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phoeby_ice

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】急！哪位大侠帮忙算算...

小女有个不大的结构，是离子型化合物，可怎么优化都不对，哪位好心人有空帮我算一算，把正常的out文件发给我看看。折腾了几周很着急，只得来此撒金币求助各位大侠~~~~~小女子这厢有礼了~~~

%chk=g6.chk
# opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

g6

0 1
C                  3.35725868    0.30878830   -2.52080821
C                  3.38659561   -0.80148414   -3.56917825
H                  4.01620048   -1.50961001   -3.28237612
H                  3.68281080   -0.42821783   -4.43695058
C                  1.98214892   -1.39749134   -3.72186681
H                  1.68666027   -1.77235595   -2.85453586
H                  1.35219186   -0.68897883   -4.00693545
C                  2.01092774   -2.50661941   -4.77291752
H                  2.64755932   -3.22209170   -4.48516829
C                  0.59928689   -3.10616841   -4.92594307
O                  2.98704873   -0.15771901   -1.43626830
O                  4.52538699    0.80450806   -2.39381109
O                  0.62284489   -4.01425486   -5.78651016
O                  0.22571754   -3.58085760   -3.82781876
C                  1.81742802   -6.50229876   -5.62606595
N                  2.80125933   -6.00381975   -4.88401936
H                  3.50816526   -5.86461391   -5.38929724
H                  2.54206732   -5.24282118   -4.52610780
N                  2.20601811   -7.64317964   -6.16266734
H                  1.71097846   -8.29908289   -5.84782347
H                  2.11631282   -7.60166097   -7.03709810
N                  0.74799938   -6.71291748   -4.86165650
H                  0.53729868   -5.96941046   -4.44070218
H                  0.07251083   -6.96620635   -5.36560090
H                  1.98789181   -1.18074127   -6.26042767
H                  3.34482552   -1.74628302   -6.04326204
H                  2.30845285   -2.54921728   -6.74290114
N                  2.45664045   -1.94029678   -6.08308581

1 2 1.0 11 1.0 12 1.0
2 3 1.0 4 1.0 5 1.0
3
4
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1楼 2011-04-01 10:16:04
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yyp_123

荣誉版主 (文坛精英)
phoeby_ice(金币+1): 谢谢~ 2011-04-01 21:05:32

偶不是很懂  路过 学习一下
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2楼2011-04-01 10:20:19
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DOVEZHL

木虫 (正式写手)
phoeby_ice(金币+1): 谢谢支持~ 2011-04-01 21:05:45
哎~~帮MM顶帖子  偶学物理的 帮不上忙啊
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3楼2011-04-01 10:24:23
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jiewei

专家顾问 (著名写手)
phoeby_ice(金币+1): 我试过有些键画成双键单键都一样的~ 2011-04-01 13:55:09
我在帮你看看了，看出了啥问题，首先我根据你给我的输入文件发现 你好像弄错了键。。。
恩 我在帮你看  具体啥结果我也不知道
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4楼2011-04-01 12:28:58
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jiewei

专家顾问 (著名写手)
你把你的错误文件贴出来看看呢，我优化也出错~
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5楼2011-04-01 13:26:48
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phoeby_ice

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jiewei at 2011-04-01 12:28:58:
我在帮你看看了，看出了啥问题，首先我根据你给我的输入文件发现 你好像弄错了键。。。
恩 我在帮你看  具体啥结果我也不知道

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -755.756076842     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.6346D-04             -V/T =  2.0106
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/cau/g09/l502.exe at Thu Mar 31 13:27:27 2011.
Job cpu time:  0 days  5 hours 46 minutes  8.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     74 Int=      0 D2E=      0 Chk=      8 Scr=      1

我画的结构没错吧...
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6楼2011-04-01 13:52:58
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zhou2009

版主 (著名写手)
phoeby_ice(金币+1): 感谢回帖~请问你说的GS是什么…… 2011-04-01 21:04:30
我觉得，你提供计算的“离子型化合物”是不合理的，是不能被GS接受的。
作为一个孤立的分子体系，绝不会是这样的。
你想象两个-COOH上的H成为正离子跑到N上去了，其实正负离子都是水合离子，是一个极复杂、有大量水的水合离子体系，离开水，只抽象成纯粹的分子，是不成的、是不存在的。

当然，象楼下这样的晶体结构中也是存在的，要选择这样的晶体的二聚体结构来算。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-4-1 at 20:36 ]
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7楼2011-04-01 17:41:03
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quppy

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+10): 学习了！ 2011-04-01 20:37:29
phoeby_ice(金币+5): 感谢回帖，可以试一试！ 2011-04-01 21:07:38
MM,在Acta Crystallographica Section E上找到了这个晶体结构
你试试直接优化这个分子的二聚体吧
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2011-04-01 20:25:42
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jiewei

专家顾问 (著名写手)
phoeby_ice(金币+5): 谢谢你的建议，我再试试~ 2011-04-02 23:04:37
引用回帖:
Originally posted by phoeby_ice at 2011-04-01 13:52:58:
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -755.756076842     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.6346D-04             -V/T = ...

楼上某位仁兄说的还是有道理的，首席那高斯（GS）对单聚合的离子化合物认识很差，你可以考虑优化二聚体，或者加上水的溶剂化效应，还有一个就是你调整你原子的距离，让双键的地方变短一点试试，别说单双建优化都一样
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9楼2011-04-02 09:16:03
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