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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】CBS-QB3单点能计算
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313588908

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】CBS-QB3单点能计算

B3LYP优化完的结构，用CBS-QB3作单点能计算时，为什么结构还会改变？好像这个过程中还有优化。
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1楼 2011-02-26 15:37:56
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313588908

木虫 (正式写手)
请高人指点啊，必重谢。
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2楼2011-02-27 01:06:46
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zxzbl

木虫 (著名写手)
★
313588908(金币+2):谢谢参与
我会做最好的自己，提高自己，让自己更加优秀。
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3楼2011-02-27 03:10:50
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fooo

金虫 (正式写手)
★
313588908(金币+2):谢谢参与
313588908(金币+2): 谢谢 2011-02-27 16:41:43
引用回帖:
Originally posted by 313588908 at 2011-02-26 15:37:56:
B3LYP优化完的结构，用CBS-QB3作单点能计算时，为什么结构还会改变？好像这个过程中还有优化。

CBS是一个复合算法，当然里面有优化步骤。
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4楼2011-02-27 04:28:16
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313588908

木虫 (正式写手)
那怎么才能只做单点能计算呢？
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5楼2011-02-27 11:27:36
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313588908

木虫 (正式写手)
我见到过文章中有人提到‘在CBS-QB3水平上计算出了各物种的单点能’，不知是怎么算的。是不是需要自己一步步手工算啊？
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6楼2011-02-27 16:44:45
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fooo

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
zhou2009(金币+3): 2011-02-28 08:49:44
313588908(金币+2): 审稿意见只让我算个单点能，若用CBS-QB3，相当于又优化了一遍。而且体系有20-30个原子左右的，算不动啊 2011-03-02 14:17:38
引用回帖:
Originally posted by 313588908 at 2011-02-27 16:44:45:
我见到过文章中有人提到‘在CBS-QB3水平上计算出了各物种的单点能’，不知是怎么算的。是不是需要自己一步步手工算啊？

只要是CBS这样的复合算法，结构优化是必须的。单点能直接取最后的值就行，至于过程不必去管。
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7楼2011-02-28 03:33:39
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mscic

金虫 (正式写手)
★
313588908(金币+1):谢谢参与
313588908(金币+1): 具体怎么操作呢？其实CBS和一般的方法不一样 2011-03-02 14:15:22
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2011-02-28 03:33:39:
只要是CBS这样的复合算法，结构优化是必须的。单点能直接取最后的值就行，至于过程不必去管。

先优化好，再计算优化好的构型的单点。
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8楼2011-02-28 11:39:00
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313588908

木虫 (正式写手)
我的审稿意见中有这句：the authors need to perform single points on ALL of their structures using high-level ab initio molecular orbital theory e.g. G4 calculations or CBS-QB3. 实在不明白G4 calculations or CBS-QB3能作单点能计算？怎么办啊，只给两周修改。望高人指点啊。
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9楼2011-03-01 21:36:30
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fooo

金虫 (正式写手)
313588908(金币+2): 其实我早就试过了，发现了问题才来问的。现在甚至在怀疑审稿意见 2011-03-02 14:14:21
引用回帖:
Originally posted by 313588908 at 2011-03-01 21:36:30:
我的审稿意见中有这句：the authors need to perform single points on ALL of their structures using high-level ab initio molecular orbital theory e.g. G4 calculations or CBS-QB3. 实在不明白G4 calculat ...

当然能做。你在命令行里直接写G4或CBS就行了，连基组都不用输入。这个光问不行，你必须亲自试一试才能知道这类复合算法是怎么进行的。
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10楼2011-03-02 02:16:30
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313588908

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2011-03-02 02:16:30:
当然能做。你在命令行里直接写G4或CBS就行了，连基组都不用输入。这个光问不行，你必须亲自试一试才能知道这类复合算法是怎么进行的。

顾问大人，我是算完了，发现结构有变化，然后查资料发现G4或CBS默认就是先优化。然后计算量又很大，实在没辙了。对于这类方法老板也不熟悉。头疼中。。。。
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12楼2011-03-02 13:03:43
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tangbohejin

木虫之王 (文学泰斗)
★
313588908(金币+1):谢谢参与
313588908(金币+1): 谢谢 2011-03-02 14:13:05
引用回帖:
Originally posted by mscic at 2011-02-28 11:39:00:
先优化好，再计算优化好的构型的单点。

支持该观点。
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13楼2011-03-02 13:20:13
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313588908

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tangbohejin at 2011-03-02 13:20:13:
支持该观点。

我先优化了（用B3LYP/6-31+G**）,然后想按照审稿意见用CBS-QB3作单点能的，结果默认又优化了。真怀疑审稿意见---CBS-QB3不能作单点能。
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14楼2011-03-02 14:12:40
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fooo

金虫 (正式写手)
313588908(金币+5): 谢谢指导 2011-03-02 17:34:59
引用回帖:
Originally posted by 313588908 at 2011-03-02 14:12:40:
我先优化了（用B3LYP/6-31+G**）,然后想按照审稿意见用CBS-QB3作单点能的，结果默认又优化了。真怀疑审稿意见---CBS-QB3不能作单点能。

审稿意见应该是没问题的。CBS或G4这些复合算法肯定是要采用自己的算法和基组重新进行优化的，还会给算频率。所以，没什么好办法，这都是规定好的，你改动不得。不过，就能量而言，其精度应该是相当高的，甚至连优化的结构也比你的B3LYP/6-31+G**要好。当然，缺点就是计算量大了些。
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16楼2011-03-02 14:26:23
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313588908

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2011-03-02 14:26:23:
审稿意见应该是没问题的。CBS或G4这些复合算法肯定是要采用自己的算法和基组重新进行优化的，还会给算频率。所以，没什么好办法，这都是规定好的，你改动不得。不过，就能量而言，其精度应该是相当高的，甚至连 ...

实际上CBS-QB3中的计算优化和频率是在B3LYP/6-311G(2d,d,p) 中进行的，只是后面的能量通过多种高精度算法排除或减少了基组的误差。计算时间的确很长，我做的又是一个综述型的文章。要改的数据太多，不想翻工了。就只能算几个例子比较一下了。
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17楼2011-03-02 17:34:17
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caoeagle0122

新虫 (正式写手)
★
313588908(金币+1): 谢谢参与
楼主，想问一下，用G4算单点能的时候最终读取的是哪个数值啊？我对这几个结果已经茫然了，期待楼主回答，谢谢啦

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18楼2017-11-26 23:54:31
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)
★
313588908(金币+1): 谢谢参与
cbs-qb3是热力学组合方法，some experts said that：稍微看原文就知道根本不是算单点用的
倘若出于特殊目的，做CBS-QB3的时候就是想把自动做的几何优化和振动分析步骤忽略掉，可以用CBS-QB3=SP。从G16开始才支持这么用
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19楼2020-02-04 22:13:40
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zyxme11楼
2011-03-02 04:58   回复  
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幸福xxxx15楼
2011-03-02 14:15   回复  
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