结构改造——理论估算——类似物合成——QSAR研究——进一步合成的方法，在较短的时间内找到活性高出先导化合物10倍的化合物。嵇汝运在指导博士生进行“双哌嗪二酮类抗肿瘤药物的理论计算及构效关系研究”过程中，用理论研究指导药物分子设计的思路十分明确，逐步形成理论研究——分子设计——合成——药理研究互相配合的新的药物设计模式和方法，这对促进我国的新药开发有非常积极的意义。

积极开展药物-受体复合物的理论研究，努力开创分子图形学技术在药物研究中的应用。由于计算机图形技术的迅速发展，尤其是视算(Visuak Computing)技术问世以来，分子图形学(Mokecukar Graphics)作为计算机辅助药物分子设计(Computer Aided Drug Design，CADD)的一个重要组成部分而引人注目。与此同时，药物——受体大分子复合物的理论计算开始蓬勃发展。嵇汝运及时选派他的博士毕业生赴法国，在国际著名量子生物学家普尔曼(B.Pukkman)教授指导下，在较快地掌握了该实验室建立的能方便地处理药物——核酸(或蛋白质)复合物这样大分子体系的能量与构型变化的理论计算方法——SIBFA以后，很快对几乎所有的具有嵌插作用的10几种抗肿瘤药物诸如柔红霉素、阿霉素、米吐蒽醌、m-AMSA等与DNA的相互作用进行了深入的理论研究。这些研究论文在国外学术刊物陆续发表以后，引起了国外药物和药理学家的注意，并得到较广泛的引用。这种把量子化学理论、分子力学与三维分子图形学研究有机地结合在一起的理论研究方法必将给药物研究注入新的活力。目前，嵇汝运正领导这个研究组建立这套研究设备和系统，积极开展研究工作，力争短期内赶上国际先进水平。
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1楼 2006-10-18 15:54:06
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bird315
2楼2006-10-20 10:33:57
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xianyu20082003

木虫 (正式写手)
能够安心做计算的人不多了,感谢楼主现在还对计算版块这么热情!今天看到你的文章,想起以前做计算的坎坎坷坷!有感!
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本人长期代写小学生寒暑假作业，代开家长会，替小学生打欺负他们的高年级学生，打老师价格面议！
3楼2006-10-24 19:21:57
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zibozhiqiang

木虫 (著名写手)
都是量化的，有没有化工计算的？应该更有用的
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4楼2007-01-24 10:27:38
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
(0) 有些符号、字母错误，可以认为是HTML转化不佳造成的；

(1) 为什么把字母 l 都打成 k ？如：
    视算(Visuak Computing)
      分子图形学(Mokecukar Graphics)
      药物定量构效关系(Quantitative Struc-ture-Activity Rekationships，QSAR)

(2) zibozhiqiang关于“有用、没用”这样的议论没有意义。各过日子。

   法拉第被问到的问题：“电，有什么用？”

   刘翔被问到的问题：“跨栏，有什么用？”

  姚明被问到的问题：“长那么高，有什么用？”
  姚明回答：“可以打篮球。”
  又问：“打篮球有什么用？”
  姚明回答：“可以开饭馆。”
  或曰：你不能在休斯敦开饭馆，是因为...，而...是因为...；而...是因为你不够高！
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5楼2007-01-24 11:41:15
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
小红豆(金币+3):楼主辛苦了！
Accelrys将加大在中日韩等亚太国家的研发投入

Accelrys于近期宣布：
[1]关闭其在印度班加罗尔的研发中心
[2]将加大其在中日韩等亚太国家的研发投入

Accelrys在印度班加罗尔的研发中心是Accelrys多家研发中心中的一个，只承担软件编写及测试方面的劳动力密集型工作。但由于印度在信息产业快速发展的同时也带来了人员成本的迅速增加；而来自中国、东欧和俄罗斯的软件外包企业也在快速发展。这些外包企业可以在更低成本的情况下提供更高质量的服务。

本着与时俱进的原则，Accelrys果断地决定关闭其位于印度班加罗尔(Bangalore, India)的研发中心，并将把这部分工作交给位于中国、东欧和俄罗斯的软件外包企业。

Accelrys在关闭班加罗尔研发中心的同时，将与其在亚太的合作伙伴一起，加大在亚太，尤其是中日韩三国的研发投入。Accelrys将在今后的几年里与中日韩的研究机构和大学开展更加广泛和深入的合作，及时将这一地区所产生的分子模拟与化学信息学的创新技术吸收到Accelrys软件中去。

Accelrys建立班加罗尔研发中心的初衷是希望通过印度高质量低成本的软件人力资源来帮助Accelrys完成大量的软件后期的开发工作。班加罗尔研发中心的工作人员出色而高效率地完成了这些工作。为Accelrys成为当前业界唯一能够提供在通用Windows平台上，基于客户端与服务器体系结构的分子模拟和化学信息学软件平台供应商做出了重要贡献。

在短短的几年间，Accelrys 应用于材料科学领域的MaterialsStudio分子模拟软件和应用于生命科学的Pipeline Pilot + Discovery Studio分子模拟与化学信息学软件已成为业界的通用平台。班加罗尔研发中心使Accelrys大大降低了在软件编写及测试方面的成本，使得Accelrys能够对位于英国剑桥和美国San Diego的研发中心投入更多的经费来进行前沿领域的创新研究并与国际上顶尖的研究机构和大学展开广泛而深入的合作。

Accelrys在蛋白-蛋白相互作用，基于药效团的药物发现，分子柔性对接，应用于纳米领域的分子模拟方法，界观与软材料的模拟方法等国际前沿领域都处于领先地位。 Accelry在亚太的业绩骄人，根据2006年第三季度的统计，Accelrys在中日韩任何一个国家的软件销售收入，都要远远高于其竞争对手在整个亚太地区（包括中日韩及澳大利亚，东南亚和印度）的全部销售收入。
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6楼2007-01-24 16:49:02
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小红豆

主管区长 (知名作家)

优秀区长优秀区长

不错！学习了！

有收获！ 谢谢楼主！
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7楼2007-03-15 18:36:33
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