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deadbook

银虫 (小有名气)

[求助] 为啥我算出来的pdos全部是零？

最近在用siesta做计算，算出的pdos全部为零，不知是啥原因，希望大家帮忙看看，我的输入文件贴在底下：

SystemName          32
SystemLabel         32
NumberOfAtoms       63
NumberOfSpecies     2
ElectronicTemperature 0.00017 Ry


%block ChemicalSpeciesLabel
1  6   C      # Species index, atomic number, species label
2  28  Ni
%endblock ChemicalSpeciesLabel

AtomicCoordinatesFormat  Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
-0.232319864   -0.119041767   -0.003953643    1
  1.222727247   -0.122820394   -0.067343565    1
  1.671180409    1.259702687   -0.118898459    1
  0.499772991    2.121242230   -0.088956591    1
-0.680356217    1.269821957   -0.018198778    1
-1.778430038    1.659443323    0.765658679    1
-0.900304270   -1.062230189    0.792363275    1
  1.957256228   -1.068925529    0.668329734    1
  2.836140110    1.640808507    0.570563815    1
  0.539322087    3.331462974    0.624850581    1
  3.169361400   -0.672664239    1.369162732    1
  3.605332495    0.655200175    1.310269373    1
  2.879918806    2.902084919    1.289412599    1
  1.751428206    3.728245751    1.325869738    1
-0.600632812    3.735177777    1.436903609    1
-1.738824665    2.916991243    1.504271290    1
-2.474722287    0.678444566    1.586410371    1
-2.042537481   -0.657982592    1.599912449    1
-0.138642632   -2.047641052    1.552133786    1
  1.263143186   -2.048343660    1.492606281    1
-0.814431273   -2.254791914    2.827442015    1
-1.990585733   -1.395914455    2.857014455    1
  2.047957891   -2.258133712    2.704973690    1
  3.228933949   -1.412775786    2.634263869    1
  4.197256800    1.310311852    2.487891111    1
  3.735029121    2.736717056    2.475489183    1
  1.361707644    4.385318268    2.577679680    1
-0.090635454    4.383148568    2.641192003    1
-2.415258295    2.713201125    2.779376186    1
-2.868289297    1.330119810    2.830777541    1
-0.061467214   -2.457844837    3.994635162    1
  1.392972427   -2.461370910    3.932654164    1
  3.725387962   -0.792364688    3.791562935    1
  4.258233022    0.584473778    3.755260300    1
  3.354223911    3.382438503    3.728731598    1
  2.119446025    4.191639750    3.743637822    1
-1.927899844    3.338490230    3.937941974    1
-0.748671957    4.189839482    3.868717738    1
-2.370547275   -0.767439686    4.053695789    1
-2.819167420    0.619467186    4.040853171    1
  1.896739225   -1.812752880    5.132225151    1
  3.030806394   -0.985526076    5.055638720    1
-1.591604545   -0.978230353    5.267031513    1
-0.457834013   -1.806390361    5.238682631    1
-2.315785513    1.266827911    5.245732881    1
-1.877096637    2.599446417    5.195379947    1
  0.031452087    3.975929833    5.076711417    1
  1.435244786    3.965361077    5.008316098    1
  3.758093619    1.246479284    4.985403973    1
  3.328316194    2.575247800    4.971898780    1
  0.753126381   -1.409997440    5.944322162    1
-1.558169659    0.278718490    6.004831017    1
-0.666152812    2.995209442    5.900946182    1
  2.187633452    2.975558079    5.766510123    1
  3.060612141    0.269943335    5.792685249    1
  0.062144588    2.044634181    6.633649780    1
  1.516571346    2.036113730    6.571993157    1
  1.962286663    0.654758843    6.586388121    1
  0.785247135   -0.199969530    6.655348553    1
-0.392791323    0.659745923    6.686215295    1
  7.655003083    3.209901359    2.924924890    2
  5.343818046    3.712429920    3.115626021    2
  6.067559939    1.453144914    3.133079045    2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
DM.NumberPulay 6
SpinPolarized              T
MaxSCFIterations            1000
  Xc.functional GGA
  Xc.authors    PBE


