应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 关于势能面扫描！！
52/1返回列表
查看: 2150  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

suosuosky

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 关于势能面扫描！！

我想问一下，我用relaxed-PES来扫描势能面，为什么结果是这样的呢？
能量值下面没有数值，全是些星号，我做其他分子的时候没出现过这种情况的，不知道为什么？谁能解释一下？

谢谢大家

这是输出文件：

Summary of Optimized Potential Surface Scan
                           1         2         3         4         5
     Eigenvalues --  **************************************************
           R1           1.08425   1.08424   1.08422   1.08422   1.08420
           R2           1.34553   1.34547   1.34537   1.34515   1.34493
           R3           1.48828   1.48845   1.48838   1.48825   1.48825
           R4           1.41335   1.41343   1.41338   1.41335   1.41335
           R5           1.76829   1.76802   1.76797   1.76789   1.76776
           R6           1.21079   1.21074   1.21054   1.21031   1.20999
           R7           1.79741   1.79717   1.79748   1.79771   1.79807
           R8           1.20510   1.20507   1.20502   1.20492   1.20482
           R9           2.26968   2.27242   2.28563   2.30743   2.33576
           R10          1.06395   1.06394   1.06391   1.06388   1.06385
           R11          1.34767   1.34770   1.34758   1.34749   1.34750
           A1         116.97301 117.02162 117.09989 117.21394 117.35981
           A2         109.99372 110.04340 110.16586 110.33963 110.57102
           A3         133.03327 132.93334 132.72023 132.40650 131.98870
           A4         130.35332 130.27880 130.16903 129.99489 129.78161
           A5         117.45686 117.48329 117.51747 117.58099 117.66017
           A6         112.18982 112.23427 112.30637 112.41392 112.54495
           A7         118.32883 118.34824 118.42456 118.53879 118.69386
           A8         124.33387 124.23952 124.10194 123.91963 123.66381
           A9         117.33727 117.41181 117.46955 117.53002 117.61889
           A10         98.52797  98.44052  98.42802  98.46347  98.45801
           A11        179.21920 179.16255 179.12131 179.09615 179.07491
           A12        180.02397 179.83030 179.75692 179.72048 179.69416
           A13        175.34857 175.33571 175.41435 175.56093 175.74886
           A14        179.99985 180.21665 180.35880 180.46750 180.59279
           D1        -179.99704-178.92816-178.22319-177.61342-177.07420
           D2           0.00255   0.31791   0.72058   1.12513   1.48950
           D3           0.00511   0.55238   0.25832  -0.16996  -0.69073
           D4        -179.99530 179.79845 179.20210 178.56859 177.87297
           D5           0.00000   5.00000  10.00000  15.00000  20.00000
           D6           0.00467   1.32599   1.14706   0.81918   0.45451
           D7        -180.05600-178.43271-178.11641-177.92283-177.75796
                           6         7         8         9        10
     Eigenvalues --  **************************************************
           R1           1.08417   1.08414   1.08412   1.08411   1.08410
           R2           1.34462   1.34421   1.34374   1.34321   1.34260
           R3           1.48838   1.48873   1.48915   1.48987   1.49077
           R4           1.41333   1.41331   1.41336   1.41346   1.41360
           R5           1.76755   1.76753   1.76737   1.76720   1.76708
           R6           1.20954   1.20896   1.20835   1.20771   1.20701
           R7           1.79853   1.79916   1.79968   1.80023   1.80062
           R8           1.20469   1.20457   1.20443   1.20430   1.20418
           R9           2.37048   2.41254   2.46162   2.51680   2.57834
           R10          1.06380   1.06376   1.06371   1.06366   1.06361
           R11          1.34753   1.34751   1.34749   1.34759   1.34767
           A1         117.53780 117.74022 117.97338 118.21213 118.46783
           A2         110.84858 111.16729 111.52815 111.88612 112.26016
           A3         131.47889 130.89408 130.22410 129.53965 128.81634
           A4         129.52588 129.24497 128.91797 128.58234 128.22708
           A5         117.75441 117.86445 118.00188 118.14537 118.30489
           A6         112.70398 112.87326 113.06205 113.25562 113.45391
           A7         118.86433 119.07924 119.32024 119.56163 119.81356
           A8         123.33617 122.93332 122.47366 121.99672 121.48388
           A9         117.75939 117.92694 118.12281 118.33072 118.56182
           A10         98.43507  98.36107  98.26918  98.15113  97.98968
           A11        179.04798 179.03958 179.03458 179.04491 179.07315
           A12        179.68314 179.69413 179.71550 179.74191 179.76354
           A13        175.93175 176.17727 176.45185 176.74041 177.05968
           A14        180.70979 180.79432 180.85595 180.85561 180.79765
           D1        -176.59594-176.16787-175.80309-175.57950-175.44734
           D2           1.84324   2.19802   2.53054   2.82464   3.08774
           D3          -1.25650  -1.79774  -2.38940  -3.10734  -3.84753
           D4         177.18268 176.56815 175.94423 175.29680 174.68755
