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[共享]国外生物信息学软件公司综述
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  随着研究者们在探索基因宝库的同时，基因表达监测与生物信息学工具正在快速增加。众多产品的制造商正在为最好的商业模式而抉择，例如，打包销售所有的工具软件。 生物信息学，一门储存、修复、分析和整合生物数据的学科，对当前人类基因组计划得来的基因信息数据及相关新药开发相当重要。现在基因组学最热门的是有关基因表达的研究，寻找生物信息学与基因表达的理想结合也相应成为热门专业。 本文章基于Healthtech Institute(CHI's)基因组报告系列--主要宗旨是研讨此领域相关的工具和相应公司。基因表达监测（如通过DNA杂交的方式）将在整个基因组的水平上产生巨大的数据，极其需要生物信息学的方法。不同疾病、服药或毒素暴露后基因表达模式的分析，对我们了解人类在分子水平上的反应极为重要。 下面详细说明了提供基因表达分析的生物信息学软件的公司名称及其相关产品： Affymetrix ： 可分析其芯片数据的软件 Applied Maths ： 芯片分析软件和相关数据整合系统 BioDiscovery ： 图象-和-数据分析软件 Clontech Laboratories ： 仪器数据分析软件 Cose ： 图象-和-数据分析软件 ： CuraGen ： 基因组数据库和生物信息学工具 GeneData ： 数据分析及相关数据库软件 Gene Logic ： 基因表达数据库 Imaging Research ： 图象-和-数据分析软件 Incyte Genomics ： 基因组数据库，相应数据分析软件 InforMax ： 数据分析及相关数据库软件 LION Bioscience ： 与生物数据库有连接的生物信息学软件 Media Cybernetics ： 图象-和-数据分析软件 NuTec Sciences ： 图象-和-数据分析软件 Partek ： 图象-和-数据分析软件 Rosetta Inpharmatics ： 分析软件及基因表达集合入口 Scanalytics ： 图象-和-数据分析软件 Silicon Genetics ： 数据分析软件 Spotfire ： 数据分析、可视化软件，提供与不同基因信息的链接 Synomics ： 相关数据软件 Visipoint ： 数据分析软件 图象分析 图象分析软件将杂交得来的图象（一般是phosphorimagers或荧光扫描的图片）转变成可整合的数据形式。很多产品都能滤去非特异的背景"噪音"干扰，标准化的数据将用于实验中的比较。在图形分析方面的著名公司如下：Media Cybernetics，Imaging Research和NuTec Sciences公司。除了能够进行图象分析外，以上公司的产品还能提供数据分析。 数据分析 数据分析程序通常包括clustering-配准（寻找不同实验中性状相似的基因群）及统计分析。cluster中的基因可在相同条件下进行功能与序列方面的实验，能帮助研究者更好地了解他们相似的性状。统计分析可帮助建立数据变异的可靠度或置信区间（如，正常对照组与疾病组基因表达间的不同），当数据的变化不能确定是否有统计意义时，这对确定后续实验来探求其功能有重要帮助。 数据分析软件方面的重要公司是Silicon Genetics，他们提供能够将基因表达系列分析（SAGE）和杂交阵列所得数据进行分析的软件；BioDiscovery，为阵列分析基因表达数据提供软件，同时也有图象分析软件；Visipoint，其可视化基因软件合并了几个不同的配准工具，用以分析大型基因表达数据之间的关系。 数据整合/相关数据库 数据整合/相关数据库软件能将基因表达数据与其他实验数据联合，如生物化学、化学或临床实验等，还能将之与公共或私人数据库合并。很多制药公司会将基因表达数据与毒理、结构激活关系和药理效应合并，为药物开发提供思路。 目前在这方面的公司包括Spotfire, Rosetta Inpharmatics, LION Bioscience, 和GeneLogic。Spotfire的主打产品Spotfire.net，是为了方便用户通过Internet收集、分享和分析数据，同时，还能为用户提供数据的视觉分子模拟展示。Spotfire.net的关键部件是Spotfire Array Explorer，一种能提供多种基因组信息源入口的分析软件。 Rosetta所提供的Resolver Expression Data Analysis System，是一种能从合作者阵列分析或其他基因表达数据集格式中存储，分析和调用基因表达数据的工具。为了解释他们的数据，合作者可进入Rosetta的基于20万个阵列实验的基因表达档案文库中，获取相关信息。LION的生物信息学软件在用户分析完数据后，还可与统计分析的生物信息数据库相连。 GeneLogic提供的GeneExpress系列适用于基因表达数据库。其中的一个模块-BioExpress模块-包含来自正常组织和疾病组织中的基因表达数据，可用于疾病相关基因分析和治疗的靶向研究。 打包产品的未来 尽管生物信息学领域正经历着快速成长，仅仅提供基因分析的软件公司是否能在足够大的市场上获利还是值得商榷的。其他产品线上能够降低开发成本的软件供应商将会在此领域中获利。我们期待着这个市场的成熟，基因分析软件将会与陈列分析及相关设备，和/或数据库一起捆绑销售，而并非来自各个独立的供应商。 有好几个提供芯片的公司（例如，Affymetrix, Incyte Genomics和Clontech Laboratories）也同时提供结果分析软件。此外，图象分析设备一般都有最基本的图象分析软件。由于基因表达软件工具的数量和质量都在发展，一个独立的供应商来开发支持其装置的软件，而这种装置只占一小部分市场份额，这已经是无利可图了。仪器制造商应该提供不同等级的软件来确保人们可以从他们的仪器上获得可靠的数据，这才是有意义的。在CHI将要发布的生物信息学报告上，Nat Goodman写道。大多数仪器公司都还没有开始，但无论他们是不能提供软件，还是软件不够好，都有一系列的问题存在。Affymetrix提供适用于其高密度基因芯片寡核甘酸阵列的结果分析软件GeneChip。这种生物信息学工具有图片分析，数据管理，及相关数据分析。Affymetrix最近收购了Neom orphic，提示Affymetrix不仅仅关注于基因方面的分析，还将更多的注意力投入到软件上。Incyte开发了基于GEM阵列的软件GEMTools。这种软件能够比较正常细胞和疾病细胞的基因表达，并能确定疾病细胞基因的高表达或低表达。Incyte也因它的基因数据库而闻名。 除外Affymetrix和Incyte，其他提供生物信息学工具的芯片供应商都出现了。Clontech，正是一个这样的公司，提供的软件AtlasImage可量化和比较来自Atlas Arrays的信号密度，并获得确定基因上调或下调的彩色图片。 [ Last edited by cuiwk on 2006-9-25 at 15:47 ] |
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