FixSpin T
TotalSpin 1.0

%block ProjectedDensityOfStates
-5.00   4.00   0.030  500
%endblock ProjectedDensityOfStates
%e
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1楼 2011-05-13 09:19:09
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

franch(1ST强帖+1): 谢谢指点 2011-05-16 20:29:15
引用回帖:
Originally posted by deadbook at 2011-05-16 12:17:33:
这两列数据应该不是自旋吧。因为最后还有一行是Z=1或者z=2，这个应该是和自选相关的，我提取PDOS是用了andrei的代码，不过就是不知道为啥算出来的都是零，相当郁闷啊。

上面的回复不是说明白了吗，z=1或者z=2表示的是这个轨道是第一个zeta.
那两列数据分别代表自旋向上和自旋向下的PDOS.
下面是我随便找了一下体系算的自旋极化的PDOS(红色为批注)
    #表示下面的内容是PDOS
2   #表示自旋为2
416 #表示计算中用了416个基函数
#表示下面开始列出能量格点,这个地方有多少点,下面的PDOS也相应有多少点,一一对应            
            -3.00000
            -2.93939
            -2.87878
            -2.81818
            -2.75757
            -2.69697
            -2.63636
            -2.57575
            -2.51515
            -2.45454
            -2.39394
            -2.33333
            -2.27272
            -2.21212
            -2.15151
            -2.09091
            -2.03030
            -1.96969
            -1.90909
            -1.84848
            -1.78788
            -1.72727
            -1.66666
            -1.60606
            -1.54545
            -1.48485
            -1.42424
            -1.36363
            -1.30303
            -1.24242
            -1.18182
            -1.12121
            -1.06060
            -1.00000
            -0.93939
            -0.87879
            -0.81818
            -0.75757
            -0.69697
            -0.63636
            -0.57576
            -0.51515
            -0.45454
            -0.39394
            -0.33333
            -0.27273
            -0.21212
            -0.15151
            -0.09091
            -0.03030
             0.03030
             0.09091
             0.15151
             0.21212
             0.27273
             0.33333
             0.39394
             0.45454
             0.51515
             0.57576
             0.63636
             0.69697
             0.75757
             0.81818
             0.87879
             0.93939
             1.00000
             1.06060
             1.12121
             1.18182
             1.24242
             1.30303
             1.36363
             1.42424
             1.48485
             1.54545
             1.60606
             1.66666
             1.72727
             1.78788
             1.84848
             1.90909
             1.96969
             2.03030
             2.09091
             2.15151
             2.21212
             2.27272
             2.33333
             2.39394
             2.45454
             2.51515
             2.57575
             2.63636
             2.69697
             2.75757
             2.81818
             2.87878
             2.93939
             3.00000
       #表示能量点列表完毕
#表示开始列出每一个基函数
index="                        1"         #表示这是第1个基函数
atom_index="                        1"   #表示这个基函数是原子序号为1的原子的
species="C"                        #表示第一个原子为C原子  
position="   0.000000   0.000000 -18.831582"  #给出第一个C原子的空间坐标,单位为Bohr
n="                        2" #表示该基函数对应径向函数的主量子数n=2
l="                        0"  #表示该基函数对应角向函数的角量子数l=0
m="                        0" #表示该基函数对应角向函数的磁量子数m=0
z="                        1" #表示该基函数是对应着zeta=1的基函数
>                #基函数信息完毕,总之这个基函数表示C原子的2S轨道价键劈裂基组中的第一个zeta函数
         #开始该基函数的PDOS,分别表示自旋向上和自旋向下的PDOS   
   0.00082   0.00065
   0.00063   0.00064
   0.00043   0.00053
   0.00029   0.00038
   0.00028   0.00027
   0.00045   0.00027
   0.00080   0.00044
   0.00126   0.00078
   0.00167   0.00123
   0.00186   0.00164
   0.00173   0.00184
   0.00137   0.00173
   0.00094   0.00137
   0.00059   0.00094
   0.00039   0.00059
   0.00029   0.00038
   0.00022   0.00028
   0.00017   0.00022
   0.00011   0.00016
   0.00006   0.00011
   0.00004   0.00006
   0.00003   0.00003
   0.00004   0.00002
   0.00006   0.00002
   0.00007   0.00003
   0.00007   0.00005
   0.00006   0.00008
   0.00003   0.00010
   0.00001   0.00011
   0.00000   0.00010
  -0.00001   0.00009
  -0.00001   0.00006
  -0.00001   0.00004
  -0.00002   0.00001
  -0.00003  -0.00001
  -0.00003  -0.00002
   0.00000  -0.00002
   0.00009   0.00002
   0.00030   0.00013
   0.00067   0.00039
   0.00119   0.00084
   0.00174   0.00148
   0.00213   0.00216
   0.00217   0.00263
   0.00184   0.00267
   0.00131   0.00226
   0.00078   0.00160
   0.00041   0.00095
   0.00022   0.00049
   0.00018   0.00024
   0.00025   0.00017
   0.00038   0.00022
   0.00050   0.00033
   0.00055   0.00043
   0.00051   0.00048
   0.00039   0.00045
   0.00025   0.00035
   0.00014   0.00023
   0.00006   0.00013
   0.00002   0.00006
   0.00001   0.00002
   0.00000   0.00001
   0.00000   0.00000
   0.00000   0.00000
   0.00000   0.00000
   0.00000   0.00000
   0.00000   0.00000
   0.00000   0.00000
   0.00000   0.00000
   0.00001   0.00000
   0.00002   0.00001
   0.00007   0.00002
   0.00023   0.00008
   0.00076   0.00029
   0.00215   0.00094
   0.00518   0.00260
   0.01047   0.00609
   0.01771   0.01198
   0.02503   0.01969
   0.02959   0.02705
   0.02933   0.03108
   0.02459   0.02994
   0.01805   0.02442
   0.01284   0.01749
   0.01066   0.01229
   0.01118   0.01034
   0.01272   0.01114
   0.01366   0.01293
   0.01352   0.01411
   0.01305   0.01427
   0.01324   0.01430
   0.01427   0.01533
   0.01561   0.01749
   0.01742   0.01990
   0.02219   0.02234
   0.03492   0.02753
   0.06085   0.04178
   0.10123   0.07209
   0.14978   0.11991
   0.19316   0.17531
        #该基函数的PDOS信息完毕,下面重复如此格式分别给出各个基函数的PDOS信息

