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[交流] 《Cell》提出全新MicroRNA分析方法

microRNA是长度为22个核苷酸的小分子RNA，越来越多的证据显示这种微小的RNA分子在哺乳动物的基因表达调节中起到重要的作用。而且，microRNA目前也是生命科学领域研究的一大热点。在最新一期的Cell杂志上，来自美国IBM  Thomas  J.  Watson研究中心、新加坡基因组研究院和美国哈佛医学院的研究人员报告了一种能够用于确定microRNA结合位点和它们对应的异源双链核酸分子的“模式”方法。

      在这篇文章中，两国研究人员公布了这种叫做rna22的方法。Rna22不依赖于种间保守性，而是依赖于噪音的回弹，并且和之前的方法都不同。这种新方法首先在感兴趣的序列中找到假定的microRNA结合位点，然后确定出靶标microRNA。

      通过计算机模拟分析，研究人员证实rna22能找出目前大部分已知的异源双链核酸分子。利用荧光素酶分析方法，他们确定出这种方法对226个被检测靶标中的168个靶标的平均抑制率达30％或更高。

      这项分析表明一些microRNA可能有几千个靶标，并且在四个模型基因组中74％到92％的基因转录可能由microRNA通过它们的未翻译和氨基酸编码区域来控制。

      研究人员还将这种方法的关键思维延伸成一种低误差microRNA前体发现计划。研究的结果表明哺乳动物基因组中microRNA前体的数目可能有上万个。

部分英文原文：

A Pattern-Based Method for the Identification of MicroRNA Binding Sites and Their Corresponding Heteroduplexes

We present rna22, a method for identifying microRNA binding sites and their corresponding heteroduplexes. Rna22 does not rely upon cross-species conservation, is resilient to noise, and, unlike previous methods, it first finds putative microRNA binding sites in the sequence of interest, then identifies the targeting microRNA. Computationally, we show that rna22 identifies most of the currently known heteroduplexes. Experimentally, with luciferase assays, we demonstrate average repressions of 30% or more for 168 of 226 tested targets. The analysis suggests that some microRNAs may have as many as a few thousand targets, and that between 74% and 92% of the gene transcripts in four model genomes are likely under microRNA control through their untranslated and amino acid coding regions. We also extended the method's key idea to a low-error microRNA-precursor-discovery scheme; our studies suggest that the number of microRNA precursors in mammalian genomes likely ranges in the tens of thousands.

信息来源：生物通

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