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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】提RNA后用DNase消化后PCR仍有目的条带，该如何避免呢？
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nininini

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】提RNA后用DNase消化后PCR仍有目的条带，该如何避免呢？

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1楼 2011-03-31 21:29:51
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★
nininini(金币+1):谢谢参与
啥意思？你提了RNA，然后反转了么？还是直接拿RNA去跑PCR?
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2楼2011-03-31 21:58:37
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65900931

银虫 (小有名气)
★
nininini(金币+1):谢谢参与
1.水+反应体系
2.DNase消化后的RNA+反应体系

对比一下看看。
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3楼2011-03-31 23:18:09
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郝钊

金虫 (小有名气)
★
nininini(金币+1):谢谢参与
DNA酶消化过的RNA中如果存在可以退火的片段，一样可以P出条带来。
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4楼2011-04-01 00:16:28
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nininini

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gaoyang636 at 2011-03-31 21:58:37:
啥意思？你提了RNA，然后反转了么？还是直接拿RNA去跑PCR?

直接用RNA跑的PCR，理论不应该有目的产物的啊~
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5楼2011-04-01 09:16:48
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nininini

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gaoyang636 at 2011-03-31 21:58:37:
啥意思？你提了RNA，然后反转了么？还是直接拿RNA去跑PCR?

直接用RNA跑的PCR，理论不应该有目的产物的啊~
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6楼2011-04-01 09:17:20
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nininini

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 65900931 at 2011-03-31 23:18:09:
1.水+反应体系
2.DNase消化后的RNA+反应体系

对比一下看看。

对比了~~不加模板没有产物
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7楼2011-04-01 09:17:47
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nininini

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 郝钊 at 2011-04-01 00:16:28:
DNA酶消化过的RNA中如果存在可以退火的片段，一样可以P出条带来。

但P出的条带和目的条带完全吻合~~900多的片段
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8楼2011-04-01 09:19:23
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jasco

木虫 (正式写手)
★
nininini(金币+1):谢谢参与
基因组dna污染很难通过dnase完全去除的
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9楼2011-04-01 09:22:16
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65900931

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by nininini at 2011-04-01 09:17:47:
对比了~~不加模板没有产物

几个循环？基因组dna或多或少都会残留一点，如果是30个循环才有产物，应该影响不大。另外，还要看你的实验目的了。
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10楼2011-04-01 09:52:35
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nininini

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 65900931 at 2011-04-01 09:52:35:
几个循环？基因组dna或多或少都会残留一点，如果是30个循环才有产物，应该影响不大。另外，还要看你的实验目的了。

30个循环，是要做RNA定量的，所以希望基因组污染越小越好~
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11楼2011-04-01 15:35:45
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65900931

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by nininini at 2011-04-01 15:35:45:
30个循环，是要做RNA定量的，所以希望基因组污染越小越好~

30个循环是一个极小值。你把阴性对照当background就好了。定量时扣除这部分数值。但是我想扣除不扣除都没区别，因为30个循环算出来应该是个趋近于0的数值。
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12楼2011-04-02 09:46:48
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郝钊

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by nininini at 2011-04-01 09:19:23:
但P出的条带和目的条带完全吻合~~900多的片段

那可能的原因就是DNase消化不彻底
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13楼2011-04-03 10:50:22
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阿修罗Axuro

金虫 (小有名气)
★
nininini(金币+1):谢谢参与
基本上DNAse是无法完全干掉DNA模板的。
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14楼2011-04-03 11:52:04
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