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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 个人文集 » 【gmy个人文集】自己这段时间用GaussSum经验总结
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

[资源] 【gmy个人文集】自己这段时间用GaussSum经验总结

这段时间接触GaussSum比较多，前几天也看到有人问到，这里就谈谈我遇到的一些问题吧
1，用实验室现成的GaussSum做DOS图时，发现log文件过大分析不了，下载到最新版本的问题就解决了。
2，经常出现cclib has problems parsing ***.log问题，检查自己的log文件是否完整。
3，关于做PDOS（重点哈），做单点能计算时必须要有pop=full iop(3/33=1,3/36=-1),关键字，这在GaussSum帮助文件和例子里面写得很详细。至于做PDOS的时候，需要有group.txt文件，选择做atoms时，具体的两个要求是每个原子要列出以及所列原子不能重复，这里我还得补充一点group.txt格式，
atoms
part1（你所想要分析的某个分子部分）
1-5,8-20,30（该部分原子序号）
part2
6-7,21-29,31-33（注意了，直接保存就可以，下面不能有空行，我被这个给整惨了）
在选择用orbitals时，大致一样，唯一不同就是不必列出所有的轨道。
4，就以上例子分析，我要的结果是part1和part2的PDOS,但GaussSum做出来的part1和part2的图的结果是part1和total（图上显示的是part2，经过数据对比很明显就是total）或者part2和total（同理），估计是我下载的软件bug，但可以从它产生的DOS Spectrum.txt文件（里面有你想要的part1，part2，total）提取数据在origin里面作图，结果就很好了。
5.在做COOP时，和做PDOS一个样。关于做其他图，遇到的问题就没什么了，只要你的log文件没错，基本就okay！

[ Last edited by 375642546 on 2011-5-6 at 21:19 ]
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1楼 2011-04-27 13:17:42
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zindo

金虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

跃迁轨道系数大于100%也是bug之一吧
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4楼2011-04-27 17:19:57
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

总结很好，2.2.5确实有你提到的bug。我测试过。
感谢分享。
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2楼2011-04-27 13:48:27
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zhengwl350

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢！
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3楼2011-04-27 13:51:06
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zindo at 2011-04-27 17:19:57:
跃迁轨道系数大于100%也是bug之一吧

我这边没发现有跃迁轨道系数是大于100%的，GaussSum只是一个图形化软件，如果有跃迁系数大于100&，那你可以去检查下你的log文件。
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5楼2011-04-27 18:12:30
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abbott

金虫 (著名写手)
计算的部分结果是不对的....

另, 没有必要把说明文档翻译为中文吧?

况且, 第三条似乎是错的.
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6楼2011-04-27 20:46:11
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小红豆

主管区长 (知名作家)

★★★ 三星级,支持鼓励

鼓励一下啊
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8楼2011-04-29 13:20:26
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xuhu_11

金虫 (职业作家)

★★★ 三星级,支持鼓励

鼓励一下--
挺不易的
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9楼2011-04-30 09:02:39
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nybz1986lizi

铁虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
Originally posted by gmy1990 at 2011-04-27 13:17:42:
这段时间接触GaussSum比较多，前几天也看到有人问到，这里就谈谈我遇到的一些问题吧
1，用实验室现成的GaussSum做DOS图时，发现log文件过大分析不了，下载到最新版本的问题就解决了。
2，经常出现cclib has pro ...

我照你的说明检查了group.txt 没有空行！结果还是出现那个问题！我用的输出文件是test.out难道是一定要将其转换为test.log?
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10楼2011-05-06 20:56:04
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nybz1986lizi

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gmy1990 at 2011-04-27 13:17:42:
这段时间接触GaussSum比较多，前几天也看到有人问到，这里就谈谈我遇到的一些问题吧
1，用实验室现成的GaussSum做DOS图时，发现log文件过大分析不了，下载到最新版本的问题就解决了。
2，经常出现cclib has pro ...

附上我的groups.txt 文件！我的分子总共32个原子！out文件太大了就不上传了！
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11楼2011-05-06 20:58:20
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by nybz1986lizi at 2011-05-06 20:56:04:
我照你的说明检查了group.txt 没有空行！结果还是出现那个问题！我用的输出文件是test.out难道是一定要将其转换为test.log?

程序会有提示，或者你可以试试用这个out文件做其他分析看可不可以，比如先不要group.txt文件，如果不能分析那就是你的out文件有问题，要是能分析那就是你的group.txt文件的问题了，你试试先.
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12楼2011-05-07 10:52:56
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LuPeng5366

新虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
Originally posted by gmy1990 at 2011-04-27 13:17:42:
这段时间接触GaussSum比较多，前几天也看到有人问到，这里就谈谈我遇到的一些问题吧
1，用实验室现成的GaussSum做DOS图时，发现log文件过大分析不了，下载到最新版本的问题就解决了。
2，经常出现cclib has pro ...

