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wenxianliu

金虫 (小有名气)

[交流] 找过渡态

我计算的体系比较大，有五六十个原子，所以找过渡态速度很慢，一个过渡态找了三天还没收敛。怎样才能加快速度？分成计算怎么样？
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1楼 2011-05-26 11:03:20
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kaegi

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
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gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-05-26 14:50:01
wenxianliu(金币+2): 谢谢 2011-05-30 16:48:34
引用回帖:
Originally posted by wenxianliu at 2011-05-26 11:03:20:
我计算的体系比较大，有五六十个原子，所以找过渡态速度很慢，一个过渡态找了三天还没收敛。怎样才能加快速度？分成计算怎么样？

如果不收敛，首先要看能量是否振荡了。如果不是那么说明这个是正常的，只是单纯算的比较慢而已。在这种情况下，可以考虑一开始优化的时候把步长加大。（maxstep=XX,默认值是30）或者分层计算。如果是能量振荡了，加个nosymm试试吧。我知道大概就这些了，请有知道其它好办法的童鞋继续补充。
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2楼2011-05-26 14:21:49
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wenxianliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-05-26 14:21:49:
如果不收敛，首先要看能量是否振荡了。如果不是那么说明这个是正常的，只是单纯算的比较慢而已。在这种情况下，可以考虑一开始优化的时候把步长加大。（maxstep=XX,默认值是30）或者分层计算。如果是能量振荡了 ...

其它的都正常，就是慢的厉害，结构几乎不变化了。这样计算成本太高了。请问分层计算好用吗？用的时候有哪些注意事项呢，或者有好的参考资料。
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3楼2011-05-26 16:47:06
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kaegi

金虫 (小有名气)
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wenxianliu(金币+2): 谢谢 2011-05-30 16:47:43
wenxianliu(金币+1): 2011-05-31 19:36:51
分层的时候注意不要把不饱和键所含的两个原子放入不同的层中，我个人习惯就是一个独立的基团会放在一个层中。分层可能关键问题在于反应中心到底要放入多少进入高层，这个没有什么绝对的标准。如何既保证精度又有能提高速度的分层方案可能需要你自己去尝试。不妨选一个关键步骤对分层方案进行筛选，选出一个合适的分层就可以了。我手里面也没有什么好的参考资料，建议楼主参阅原始的ONIOM分层文献和高斯手册。
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4楼2011-05-26 20:21:29
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maowenxue

铜虫 (正式写手)
★
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先看看络合物优化  看计算结果文件的频率 我一般都是这样找过渡态的
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5楼2011-05-29 20:15:22
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