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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化图形可视化软件 » Gaussview画出的轨道图对金属的内层轨道或者外层轨道的贡献显示不出来！
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crystal0714

金虫 (小有名气)

[求助] Gaussview画出的轨道图对金属的内层轨道或者外层轨道的贡献显示不出来！

求助：
各位大虾有没有遇过这种情况的，
用Gaussview画的轨道图显示金属上没有电子云分布，
但是数据分析里却显示这个轨道上的金属贡献有
Ni1
49.13%
Ni2
44.88%
Ni43
5.86%
，具体是金属的外层轨道（不是价层轨道）的贡献，这个可能是因为选用的基组是SDD基组，它考虑金属的原子轨道从1s，到价层的4s，到外层的5s，6s都有，而Gaussview画轨道图的时候似乎只考虑了价层上4s的贡献，外层的贡献都显示不出来。
我师妹还用过Lanl2dz的基组，发现它考虑金属的原子轨道只有1s，2s，3s，居然没有价层的4s轨道，结果对主要是贡献3s轨道的金属原子的分子轨道图也显示不出来。
也就是说
Gaussview画出的轨道图对金属的内层轨道或者外层轨道的贡献显示不出来！
那么轨道图和轨道贡献分析不一致，要怎么办呐？到底是要看哪一个才正确呢？
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1楼2011-05-10 11:03:33
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★
zhou2009(金币+3): 2011-05-13 12:18:56
估计你没看懂我说的，换个方式说一遍：
1、赝势是把内核层的电子当作原子实的一部分，不再单独计算他们，查手册可知，对于Ni原子而言，采用的是MDF10的赝势，也就是内层的1s 2s sp的10个电子都归入原子实里了，根本不会参与你的任何轨道分析的结果的，至于其他元素，要看sdd的定义，我在最近的一个帖子中都给出了列表，你也可以直接查看gaussian手册中关于赝势的相关说明，这是第一条，让你学习的内容，你应该去查资料；
2、劈裂价层电子也不是一个STO代表一个电子的轨道，而是多个STO组合代表一个电子的轨道波函数，所以，需要做个测试，随便写一个比如3-21g之类的基组，找个原子，输出它的轨道，你就能看出，是多个STO对应1个电子轨道的。。比如对于C的3-21g,输出文件中的1s虽然对应的是真正的C的1s轨道（因为内层电子轨道不必裂分，这是pople型基组的定义），但输出中的2s 3s其实对应的都是真正C的2s电子，输出中的2p 3p对应的也都是2p电子而已，根本没有3s 和3p的事，因为3-21G中的21代表双zeta的劈裂基组，所以针对你举例中的1s 2s 3s参与的成分，根本就不是Ni的1s 2s 3s，那些个6s 7s也不是Ni的6s 7s……
3、因为是赝势，所以根本不会有1s 2s参与，而可能是输出1s 对应着Ni的3s电子，2s 3s 对应着Ni的4s电子，4s 5s 6s对应着极化或者弥散的5s电子等等。。。别信这些，我就是瞎猜的，给你举例说明的。至于真正是如何对应的，你必须去查原始文献，找出sdd或者lanl2dz对于Ni原子或者你计算的原子，是如何定义的，是否有劈裂轨道，而且是如何劈裂的，是否有极化，是否有弥散，等等，我就没时间替你查文献了。
我原文中说的这三点，是你要想弄懂你的输出文件中给出的那些分子轨道中的组成成分中列出的1s 2s 3s 4s等等，对应者真正的原子的3s 4s 等电子之间的对应关系，你就必须做的三个步骤，做到了，你就懂了，做不到，你就弄不清楚或者弄错。
科研，不是老师嚼碎了然后喂给你，而是教给你学习的方法，指给你获取的手段。
上一个回文中，我既告诉你了要学习什么概念，又给出了学习的步骤，你如果真的认真看了，按照我说的，一步一步去读，去练，去查，你就会自己获取这些知识，然后豁然贯通，而不会觉得我是在不友善地“评论”你。。
顺便多说一下，不是针对你，而是针对多数来这里寻求答案的初学者，要现成的答案，不是真正地学习，要学会如何寻找答案——像这个例子，我可以用个把小时去读文献，然后直接给你结果，但我想多数专家都不会愿意这样做的，不仅仅是时间的问题，而是那样对你没什么用处，授之以鱼，不如授之以渔。。。你认为呢？
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2011-05-13 03:03:24
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-05-10 12:56:14
crystal0714(金币+4): 学习了 谢谢回复 2011-09-09 08:21:39
1、虽然你都使用了lanl2dz或者sdd基组，但是你甚至不知道什么是赝势基组，请学习一下，什么是赝势基组，这样你就会知道，赝势基组的1s并不是Ni的1s；
2、显然你连什么是劈裂价基组是怎么回事也没弄清楚，所以请学习、测试一个最简单的3-21g基组，弄清楚输出文件给出的1s 1s 3s 4s 5s6s 7s之类的，跟Ni的1s 2s 3s 4s并不是一一对应的；
3、更加可以确定的是，你根本没有去查阅SDD或lanl2dz对你的金属原子的基组是如何定义的原始文献，那就更无法得知它们（输出文件给出的1s 1s 3s 4s之类的，跟Ni原子的1s 2s等）的对应关系了。
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2楼2011-05-10 11:34:32
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wang0912302

铁虫 (正式写手)
路过，学习了，，，Au的不好算，，，但是很多人算，跟风吧，，，
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3楼2011-05-11 11:50:35
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crystal0714

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2011-05-10 11:34:32:
1、虽然你都使用了lanl2dz或者sdd基组，但是你甚至不知道什么是赝势基组，请学习一下，什么是赝势基组，这样你就会知道，赝势基组的1s并不是Ni的1s；
2、显然你连什么是劈裂价基组是怎么回事也没弄清楚，所以请学 ...

非常感谢你的一通评论，虚心受教。
但是，就算我没弄明白基组是怎么回事，轨道图和分析的轨道贡献还是不一致，请问你知道怎么回事吗？
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4楼2011-05-12 15:55:59
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