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【求助】能量与region的设置有如此大的联系吗？
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在设置两个任务时，只将region在z方向的长度差了62.816864-62.81682=0.000044，计算的原子数也相同，但能量的结果出现了巨大的差异(738.8918136-501.4444986=237.447315eV)。有可能是什么原因造成的呢？灰常谢谢啦~~~ # LAMMPS Input File for Grain Boundaries # Mark Tschopp, Dec2009 # This file will generate numerous input files for LAMMPS # using a large number of grain boundaries # ---------- Setup Variables --------------------- variable etol equal 0 variable ftol equal 1.0e-25 variable maxiter equal 10000 variable maxeval equal 100000 variable latparam equal 2.855312 variable minimumenergy equal -4.122435 variable overlapdist equal 0.275 # ---------- Initialize Simulation --------------------- clear units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atomic # ---------- Create Atomistic Structure --------------------- lattice bcc ${latparam} region whole block 0 63.20502545 -62.302096515 63.20502545 0.000000 62.816864 units box ####另一个是region whole block 0 63.20502545 -62.302096515 63.20502545 0.000000 62.81682 units box create_box 2 whole region upper block INF INF 0.000000 63.20502545 INF INF units box lattice bcc ${latparam} orient x 3 1 0 orient y 1 -3 0 orient z 0 0 -1 create_atoms 1 region upper region lower block INF INF -62.302096515 0.000000 INF INF units box lattice bcc ${latparam} orient x 3 1 0 orient y -1 3 0 orient z 0 0 1 create_atoms 1 region lower #region upper2 block 0 9.0 0.000000 9.0 0 2.8 units box #region lower2 block 0 9.0 -8.9 0.0 0 2.8 units box group upper region upper group lower region lower # ---------- Define Interatomic Potential --------------------- pair_style hybrid/overlay eam/alloy eam/fs table linear 12001 pair_coeff * * eam/alloy pot.fe.eam.fs Fe NULL pair_coeff * * eam/fs pot.fehe.eam.fs Fe He pair_coeff 2 2 table pot.he He_He neighbor 1.0 bin neigh_modify every 1 delay 0 check yes # ---------- Displace atoms and delete overlapping atoms --------------------- delete_atoms overlap ${overlapdist} lower upper dump id all atom 100 lammps.lammpstrj dump_modify id scale no # ---------- Run Minimization --------------------- velocity all create 0.0 87287 rot yes mom yes dist gaussian fix time all dt/reset 1 1.0e-5 1.0e-3 0.2 units box thermo 10 fix 1 all nve min_style cg minimize ${etol} ${ftol} ${maxiter} ${maxeval} #----------LXC------------------------------------ mass 1 55.845 mass 2 4.00260 group featoms type 1 group heatoms type 2 variable feec equal 4.012986464 variable heec equal 0.007072256332 variable pe equal pe variable ec equal pe/atoms variable nfe equal count(featoms) variable nhe equal count(heatoms) variable ef equal ${nfe}*${feec}+${nhe}*${heec}+pe print "This system contains ${nfe} Fe and ${nhe} He atoms" print "Pe = ${pe}" print "Ec = ${ec}" print "Ef = ${ef}" ############################################################ |
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