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chivasqaz银虫 (小有名气)
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[求助]
藻类18SDNA
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我做小球藻18SDNA，用的马尾藻的引物，老师说是通用引物，可是测序出来序列却是和马尾藻相似性最高， 查了藻类18SDNA的一些文章，用的引物都不一样，但文献中都说是通用引物，搞不懂啊，我到底要怎么做啊 |
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 【分子生物】EPI帖 |
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3楼2011-06-22 14:11:52
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
chivasqaz(金币+5): 解答很细致，我发现有些藻的18SDNA GENBANK上还没有，那我不是没法鉴定了吗？ 2011-06-22 12:34:46
西瓜(金币+5, EPI+1): 一并奖励了 2011-06-22 16:37:09
chivasqaz(金币+5): 解答很细致，我发现有些藻的18SDNA GENBANK上还没有，那我不是没法鉴定了吗？ 2011-06-22 12:34:46
西瓜(金币+5, EPI+1): 一并奖励了 2011-06-22 16:37:09
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这两种藻根本就不是一个门得。。。。。我感觉楼主遇到的事情有点蹊跷~~ 1.SSU是中等进化速度的基因，用于鉴定来说还是研究的少点吧~~ 2.也许Genbank上提交的序列有问题 3.建议楼主上张图看看比对的结果撒~~跟马尾藻最相似，看看相似到什么程度啊 4.通用引物嘛，理论上对于SSU来说是没有问题的，我一直在用LSU做多种藻的PCR做鉴定，虽然通用引物对于一些藻特异性不高，有时候会P不出来~~ 5.建议找一下小球藻的SSU特异性引物，要不就自己按照网上的序列设计一对吧~~ 希望楼主尽快解决问题。 |
2楼2011-06-22 09:01:15