           D5          25.00000  29.99999  34.99999  39.99999  44.99998
           D6          -0.00259  -0.49184  -0.94207  -1.64722  -2.37334
           D7        -177.66915-177.63377-177.59778-177.79892-178.05152
                          11        12        13        14        15
     Eigenvalues --  **************************************************
           R1           1.08411   1.08414   1.08416   1.08418   1.08425
           R2           1.34198   1.34128   1.34052   1.33974   1.33892
           R3           1.49186   1.49310   1.49450   1.49608   1.49758
           R4           1.41379   1.41401   1.41422   1.41440   1.41463
           R5           1.76704   1.76696   1.76692   1.76710   1.76704
           R6           1.20630   1.20553   1.20477   1.20398   1.20321
           R7           1.80114   1.80164   1.80213   1.80247   1.80324
           R8           1.20406   1.20397   1.20389   1.20381   1.20376
           R9           2.64952   2.72762   2.81341   2.91222   3.02592
           R10          1.06356   1.06352   1.06348   1.06344   1.06340
           R11          1.34782   1.34795   1.34809   1.34819   1.34834
           A1         118.73039 119.00478 119.29057 119.59211 119.88363
           A2         112.63190 113.00879 113.37744 113.77550 114.15011
           A3         128.10168 127.38443 126.68605 125.99122 125.38734
           A4         127.87540 127.50776 127.13861 126.79464 126.44925
           A5         118.46641 118.63815 118.81064 118.97373 119.12993
           A6         113.64680 113.84565 114.04521 114.22802 114.41789
           A7         120.07189 120.35671 120.64844 120.97172 121.34118
           A8         120.97152 120.43223 119.90161 119.35821 118.79751
           A9         118.78515 119.00998 119.22113 119.42610 119.61535
           A10         97.84363  97.67957  97.50260  97.31690  97.13583
           A11        179.10314 179.14927 179.21037 179.27312 179.34590
           A12        179.78277 179.79256 179.80916 179.82101 179.82010
           A13        177.37328 177.68947 178.02169 178.34569 178.66774
           A14        180.72460 180.60211 180.49239 180.42629 180.39988
           D1        -175.40952-175.46419-175.61674-175.83947-176.11238
           D2           3.27806   3.40902   3.47245   3.42766   3.22763
           D3          -4.47439  -5.02331  -5.47301  -5.61500  -5.36594
           D4         174.21319 173.84989 173.61618 173.65212 173.97408
           D5          49.99998  54.99999  59.99998  64.99997  69.99997
           D6          -3.19864  -4.03570  -4.89220  -5.47980  -5.78197
           D7        -178.44278-178.90157-179.43290-179.86188 179.83782
                          16        17        18        19        20
     Eigenvalues --  **************************************************
           R1           1.08428   1.08433   1.08434   1.08435   1.08430
           R2           1.33816   1.33749   1.33698   1.33673   1.33679
           R3           1.49909   1.50037   1.50138   1.50173   1.50136
           R4           1.41476   1.41489   1.41484   1.41480   1.41458
           R5           1.76727   1.76730   1.76760   1.76754   1.76772
           R6           1.20247   1.20179   1.20118   1.20063   1.20025
           R7           1.80372   1.80463   1.80524   1.80679   1.80776
           R8           1.20371   1.20367   1.20363   1.20360   1.20354
           R9           3.14796   3.27955   3.41692   3.56076   3.70420
           R10          1.06337   1.06335   1.06334   1.06332   1.06330
           R11          1.34840   1.34855   1.34869   1.34882   1.34886
           A1         120.17752 120.42819 120.63773 120.75703 120.77743
           A2         114.54969 114.91605 115.31031 115.66499 116.04677
           A3         124.79306 124.29763 123.83970 123.48427 123.15562
           A4         126.15041 125.89586 125.71354 125.60399 125.59625
           A5         119.26640 119.37442 119.44813 119.47672 119.46072
           A6         114.58122 114.72836 114.83773 114.91912 114.94295
           A7         121.74578 122.16462 122.66150 123.18196 123.69607
           A8         118.27356 117.76051 117.24367 116.73404 116.28775
           A9         119.74912 119.87079 119.93563 119.97488 119.95655
           A10         97.00150  96.87642  96.79271  96.73828  96.73539
           A11        179.41755 179.48029 179.53110 179.56524 179.56588
           A12        179.81710 179.80086 179.77445 179.71501 179.65979
           A13        178.95776 179.21617 179.42293 179.54866 179.56749
           A14        180.37822 180.27596 180.20180 180.06084 179.92621
           D1        -176.58418-177.17443-178.00006-178.92761 179.96755
           D2           2.87562   2.37754   1.70139   0.91769   0.07971
           D3          -4.97624  -4.40230  -3.54658  -2.60247  -1.73237
           D4         174.48356 175.14967 176.15487 177.24283 178.37980
           D5          74.99998  79.99998  85.00001  90.00002  95.00002
           D6          -5.96103  -5.91132  -5.78501  -5.38201  -4.88418
           D7         179.46984 179.16672 178.67884 178.29545 177.82083