请问一下：我想做orbitals的PDOS但是不会写对应的Groups.txt文件内容，尝试了好多次都没成功，在这里想请教你一下具体的书写形式。最好能给一下具体的例子，谢谢！！！等待您的回复！.....
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14楼2011-05-10 23:03:26
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by LuPeng5366 at 2011-05-10 23:03:26:
请问一下：我想做orbitals的PDOS但是不会写对应的Groups.txt文件内容，尝试了好多次都没成功，在这里想请教你一下具体的书写形式。最好能给一下具体的例子，谢谢！！！等待您的回复！.....

orbital
LUMOS
1， 2， 3，4
HOMO
5-10
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15楼2011-05-10 23:06:34
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LuPeng5366

新虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by gmy1990 at 2011-05-10 23:06:34:
orbital
LUMOS
1， 2， 3，4
HOMO
5-10

这里的1， 2， 3， 4 代表什么啊？？是原子序数还是轨道数啊？
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16楼2011-05-10 23:15:25
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by LuPeng5366 at 2011-05-10 23:15:25:
这里的1， 2， 3， 4 代表什么啊？？是原子序数还是轨道数啊？

代表第几个轨道，用orbital时和用atoms不一样的地方就是，不用列出所有的轨道，但用atoms就得全部列出
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17楼2011-05-11 08:27:17
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by LuPeng5366 at 2011-05-10 23:03:26:
请问一下：我想做orbitals的PDOS但是不会写对应的Groups.txt文件内容，尝试了好多次都没成功，在这里想请教你一下具体的书写形式。最好能给一下具体的例子，谢谢！！！等待您的回复！.....

不知你有AOMIX么？可以很清楚的看出你想要轨道的组成.
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18楼2011-05-11 08:38:35
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LuPeng5366

新虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by gmy1990 at 2011-05-11 08:38:35:
不知你有AOMIX么？可以很清楚的看出你想要轨道的组成.

没有啊！在网上看好多人用AOMix做轨道，但是在网上找不到下载的地方。所以只能用GaussSum来做了，但是也不怎么会用！呵呵...想问一下，我看好多文献中做的PDOS图分别做了5s, 6d,等轨道的PDOS，但是我不知道GaussSum做出来的怎么判断5s, 6d轨道啊？？？
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19楼2011-05-11 17:01:31
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meteoric30

木虫 (正式写手)

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引用回帖:
950671楼: Originally posted by LuPeng5366 at 2011-05-11 17:01:31:
没有啊！在网上看好多人用AOMix做轨道，但是在网上找不到下载的地方。所以只能用GaussSum来做了，但是也不怎么会用！呵呵...想问一下，我看好多文献中做的PDOS图分别做了5s, 6d,等轨道的PDOS，但是我不知道Gauss ...

同问啊，我一直以为3d，4s 4p轨道的pdos是用ms做的...看到gaussum，能画这种图么？
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20楼2012-05-15 09:32:17
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
1558951楼: Originally posted by meteoric30 at 2012-05-15 09:32:17:
同问啊，我一直以为3d，4s 4p轨道的pdos是用ms做的...看到gaussum，能画这种图么？

可以，GaussSum做起来很麻烦就是，他的输出文件格式混乱，还得自己调整才好做图.
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21楼2012-05-15 10:30:41
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chuanan027

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
217561楼: Originally posted by gmy1990 at 2011-04-27 13:17:42
这段时间接触GaussSum比较多，前几天也看到有人问到，这里就谈谈我遇到的一些问题吧
1，用实验室现成的GaussSum做DOS图时，发现log文件过大分析不了，下载到最新版本的问题就解决了。
2，经常出现cclib has probl ...

我现在下载的最新版本里group.txt最后一行可以空，但不能空两行。还有，group.txt是放在跟 orbital_data.txt, DOS_spectrum.txt, origin_orbs.txt这些文件的同一个文件夹中。比如说你解压之后的文件名是gaussum，则group.txt就应该放在gaussum\gausssum2.2 中。偶就因为把group.txt放在gaussum下，结果倒腾了半天老提示group.txt not found，希望后学者不要走偶滴老路。
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22楼2012-06-12 21:42:57
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gmy19907楼
2011-04-27 21:17   回复  
引用回帖:
Originally posted by abbott at 2011-04-27 20:46:11: 计算的部分结果是不对的.... 另, 没有必要把说明文档翻译为中文吧? 况且, 第三条似乎是错的.

[ Last edited by gmy1990 on 2011-4-28 at 15:51 ]
sdjgdu13楼
2011-05-07 12:40   回复  
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