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honey宝贝

金虫 (初入文坛)

[交流] 【转载】Gaussian入门技巧四(关于对称性)已有7人参与

关于对称性:

刚刚在zixia上看到zhuoliu的大作。结合自己以前知道的东西,总结一下。

1。gaussian中输入什么对称性,一般优化的结果仍然还是那个对称性,比如CO2,如果初始两个CO键长输入不是完全相等(比如一个1.214,一个1.215),那么程序就会判断为C∞v 对称,那么优化结果虽然键长几乎相等,但仍然认为是C∞v ,这个从振动频率或者分子轨道对称性上可以看出来。

2。有时计算过程中对称性会变化,比如做过渡态的时候,这时需要用 IOP(2/16=3),否则计算会出错退出。

3。比如用直角坐标输入一个正三角形构型,其对称性应该是D3h,但是如果输入的小数点后面的数字不够多,那么常常得到的是C2v或其它。为了消除输入文件中坐标的有效位数的影响,得到较高的对称性,可以降低对称性判断的严格性。一般可以用symm=loose,这等价于 IOP (2/17=4, 2/18=3)。还可以减小这4和3这两个数值,使得更加loose,但不能过小,否则会出错。symm=loose只是在第一步判断输入构型的对称性时用到。
此外,也可以用gaussview来调整设置初始构型的对称性。

4。如果要降低对称性,那么可以用symm(PG=C3v)等等来做。使判断出来的对称性为C3v的一个子群。即由PG来限制最高对称性。

附用到的IOP的详细解释。

IOp(2/16)
action taken if the point group changes during an optimization. IOP(2/16=0)Abort the job. IOP(2/16=1)Keep going. IOP(2/16=2)Keep going and leave symmetry on, using the old symmetry. IOP(2/16=3)Keep going and leave symmetry on, using the new symmetry

IOp(17)
Tolerance for distance comparisons in symmetry determination.
0  Default (determined in the symmetry package, currently 1.d-8).
N>0  10-N.
N<0 10N, use the same tolerance for orientation.

IOp(18)
Tolerance for non-distance comparisons in symmetry determination.
0  Default (determined in the symmetry package, currently 1.d-7).
N>0  10 -N.
N<0  10 N, use the same tolerance for orientation.

(supi)
附加一个我的:有时候分子对称性太高经常无法优化收敛,这时可以加一个nosymm,有时挺管用的。
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤

有种相遇叫缘分;有种责任叫承诺;有份心情叫思念;有种痛苦叫煎熬;有种后悔叫错过;有种等待叫守候。
2楼2011-04-25 16:01:05
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
感谢LZ分享!IOP真是强大的功能啊
理论与计算化学,化学物理,生物物理
3楼2011-04-26 15:11:15
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小红豆

主管区长 (知名作家)

优秀区长优秀区长

支持一下
4楼2011-04-26 16:23:44
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5楼2011-10-28 16:21:31
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6楼2012-10-23 20:31:02
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xiaogaolin

新虫 (初入文坛)

赞一个
7楼2013-03-05 12:00:03
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jiangdafa

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
好帖,还有一个问题,怎么画结构使得初始构型满足一定对称性,因为本人的分子比较大,自己作图时挺难控制,用gaussianview的话有何技巧。。。谢啦
8楼2013-04-15 09:32:33
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