如果想得到某一个原子的PDOS,那么将属于这个原子的基函数上面的PDOS求和即可
还有什么没说明白,如果再看不明白,那我也没招了.
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弘德明志博学笃行
18楼2011-05-16 19:58:47
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
deadbook(金币+1): 谢谢，这个我加过ev，还是都是零 2011-05-13 10:04:45
deadbook(金币+2): 多写提醒 2011-05-13 11:14:11
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢提示 2011-05-13 12:56:21
引用回帖:
Originally posted by deadbook at 2011-05-13 02:19:09:
最近在用siesta做计算，算出的pdos全部为零，不知是啥原因，希望大家帮忙看看，我的输入文件贴在底下：

SystemName          32
SystemLabel         32
NumberOfAtoms       63
NumberOfSpecies     2
El ...

%block ProjectedDensityOfStates
-5.00   4.00   0.030  500
%endblock ProjectedDensityOfStates
这个显然和手册上的格式不一样。后面的单位丢掉了。
%block ProjectedDensityOfStates
-5.00   4.00   0.030  500  eV
%endblock ProjectedDensityOfStates
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弘德明志博学笃行
2楼2011-05-13 09:58:13
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deadbook

银虫 (小有名气)
大家帮我看看啊，不知道到底是咋回事？
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3楼2011-05-13 10:14:10
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by deadbook at 2011-05-13 02:19:09:
最近在用siesta做计算，算出的pdos全部为零，不知是啥原因，希望大家帮忙看看，我的输入文件贴在底下：

SystemName          32
SystemLabel         32
NumberOfAtoms       63
NumberOfSpecies     2
El ...

补充一下：不过的你的这个问题同样可以用COOP分析做的。
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弘德明志博学笃行
4楼2011-05-13 10:31:24
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