[ Last edited by suosuosky on 2011-5-19 at 15:58 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
follow_my_dream
1楼 2011-05-19 15:56:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

exabyss916

新虫 (小有名气)
They are the same if you "grep" the results correctly.
I think you should read your results from the tail of the file.
It should also give you the post-HF energy if you have calculated it.


If you don't want HF energy you should search other key words instead of "SCF Done".
For example, MP2 calculations would be:
grep -B n "Optimized" | grep "EUMP"


to write to a file:
grep -B n "Optimized" | grep "EUMP"  > filename

You can use "man grep" to check how the command works.
赞一下 回复此楼
11楼2011-05-24 20:36:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

exabyss916

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

suosuosky(金币+2): 2011-05-20 07:56:34
suosuosky(金币+8): 2011-05-24 08:45:11
Possibly due to the formatted output of fortran. For example you energy has a very large absolute value.

Anyway you can 'grep' the optimized energy of each step from your output file.
赞一下 回复此楼
2楼2011-05-19 18:55:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

suosuosky

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by exabyss916 at 2011-05-19 18:55:05:
Possibly due to the formatted output of fortran. For example you energy has a very large absolute value.

Anyway you can 'grep' the optimized energy of each step from your output file.

谢谢，确实是如你所说的那样。果然高手啊，呵呵

从GV的scan菜单看，能量确实是比较大，-1000Hartree以上，那没有办法解决这个问题吗？能在输入文件中设定一下吗？我这个有50个点，要是每次都单独读取的话有点麻烦呢

谢谢
赞一下 回复此楼
follow_my_dream
3楼2011-05-20 07:59:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

exabyss916

新虫 (小有名气)
I don't know. But you can easily get the result by "grep".

for example, the SCF energy:

grep -B 9999 Optimized | grep "SCF Done" | tail -1
赞一下 回复此楼
4楼2011-05-20 20:37:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